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- EMDB-27442: Cryo-EM structure of a HOPS core complex containing Vps33, Vps16,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27442
タイトルCryo-EM structure of a HOPS core complex containing Vps33, Vps16, and Vps18
マップデータCryo-EM structure of a HOPS core complex containing Vps33, Vps16, and Vps18
試料
  • 複合体: HOPS core complex
    • 複合体: His-Vps33:Vps16
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 33液胞
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 16液胞
    • 複合体: Vps18
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 18液胞
キーワードHOPS / membrane tethering / SNAREs / membrane fusion / endolysosomal trafficking / PROTEIN TRANSPORT
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Port SA / Farrell PD / Jeffrey PD / DiMaio F / Hughson FM
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)PO2195/1-1 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071574 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM123089 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the HOPS core complex and its implication for SNARE assembly
著者: Port SA / Farrell PD / Jeffrey PD / DiMaio F / Hughson FM
履歴
登録2022年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27442.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of a HOPS core complex containing Vps33, Vps16, and Vps18
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.426 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.33
最小 - 最大-0.7477457 - 2.0704396
平均 (標準偏差)0.00054051046 (±0.065924495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 513.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_27442_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_27442_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HOPS core complex

全体名称: HOPS core complex
要素
  • 複合体: HOPS core complex
    • 複合体: His-Vps33:Vps16
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 33液胞
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 16液胞
    • 複合体: Vps18
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 18液胞

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超分子 #1: HOPS core complex

超分子名称: HOPS core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
分子量理論値: 171 KDa

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超分子 #2: His-Vps33:Vps16

超分子名称: His-Vps33:Vps16 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

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超分子 #3: Vps18

超分子名称: Vps18 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 33

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
分子量理論値: 77.119617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKHHHHHHHG AAGTSLYKKA GENLYFQGSM APRAGFDAEQ VRDKARKDLL HLLEGVRGKK NLVIEKDLAG PLGVIVKAST LRDYGVDNF FFLENKNTGT SQRNIVFIAR GESVRNAHAI AAQIKRIQRE SQTSHDFHIF WVPRRTLFSD KVLEEAGVLG D ANISELPL ...文字列:
MKHHHHHHHG AAGTSLYKKA GENLYFQGSM APRAGFDAEQ VRDKARKDLL HLLEGVRGKK NLVIEKDLAG PLGVIVKAST LRDYGVDNF FFLENKNTGT SQRNIVFIAR GESVRNAHAI AAQIKRIQRE SQTSHDFHIF WVPRRTLFSD KVLEEAGVLG D ANISELPL YFFPLERDVL SLELNDSFRD LYLAKDPTPV FLLSRALMGI QKKHGLFPRI IGKGENAKRV ADLLSRMRQE LL AGEEAGE SDRAGLSPST TIESVIIIDR EVDFVTPLLT QLTYEGLIDE YFGIQNNQTD VDAVIVGAPA QSAASTSTAV PTN SSQSRK RKIQLDGSDS LYSQLRDANF AIVGSLLNTV ARRLKSDYES RHNTKTTAEL KEFVKKLPGY QAEQQSLKIH SNIA EEIIN YTRTEIFNKL LEVQQNLAAG ADPSSQFDSI EELVARDTPL PQVLRLLCLY SCISGGIKTK ELDHFRRLVL QGYGH QHLL TLHNLERLQM FLSKSSPLAS MITMSGSSGG PDQKTNYTYL RKQLRLIVDE VNEQDPNDIA YVYSGYAPLS IRLVQC VLQ KQYLLSITKG SGTVIAAGPV AGGGAQGWKG FEEIVKHARG PTFDEIQKGE DKAVKARALL SGSSGDKKTV FVVFVGG IT FTEIAALRFI AKQEEARRNI VICTTSIING NRMMNAAIET ATFEKTTVTT AAAQ

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 16

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
分子量理論値: 94.204828 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDTAHPTASW EQLGERFYRK IQLYTQVFDQ DFDLDNYIVT GAPYGGAIAL YRDDEKLVAY QPSRSSRPTI DICSLSGKLL RRISWDQGP IKGVGWSEDE KLLIVMVDGT VRCYFDLQSE FTQFSLGHGA EEHGVKSCRF YSHGLVALLG NNALVSVSSY D EPRPKLLA ...文字列:
MDTAHPTASW EQLGERFYRK IQLYTQVFDQ DFDLDNYIVT GAPYGGAIAL YRDDEKLVAY QPSRSSRPTI DICSLSGKLL RRISWDQGP IKGVGWSEDE KLLIVMVDGT VRCYFDLQSE FTQFSLGHGA EEHGVKSCRF YSHGLVALLG NNALVSVSSY D EPRPKLLA SPPEGRVYSW NIIPPAYSLS RSVEVLLSVN QTIYVCDASE CEDRFLDIGP FSHIAVSPNG RFCALYTTTG KV HVITSDF QSRLSEHDTK SKIAPNYFEW CGNDAVVIAW DDEVHLVGPS GSLARFFYDS GRIHLIPDFD GVRILANDRC DFL QKVPDV IEEVFGLGAD SPASILLDAV EQLEMKSPKA DDNIQLIRPH LVEAVDTCVS AAGQEFSIHW QKQLLKAASF GKSV LDIYN SDDFVDMCET LRVLNAVRFY EVGLPLSYEQ YQRLSPSGLI SRLLNRHEYL LAIRIADHLR LPTDKIHVHW ASAKV RLGS EDDDTICRKI VEKLSGKPGI SFEVIARTAY EEGRTRLATE LLNHEPRAGR QVPLLLSMEE DELALDKAIE SGDTDL IYF VIHQLRRKLP LASFFRVVSS RPTASAMVEA LARNSDGDGN EDTALLKDLY YQDDRRLDGA SVFIREALQQ PETRTAS DK LDLAANLLQG NQKEHVFELG ALKEAKMLLR MQETFERDLT DSFVGLSVNQ TMFKLIKLGY HGRAKKIQSE FKVPERVA W WIRLQALVAK RDWNEIEEIS RQRKSPIGWE PFFNQVLQAG NPRLAATFIP KCTNLEPGQT ITMYEKCGMR VKAAEEAVR LKDTEAWNRL LEAAGRNTAE GREIERLGAT VFKK

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分子 #3: Vacuolar protein sorting-associated protein 18

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
分子量理論値: 108.52757 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MALDLSSGFA AADAIANLQL ADATLPIFEV LPVQLQFSVA ADFVAGQAAN NVLVIALSNG RILRIDLNKP EDIDDIDLPK KPSEVGVIR RMFLDPTASH LIICTSLGEN YYLHSQSRQP RPLARLRGVV IESIAWSPAL PTQSTREILI GAADGNIYEA Y IETSTEFY ...文字列:
MALDLSSGFA AADAIANLQL ADATLPIFEV LPVQLQFSVA ADFVAGQAAN NVLVIALSNG RILRIDLNKP EDIDDIDLPK KPSEVGVIR RMFLDPTASH LIICTSLGEN YYLHSQSRQP RPLARLRGVV IESIAWSPAL PTQSTREILI GAADGNIYEA Y IETSTEFY RREDKYLKLV QKLPDGPITG LWADSLPGHK DTRRVLVATS SRLFHWVGKI GRGHDSGGGA SIYDKLFEAE QP TVHALSG ASAAAMSMLV VSPDAEQPSP RFREDEVPER AFAWLSSHGV YHGKLLLKGP LSELGAKVFA EAKLLPRAQL ANP EGASRR QLSTEYVDAV ALTQWHIVSL VAGRVVIANR LTGSIIYDQT ILNPGQKAVG LCVDQQKSTF WLFTPQEIFE IVPR DEDRD IWKIMLQLQQ FDAALQYAHT PAEKDAVAIA SGDHLVSKGQ FLEAAAVYGK SSKPFEEVAL TFIDNEQPDA LRKYL LTKL GTYKKSAVMQ RVMIATWLIE VFMAKLNSLD DTIITGAELS ETLNPNQTKE QLEAVRAEFQ DFINKHKGDL DRKTVY DVI GSHGREEELL YYANAINDYN YVLSYWVQRE RWTEALKVLK KQTDPEVFYR YSSVLMTHAA TELVEILMRQ SNLNPRN LI PAMLEYDRNY KGPLAQNQAV RYLLYVVNQL GSTDSAVHNT LVSIYASHPS KDESALLEYL ESQGEEPNYD PDFALRLC I QHRRVLSCAH IYTSMGQYGA AVDLALAHDE VELASIIADR PISNPQLRKK LWLKVAKKVI SQQSDGIKTA IDFLRRCDL LKIEDLIPFF PDFVVIDDFK EEICAALEDY SRNIDALRRE MDEASQTAAN IKVDIAALDK RYAIVEPGEK CYACGLPLLS RQFFVFPCQ HAFHSDCLAR RVLEQAPPAK ARRIKECQVQ ISKGLVNGEK REAMIAELDA LIASACDYAI RRINEPFIKD D DDKDEWAL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.08 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMDTTDTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: PELCO Easiglow, 10 mA/ 10 s discharge/ 30 s hold
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotting parameters: 30 seconds waiting time, blotting force 1, blot total 1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.03 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3590 / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4092244 / 詳細: blob picker 60-280A (circular)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AbInitio model
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 130000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア:
名称詳細
cryoSPARC (ver. 2.15.0)
RELION (ver. 3.1.0)pixel refinement

使用した粒子像数: 154917
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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