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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27556 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the A. aeolicus WzmWzt transporter bound to 3-O-methyl-D-mannose | |||||||||
マップデータ | sharpened | |||||||||
試料 |
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キーワード | O antigen ABC transporter / 3-O-methyl-D-mannose / TRANSLOCASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipopolysaccharide transport / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Spellmon N / Zimmer J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular basis for polysaccharide recognition and modulated ATP hydrolysis by the O antigen ABC transporter. 著者: Nicholas Spellmon / Artur Muszyński / Ireneusz Górniak / Jiri Vlach / David Hahn / Parastoo Azadi / Jochen Zimmer / 要旨: O antigens are ubiquitous protective extensions of lipopolysaccharides in the extracellular leaflet of the Gram-negative outer membrane. Following biosynthesis in the cytosol, the lipid-linked ...O antigens are ubiquitous protective extensions of lipopolysaccharides in the extracellular leaflet of the Gram-negative outer membrane. Following biosynthesis in the cytosol, the lipid-linked polysaccharide is transported to the periplasm by the WzmWzt ABC transporter. Often, O antigen secretion requires the chemical modification of its elongating terminus, which the transporter recognizes via a carbohydrate-binding domain (CBD). Here, using components from A. aeolicus, we identify the O antigen structure with methylated mannose or rhamnose as its cap. Crystal and cryo electron microscopy structures reveal how WzmWzt recognizes this cap between its carbohydrate and nucleotide-binding domains in a nucleotide-free state. ATP binding induces drastic conformational changes of its CBD, terminating interactions with the O antigen. ATPase assays and site directed mutagenesis reveal reduced hydrolytic activity upon O antigen binding, likely to facilitate polymer loading into the ABC transporter. Our results elucidate critical steps in the recognition and translocation of polysaccharides by ABC transporters. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27556.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27556-v30.xml emd-27556.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27556_fsc.xml emd_27556_fsc_2.xml emd_27556_fsc_3.xml emd_27556_fsc_4.xml | 8.9 KB 8.9 KB 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27556.png | 67.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27556.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_27556_half_map_1.map.gz emd_27556_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27556 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27556 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27556_validation.pdf.gz | 831 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27556_full_validation.pdf.gz | 830.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27556_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27556_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27556 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27556 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dn8MC 8dkuC 8dkyC 8dl0C 8dncC 8dneC 8douC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_27556_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_27556_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : O antigen ABC transporter
全体 | 名称: O antigen ABC transporter |
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要素 |
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-超分子 #1: O antigen ABC transporter
超分子 | 名称: O antigen ABC transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 |
-分子 #1: ABC transporter
分子 | 名称: ABC transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 |
分子量 | 理論値: 46.28441 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGIRVFDVWK KYKYYKKPQD RLKEIIFRKP FHEELWVLKG INLEIEKGEV LGIVGPNGAG KSTLLKVITG VTEPDKGFVE RSGKVVGLL ELGTGFNYEL SGLENIYVNA SLLGLSRREI DEKLESIIEF SELDDFINKP LKTYSSGMIM RLAFSIAIHT E PECFIIDE ...文字列: MGIRVFDVWK KYKYYKKPQD RLKEIIFRKP FHEELWVLKG INLEIEKGEV LGIVGPNGAG KSTLLKVITG VTEPDKGFVE RSGKVVGLL ELGTGFNYEL SGLENIYVNA SLLGLSRREI DEKLESIIEF SELDDFINKP LKTYSSGMIM RLAFSIAIHT E PECFIIDE ALAVGDAHFQ QKCFRKLKEH KQKGGSIIFV SHDMNAVKIL CDRAILLHKG EIIEEGSPET VTQAYYKLMA SL ENKEGIT FLQNGYGNFK AVIKEVRLKS EHGYTNNFPS GDTLFIELDV EAKEDLQDVV AGILIRDRFG QDIFGINTYL MEK KVELKK GKYLFTFKMP LNLAPGKYTL TVALHKGMDH AQECYHWIDN VCNFEVNGFK KEQFVGVCYL PTEFNYRKIP KLHH HHHH UniProtKB: ABC transporter |
-分子 #2: Transport permease protein
分子 | 名称: Transport permease protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 |
分子量 | 理論値: 30.027871 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNLSLILELV RQEIKNRYAD TVLGIWWAFL WPILLVLIYT LIFSHLIGAK LGHENTVYAY SIYLSSGIFP WFFFSNSLSR ITGIFTEKK FLFTKIPIRL EVFPVVVIIS ELINYLIGIS LVTLISFITL GFEGIKYFYL FPVALYLMIV YSFSIGMVLG T LNVFFRDI ...文字列: MNLSLILELV RQEIKNRYAD TVLGIWWAFL WPILLVLIYT LIFSHLIGAK LGHENTVYAY SIYLSSGIFP WFFFSNSLSR ITGIFTEKK FLFTKIPIRL EVFPVVVIIS ELINYLIGIS LVTLISFITL GFEGIKYFYL FPVALYLMIV YSFSIGMVLG T LNVFFRDI KEIIGVFLQI FFWFTPIVYT LDILPPFVKK LIYYNPMYPV VSIHHLVFVN YLDLHLYSLL GFLLASPLVF FV SYYFFKK LEKDIKDFA UniProtKB: Transport permease protein |
-分子 #3: 3-O-methyl-alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: 3-O-methyl-alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: U90 |
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分子量 | 理論値: 194.182 Da |
Chemical component information | ChemComp-U90: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |