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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27387 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the zebrafish two pore domain K+ channel TREK1 (K2P2.1) in DDM/POPA mixed micelles | |||||||||
マップデータ | drTREK1 in DDM/POPA mixed micelles full map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Schmidpeter PAM / Nimigean CM / Riegelhaupt PM | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Membrane phospholipids control gating of the mechanosensitive potassium leak channel TREK1. 著者: Philipp A M Schmidpeter / John T Petroff / Leila Khajoueinejad / Aboubacar Wague / Cheryl Frankfater / Wayland W L Cheng / Crina M Nimigean / Paul M Riegelhaupt / 要旨: Tandem pore domain (K2P) potassium channels modulate resting membrane potentials and shape cellular excitability. For the mechanosensitive subfamily of K2Ps, the composition of phospholipids within ...Tandem pore domain (K2P) potassium channels modulate resting membrane potentials and shape cellular excitability. For the mechanosensitive subfamily of K2Ps, the composition of phospholipids within the bilayer strongly influences channel activity. To examine the molecular details of K2P lipid modulation, we solved cryo-EM structures of the TREK1 K2P channel bound to either the anionic lipid phosphatidic acid (PA) or the zwitterionic lipid phosphatidylethanolamine (PE). At the extracellular face of TREK1, a PA lipid inserts its hydrocarbon tail into a pocket behind the selectivity filter, causing a structural rearrangement that recapitulates mutations and pharmacology known to activate TREK1. At the cytoplasmic face, PA and PE lipids compete to modulate the conformation of the TREK1 TM4 gating helix. Our findings demonstrate two distinct pathways by which anionic lipids enhance TREK1 activity and provide a framework for a model that integrates lipid gating with the effects of other mechanosensitive K2P modulators. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27387.map.gz | 19.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27387-v30.xml emd-27387.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27387_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27387.png | 1.4 MB | ||
マスクデータ | emd_27387_msk_1.map | 27 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27387_half_map_1.map.gz emd_27387_half_map_2.map.gz | 19.8 MB 19.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27387 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27387 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27387_validation.pdf.gz | 567.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27387_full_validation.pdf.gz | 567.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27387_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27387_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27387 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27387 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | drTREK1 in DDM/POPA mixed micelles full map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.278 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27387_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: drTREK1 in DDM/POPA mixed micelles halfmap1
ファイル | emd_27387_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | drTREK1 in DDM/POPA mixed micelles halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: drTREK1 in DDM/POPA mixed micelles halfmap2
ファイル | emd_27387_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | drTREK1 in DDM/POPA mixed micelles halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Potassium channel subfamily K member 2
全体 | 名称: Potassium channel subfamily K member 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Potassium channel subfamily K member 2
超分子 | 名称: Potassium channel subfamily K member 2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
-分子 #1: Potassium channel, subfamily K, member 2a
分子 | 名称: Potassium channel, subfamily K, member 2a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 35.559383 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MAAPDLLDPK SATHNTKPRL SFSSKPIVYN SGDDCESITT VMKWKTVLAI FLLVVLYLII GATVFKALEQ PEEGLQKYRI IQEKIDFLS MHTCVQTSEL EDLVKQVVLA IRAGVNPSGH PSQESSMWDL SSSFFFAGTV ITTIGFGNVS PHTEGGRIFC I IYALLGIP ...文字列: MAAPDLLDPK SATHNTKPRL SFSSKPIVYN SGDDCESITT VMKWKTVLAI FLLVVLYLII GATVFKALEQ PEEGLQKYRI IQEKIDFLS MHTCVQTSEL EDLVKQVVLA IRAGVNPSGH PSQESSMWDL SSSFFFAGTV ITTIGFGNVS PHTEGGRIFC I IYALLGIP LFGFLLAGVG DQLGTIFGKG IAKVEKMFVK WNVSQTKIRV TSTVLFILFG CLLFVALPAL IFQHIEGWSA LE SIYFVVI TLTTIGFGDF VAGGSEIEYL DYYKPIVWFW ILVGLAYFAA VLSMIGDWLR VISKKTKEEV GEFRAHAAEW TAN V |
-分子 #2: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec...
分子 | 名称: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: D21 |
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分子量 | 理論値: 674.929 Da |
Chemical component information | ChemComp-D21: |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 150mM KCl, 20mM TRIS, 0.25mM DDM, 0.1mg/ml POPA |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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ソフトウェア | 名称: Leginon |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 63.32 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: UCSF Chimera (ver. 1.14.0) 詳細: Model was first docked into density using Chimera Fit in Map tool |
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得られたモデル | PDB-8de8: |