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万見
- EMDB-27402: type I-C Cascade -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27402
タイトルtype I-C Cascade
マップデータ
試料
  • 複合体: type I-C Cascade
    • タンパク質・ペプチド: pre-crRNA processing endonuclease
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, TM1801 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1133 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1133 family
    • RNA: RNA (48-MER)
キーワードtype I-C / CRISPR / Cascade / DNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csd2 / CRISPR-associated protein Cas7, subtype I-B/I-C / CRISPR-associated protein Cas7 / CRISPR-associated protein, Csd1-type / CRISPR-associated protein (Cas_Csd1) / CRISPR pre-crRNA endoribonuclease Cas5d / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated protein, TM1801 family / CRISPR-associated protein, CT1133 family / pre-crRNA processing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者O'Brien RE / Bravo JPK / Ramos D / Hibshman GN / Wright JT / Taylor DW
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R35GM138348 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160088 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural snapshots of R-loop formation by a type I-C CRISPR Cascade.
著者: Roisin E O'Brien / Jack P K Bravo / Delisa Ramos / Grace N Hibshman / Jacquelyn T Wright / David W Taylor /
要旨: Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various ...Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various stages of double-stranded (ds)DNA target capture, revealing mechanisms that underpin PAM recognition and Cascade allosteric activation. We uncover an interesting mechanism of non-target strand (NTS) DNA stabilization via stacking interactions with the "belly" subunits, securing the NTS in place. This "molecular seatbelt" mechanism facilitates efficient R-loop formation and prevents dsDNA reannealing. Additionally, we provide structural insights into how two anti-CRISPR (Acr) proteins utilize distinct strategies to achieve a shared mechanism of type I-C Cascade inhibition by blocking PAM scanning. These observations form a structural basis for directional R-loop formation and reveal how different Acr proteins have converged upon common molecular mechanisms to efficiently shut down CRISPR immunity.
履歴
登録2022年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27402.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 413.6 Å		0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 413.6 Å		0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 413.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.558
最小 - 最大-2.278422 - 4.5415106
平均 (標準偏差)-0.00011986117 (±0.057638418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 413.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27402_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27402_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : type I-C Cascade

全体名称: type I-C Cascade
要素
  • 複合体: type I-C Cascade
    • タンパク質・ペプチド: pre-crRNA processing endonuclease
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, TM1801 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1133 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1133 family
    • RNA: RNA (48-MER)

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超分子 #1: type I-C Cascade

超分子名称: type I-C Cascade / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) / 株: Hildenborough

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分子 #1: pre-crRNA processing endonuclease

分子名称: pre-crRNA processing endonuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough
分子量理論値: 25.977857 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTHGAVKTYG IRLRVWGDYA CFTRPEMKVE RVSYDVMPPS AARGILEAIH WKPAIRWIVD RIHVLRPIVF DNVRRNEVSS KIPKPNPAT AMRDRKPLYF LVDDGSNRQQ RAATLLRNVD YVIEAHFELT DKAGAEDNAG KHLDIFRRRA RAGQSFQQPC L GCREFPAS ...文字列:
MTHGAVKTYG IRLRVWGDYA CFTRPEMKVE RVSYDVMPPS AARGILEAIH WKPAIRWIVD RIHVLRPIVF DNVRRNEVSS KIPKPNPAT AMRDRKPLYF LVDDGSNRQQ RAATLLRNVD YVIEAHFELT DKAGAEDNAG KHLDIFRRRA RAGQSFQQPC L GCREFPAS FELLEGDVPL SCYAGEKRDL GYMLLDIDFE RDMTPLFFKA VMEDGVITPP SRTSPEVRA

UniProtKB: pre-crRNA processing endonuclease

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分子 #2: CRISPR-associated protein, TM1801 family

分子名称: CRISPR-associated protein, TM1801 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough
分子量理論値: 32.358912 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTAIANRYEF VLLFDVENGN PNGDPDAGNM PRIDPETGHG LVTDVCLKRK IRNHVALTKE GAERFNIYIQ EKAILNETHE RAYTACDLK PEPKKLPKKV EDAKRVTDWM CTNFYDIRTF GAVMTTEVNC GQVRGPVQMA FARSVEPVVP QEVSITRMAV T TKAEAEKQ ...文字列:
MTAIANRYEF VLLFDVENGN PNGDPDAGNM PRIDPETGHG LVTDVCLKRK IRNHVALTKE GAERFNIYIQ EKAILNETHE RAYTACDLK PEPKKLPKKV EDAKRVTDWM CTNFYDIRTF GAVMTTEVNC GQVRGPVQMA FARSVEPVVP QEVSITRMAV T TKAEAEKQ QGDNRTMGRK HIVPYGLYVA HGFISAPLAE KTGFSDEDLT LFWDALVNMF EHDRSAARGL MSSRKLIVFK HQ NRLGNAP AHKLFDLVKV SRAEGSSGPA RSFADYAVTV GQAPEGVEVK EML

UniProtKB: CRISPR-associated protein, TM1801 family

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分子 #3: CRISPR-associated protein, CT1133 family

分子名称: CRISPR-associated protein, CT1133 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough
分子量理論値: 68.123219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MILQALHGYY QRMSADPDAG MPPYGTSMEN ISFALVLDAK GTLRGIEDLR EQEGKKLRPR KMLVPIAEKK GNGIKPNFLW ENTSYILGV DAKGKQERTD KCHAAFIAHI KAYCDTADQD LAAVLQFLEH GEKDLSAFPV SEEVIGSNIV FRIEGEPGFV H ERPAARQA ...文字列:
MILQALHGYY QRMSADPDAG MPPYGTSMEN ISFALVLDAK GTLRGIEDLR EQEGKKLRPR KMLVPIAEKK GNGIKPNFLW ENTSYILGV DAKGKQERTD KCHAAFIAHI KAYCDTADQD LAAVLQFLEH GEKDLSAFPV SEEVIGSNIV FRIEGEPGFV H ERPAARQA WANCLNRREQ GLCGQCLITG ERQKPIAQLH PSIKGGRDGV RGAQAVASIV SFNNTAFESY GKEQSINAPV SQ EAAFSYV TALNYLLNPS NRQKVTIADA TVVFWAERSS PAEDIFAGMF DPPSTTAKPE SSNGTPPEDS EEGSQPDTAR DDP HAAARM HDLLVAIRSG KRATDIMPDM DESVRFHVLG LSPNAARLSV RFWEVDTVGH MLDKVGRHYR ELEIIPQFNN EQEF PSLST LLRQTAVLNK TENISPVLAG GLFRAMLTGG PYPQSLLPAV LGRIRAEHAR PEDKSRYRLE VVTYYRAALI KAYLI RNRK LEVPVSLDPA RTDRPYLLGR LFAVLEKAQE DAVPGANATI KDRYLASASA NPGQVFHMLL KNASNHTAKL RKDPER KGS AIHYEIMMQE IIDNISDFPV TMSSDEQGLF MIGYYHQRKA LFTKKNKEN

UniProtKB: CRISPR-associated protein, CT1133 family

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分子 #4: CRISPR-associated protein, CT1133 family

分子名称: CRISPR-associated protein, CT1133 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough
分子量理論値: 14.017981 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VSLDPARTDR PYLLGRLFAV LEKAQEDAVP GANATIKDRY LASASANPGQ VFHMLLKNAS NHTAKLRKDP ERKGSAIHYE IMMQEIIDN ISDFPVTMSS DEQGLFMIGY YHQRKALFTK KNKEN

UniProtKB: CRISPR-associated protein, CT1133 family

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分子 #5: RNA (48-MER)

分子名称: RNA (48-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) / 株: Hildenborough
分子量理論値: 15.476264 KDa
配列文字列:
GGAUUGAAAC GCCAUGCUCA GGCUGGCGAG UGCGCGCCAC UCAUCAAG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73220
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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