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万見
- EMDB-27318: CryoEM structure of Hantavirus ANDV Gn(H) protein complex with 2F... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27318
タイトルCryoEM structure of Hantavirus ANDV Gn(H) protein complex with 2Fabs ANDV-5 and ANDV-34
マップデータ
試料
  • 複合体: Gn(H) in complex with Fabs ANDV-5 ANDV-34
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • タンパク質・ペプチド: Fv (H) ANDV-34
    • タンパク質・ペプチド: Fv (L) ANDV-34
    • タンパク質・ペプチド: Fv (H) ANDV-5
    • タンパク質・ペプチド: Fv (L) ANDV-5
    • タンパク質・ペプチド: COV44-79 heavy chain constant domain
    • タンパク質・ペプチド: Fab Fc (L) KappaC
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / antibacterial humoral response ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / antibacterial humoral response / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / blood microparticle / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal ...: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Andes orthohantavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Binshtein E / Crowe JE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Defense Advanced Research Projects AgencyP3 HR0011-18-2-0001 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Antigenic mapping and functional characterization of human New World hantavirus neutralizing antibodies.
著者: Taylor B Engdahl / Elad Binshtein / Rebecca L Brocato / Natalia A Kuzmina / Lucia M Principe / Steven A Kwilas / Robert K Kim / Nathaniel S Chapman / Monique S Porter / Pablo Guardado-Calvo / ...著者: Taylor B Engdahl / Elad Binshtein / Rebecca L Brocato / Natalia A Kuzmina / Lucia M Principe / Steven A Kwilas / Robert K Kim / Nathaniel S Chapman / Monique S Porter / Pablo Guardado-Calvo / Félix A Rey / Laura S Handal / Summer M Diaz / Irene A Zagol-Ikapitte / Minh H Tran / W Hayes McDonald / Jens Meiler / Joseph X Reidy / Andrew Trivette / Alexander Bukreyev / Jay W Hooper / James E Crowe /
要旨: Hantaviruses are high-priority emerging pathogens carried by rodents and transmitted to humans by aerosolized excreta or, in rare cases, person-to-person contact. While infections in humans are ...Hantaviruses are high-priority emerging pathogens carried by rodents and transmitted to humans by aerosolized excreta or, in rare cases, person-to-person contact. While infections in humans are relatively rare, mortality rates range from 1 to 40% depending on the hantavirus species. There are currently no FDA-approved vaccines or therapeutics for hantaviruses, and the only treatment for infection is supportive care for respiratory or kidney failure. Additionally, the human humoral immune response to hantavirus infection is incompletely understood, especially the location of major antigenic sites on the viral glycoproteins and conserved neutralizing epitopes. Here, we report antigenic mapping and functional characterization for four neutralizing hantavirus antibodies. The broadly neutralizing antibody SNV-53 targets an interface between Gn/Gc, neutralizes through fusion inhibition and cross-protects against the Old World hantavirus species Hantaan virus when administered pre- or post-exposure. Another broad antibody, SNV-24, also neutralizes through fusion inhibition but targets domain I of Gc and demonstrates weak neutralizing activity to authentic hantaviruses. ANDV-specific, neutralizing antibodies (ANDV-5 and ANDV-34) neutralize through attachment blocking and protect against hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) in animals but target two different antigenic faces on the head domain of Gn. Determining the antigenic sites for neutralizing antibodies will contribute to further therapeutic development for hantavirus-related diseases and inform the design of new broadly protective hantavirus vaccines.
履歴
登録2022年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年4月5日-
現状2023年4月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27318.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.46 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.8
最小 - 最大-31.775303 - 41.340607
平均 (標準偏差)1.1335668e-11 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 262.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27318_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27318_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gn(H) in complex with Fabs ANDV-5 ANDV-34

全体名称: Gn(H) in complex with Fabs ANDV-5 ANDV-34
要素
  • 複合体: Gn(H) in complex with Fabs ANDV-5 ANDV-34
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • タンパク質・ペプチド: Fv (H) ANDV-34
    • タンパク質・ペプチド: Fv (L) ANDV-34
    • タンパク質・ペプチド: Fv (H) ANDV-5
    • タンパク質・ペプチド: Fv (L) ANDV-5
    • タンパク質・ペプチド: COV44-79 heavy chain constant domain
    • タンパク質・ペプチド: Fab Fc (L) KappaC

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超分子 #1: Gn(H) in complex with Fabs ANDV-5 ANDV-34

超分子名称: Gn(H) in complex with Fabs ANDV-5 ANDV-34 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glycoprotein N

分子名称: Glycoprotein N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Andes orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 38.767207 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TIYELKMECP HTVGLGQGYI IGSTELGLIS IEAASDIKLE SSCNFDLHTT SMAQKSFTQV EWRKKSDTTD TTNAASTTFE AQTKTVNLR GTCILAPELY DTLKKVKKTV LCYDLTCNQT HCQPTVYLIA PVLTCMSIRS CMASVFTSRI QVIYEKTHCV T GQLIEGQC ...文字列:
TIYELKMECP HTVGLGQGYI IGSTELGLIS IEAASDIKLE SSCNFDLHTT SMAQKSFTQV EWRKKSDTTD TTNAASTTFE AQTKTVNLR GTCILAPELY DTLKKVKKTV LCYDLTCNQT HCQPTVYLIA PVLTCMSIRS CMASVFTSRI QVIYEKTHCV T GQLIEGQC FNPAHTLTLS QPAHTYDTVT LPISCFFTPK KSEQLKVIKT FEGILTKTGC TENALQGYYV CFLGSHSEPL IV PSLEDIR SAEVVSRMLV HPRGEDHDAI QNSQSHLRIV GPITAKVPST SSTDTLKGTA FAGVPMYSSL STLVRNADPE FVF SPGIVP ESNHSTCDKK TVPITWTGYL PISGEME

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分子 #2: Fv (H) ANDV-34

分子名称: Fv (H) ANDV-34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.609076 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVHLVQSGGE LRKPGSSVKV SCKASGGTFS SFAITWLRQA PGQGLEWVGA YIPVFGSAIH GQKVHGRVTL TADESTTTAY MELSSLRSE DTAVYFCARG PTQNWEYSYY TYFESWGQGT LVTVSS

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分子 #3: Fv (L) ANDV-34

分子名称: Fv (L) ANDV-34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.91224 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVT SRYLAWYQQK PGQAPRLLIY DTSSRATGIP DRFSGSGSET DFTLTISRLA PEDFAVYYC QQYGTSPAVT FGQGTRLEIK

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分子 #4: Fv (H) ANDV-5

分子名称: Fv (H) ANDV-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.013572 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLLQSGAE VKKPGSSVRV SCQSSGDIYN YYGISWVRQA PGQGLEWMGG IIPVYGRPNY VQKFRGRVTF TVDKSTSTAY MELSTLRAD DTAVYYCARD TARSHYFGSG NDYGMDVWGQ GTTVIVSS

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分子 #5: Fv (L) ANDV-5

分子名称: Fv (L) ANDV-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.187647 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGFNFVDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSTRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLEI SRVEAEDVG VYYCMQALQF PRTFGQGTKL DIK

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分子 #6: COV44-79 heavy chain constant domain

分子名称: COV44-79 heavy chain constant domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.58592 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSC

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分子 #7: Fab Fc (L) KappaC

分子名称: Fab Fc (L) KappaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.848126 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEV THQGLRSPVT KSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3110 / 平均露光時間: 4.34 sec. / 平均電子線量: 50.86 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 208851
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8dbz:
CryoEM structure of Hantavirus ANDV Gn(H) protein complex with 2Fabs ANDV-5 and ANDV-34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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