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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | type I-C Cascade bound to ssDNA target | |||||||||
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![]() | CRISPR / type I-C / Cascade / ssDNA target / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | O'Brien RE / Bravo JPK / Ramos D / Hibshman GN / Wright JT / Taylor DW | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of R-loop formation by a type I-C CRISPR Cascade. 著者: Roisin E O'Brien / Jack P K Bravo / Delisa Ramos / Grace N Hibshman / Jacquelyn T Wright / David W Taylor / ![]() 要旨: Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various ...Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various stages of double-stranded (ds)DNA target capture, revealing mechanisms that underpin PAM recognition and Cascade allosteric activation. We uncover an interesting mechanism of non-target strand (NTS) DNA stabilization via stacking interactions with the "belly" subunits, securing the NTS in place. This "molecular seatbelt" mechanism facilitates efficient R-loop formation and prevents dsDNA reannealing. Additionally, we provide structural insights into how two anti-CRISPR (Acr) proteins utilize distinct strategies to achieve a shared mechanism of type I-C Cascade inhibition by blocking PAM scanning. These observations form a structural basis for directional R-loop formation and reveal how different Acr proteins have converged upon common molecular mechanisms to efficiently shut down CRISPR immunity. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 41.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.6 MB 200.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 819.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 818.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27403_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27403_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : type I-C Cascade bound to ssDNA
全体 | 名称: type I-C Cascade bound to ssDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: type I-C Cascade bound to ssDNA
超分子 | 名称: type I-C Cascade bound to ssDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: pre-crRNA processing endonuclease
分子 | 名称: pre-crRNA processing endonuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough |
分子量 | 理論値: 25.977857 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTHGAVKTYG IRLRVWGDYA CFTRPEMKVE RVSYDVMPPS AARGILEAIH WKPAIRWIVD RIHVLRPIVF DNVRRNEVSS KIPKPNPAT AMRDRKPLYF LVDDGSNRQQ RAATLLRNVD YVIEAHFELT DKAGAEDNAG KHLDIFRRRA RAGQSFQQPC L GCREFPAS ...文字列: MTHGAVKTYG IRLRVWGDYA CFTRPEMKVE RVSYDVMPPS AARGILEAIH WKPAIRWIVD RIHVLRPIVF DNVRRNEVSS KIPKPNPAT AMRDRKPLYF LVDDGSNRQQ RAATLLRNVD YVIEAHFELT DKAGAEDNAG KHLDIFRRRA RAGQSFQQPC L GCREFPAS FELLEGDVPL SCYAGEKRDL GYMLLDIDFE RDMTPLFFKA VMEDGVITPP SRTSPEVRA UniProtKB: pre-crRNA processing endonuclease |
-分子 #2: CRISPR-associated protein, TM1801 family
分子 | 名称: CRISPR-associated protein, TM1801 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough |
分子量 | 理論値: 32.358912 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTAIANRYEF VLLFDVENGN PNGDPDAGNM PRIDPETGHG LVTDVCLKRK IRNHVALTKE GAERFNIYIQ EKAILNETHE RAYTACDLK PEPKKLPKKV EDAKRVTDWM CTNFYDIRTF GAVMTTEVNC GQVRGPVQMA FARSVEPVVP QEVSITRMAV T TKAEAEKQ ...文字列: MTAIANRYEF VLLFDVENGN PNGDPDAGNM PRIDPETGHG LVTDVCLKRK IRNHVALTKE GAERFNIYIQ EKAILNETHE RAYTACDLK PEPKKLPKKV EDAKRVTDWM CTNFYDIRTF GAVMTTEVNC GQVRGPVQMA FARSVEPVVP QEVSITRMAV T TKAEAEKQ QGDNRTMGRK HIVPYGLYVA HGFISAPLAE KTGFSDEDLT LFWDALVNMF EHDRSAARGL MSSRKLIVFK HQ NRLGNAP AHKLFDLVKV SRAEGSSGPA RSFADYAVTV GQAPEGVEVK EML UniProtKB: CRISPR-associated protein, TM1801 family |
-分子 #3: CRISPR-associated protein, CT1133 family
分子 | 名称: CRISPR-associated protein, CT1133 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough |
分子量 | 理論値: 68.123219 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MILQALHGYY QRMSADPDAG MPPYGTSMEN ISFALVLDAK GTLRGIEDLR EQEGKKLRPR KMLVPIAEKK GNGIKPNFLW ENTSYILGV DAKGKQERTD KCHAAFIAHI KAYCDTADQD LAAVLQFLEH GEKDLSAFPV SEEVIGSNIV FRIEGEPGFV H ERPAARQA ...文字列: MILQALHGYY QRMSADPDAG MPPYGTSMEN ISFALVLDAK GTLRGIEDLR EQEGKKLRPR KMLVPIAEKK GNGIKPNFLW ENTSYILGV DAKGKQERTD KCHAAFIAHI KAYCDTADQD LAAVLQFLEH GEKDLSAFPV SEEVIGSNIV FRIEGEPGFV H ERPAARQA WANCLNRREQ GLCGQCLITG ERQKPIAQLH PSIKGGRDGV RGAQAVASIV SFNNTAFESY GKEQSINAPV SQ EAAFSYV TALNYLLNPS NRQKVTIADA TVVFWAERSS PAEDIFAGMF DPPSTTAKPE SSNGTPPEDS EEGSQPDTAR DDP HAAARM HDLLVAIRSG KRATDIMPDM DESVRFHVLG LSPNAARLSV RFWEVDTVGH MLDKVGRHYR ELEIIPQFNN EQEF PSLST LLRQTAVLNK TENISPVLAG GLFRAMLTGG PYPQSLLPAV LGRIRAEHAR PEDKSRYRLE VVTYYRAALI KAYLI RNRK LEVPVSLDPA RTDRPYLLGR LFAVLEKAQE DAVPGANATI KDRYLASASA NPGQVFHMLL KNASNHTAKL RKDPER KGS AIHYEIMMQE IIDNISDFPV TMSSDEQGLF MIGYYHQRKA LFTKKNKEN UniProtKB: CRISPR-associated protein, CT1133 family |
-分子 #4: CRISPR-associated protein, CT1133 family
分子 | 名称: CRISPR-associated protein, CT1133 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough |
分子量 | 理論値: 14.017981 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: VSLDPARTDR PYLLGRLFAV LEKAQEDAVP GANATIKDRY LASASANPGQ VFHMLLKNAS NHTAKLRKDP ERKGSAIHYE IMMQEIIDN ISDFPVTMSS DEQGLFMIGY YHQRKALFTK KNKEN UniProtKB: CRISPR-associated protein, CT1133 family |
-分子 #5: RNA (46-MER)
分子 | 名称: RNA (46-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 14.817853 KDa |
配列 | 文字列: GGAUUGAAAC GCCAUGCUCA GGCUGGCGAG UGGGCGCCAC UCUCCA |
-分子 #6: TS
分子 | 名称: TS / タイプ: other / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.517567 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 174004 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |