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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human DNA polymerase alpha/primase elongation complex I bound to primer/template | |||||||||
![]() | Unsharpened and flipped and resampled map | |||||||||
![]() |
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![]() | DNA replication / human DNA polymerase alpha/primase / human primosome / elongation complex / REPLICATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of DNA primase activity / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / regulation of type I interferon production / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate ...positive regulation of DNA primase activity / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / regulation of type I interferon production / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Defective pyroptosis / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
![]() | He Q / Baranovskiy A / Lim C / Tahirov T | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of human primosome elongation complexes. 著者: Qixiang He / Andrey G Baranovskiy / Lucia M Morstadt / Alisa E Lisova / Nigar D Babayeva / Benjamin L Lusk / Ci Ji Lim / Tahir H Tahirov / ![]() 要旨: The synthesis of RNA-DNA primer by primosome requires coordination between primase and DNA polymerase α subunits, which is accompanied by unknown architectural rearrangements of multiple domains. ...The synthesis of RNA-DNA primer by primosome requires coordination between primase and DNA polymerase α subunits, which is accompanied by unknown architectural rearrangements of multiple domains. Using cryogenic electron microscopy, we solved a 3.6 Å human primosome structure caught at an early stage of RNA primer elongation with deoxynucleotides. The structure confirms a long-standing role of primase large subunit and reveals new insights into how primosome is limited to synthesizing short RNA-DNA primers. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 30.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 96 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 48.8 MB 48.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 723.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 722.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d96MC ![]() 8d9dC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened and flipped and resampled map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_27256_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_27256_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Elongation complex I of human DNA polymerase alpha/primase bound ...
全体 | 名称: Elongation complex I of human DNA polymerase alpha/primase bound to RNA-DNA primer and DNA template |
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要素 |
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-超分子 #1: Elongation complex I of human DNA polymerase alpha/primase bound ...
超分子 | 名称: Elongation complex I of human DNA polymerase alpha/primase bound to RNA-DNA primer and DNA template タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Smaller elongation complex solved using cryo-EM single-particle analysis |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 340 KDa |
-分子 #1: DNA primase large subunit
分子 | 名称: DNA primase large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 58.890918 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEFSGRKWRK LRLAGDQRNA SYPHCLQFYL QPPSENISLI EFENLAIDRV KLLKSVENLG VSYVKGTEQY QSKLESELRK LKFSYRENL EDEYEPRRRD HISHFILRLA YCQSEELRRW FIQQEMDLLR FRFSILPKDK IQDFLKDSQL QFEAISDEEK T LREQEIVA ...文字列: MEFSGRKWRK LRLAGDQRNA SYPHCLQFYL QPPSENISLI EFENLAIDRV KLLKSVENLG VSYVKGTEQY QSKLESELRK LKFSYRENL EDEYEPRRRD HISHFILRLA YCQSEELRRW FIQQEMDLLR FRFSILPKDK IQDFLKDSQL QFEAISDEEK T LREQEIVA SSPSLSGLKL GFESIYKIPF ADALDLFRGR KVYLEDGFAY VPLKDIVAII LNEFRAKLSK ALALTARSLP AV QSDERLQ PLLNHLSHSY TGQDYSTQGN VGKISLDQID LLSTKSFPPC MRQLHKALRE NHHLRHGGRM QYGLFLKGIG LTL EQALQF WKQEFIKGKM DPDKFDKGYS YNIRHSFGKE GKRTDYTPFS CLKIILSNPP SQGDYHGCPF RHSDPELLKQ KLQS YKISP GGISQILDLV KGTHYQVACQ KYFEMIHNVD DCGFSLNHPN QFFCESQRIL NGGKDIKKEP IQPETPQPKP SVQKT KDAS SALASLNSSL EMDMEGLEDY FSEDS UniProtKB: DNA primase large subunit |
-分子 #2: DNA polymerase alpha catalytic subunit
分子 | 名称: DNA polymerase alpha catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 166.131094 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAPVHGDDSL SDSGSFVSSR ARREKKSKKG RQEALERLKK AKAGEKYKYE VEDFTGVYEE VDEEQYSKLV QARQDDDWIV DDDGIGYVE DGREIFDDDL EDDALDADEK GKDGKARNKD KRNVKKLAVT KPNNIKSMFI ACAGKKTADK AVDLSKDGLL G DILQDLNT ...文字列: MAPVHGDDSL SDSGSFVSSR ARREKKSKKG RQEALERLKK AKAGEKYKYE VEDFTGVYEE VDEEQYSKLV QARQDDDWIV DDDGIGYVE DGREIFDDDL EDDALDADEK GKDGKARNKD KRNVKKLAVT KPNNIKSMFI ACAGKKTADK AVDLSKDGLL G DILQDLNT ETPQITPPPV MILKKKRSIG ASPNPFSVHT ATAVPSGKIA SPVSRKEPPL TPVPLKRAEF AGDDVQVEST EE EQESGAM EFEDGDFDEP MEVEEVDLEP MAAKAWDKES EPAEEVKQEA DSGKGTVSYL GSFLPDVSCW DIDQEGDSSF SVQ EVQVDS SHLPLVKGAD EEQVFHFYWL DAYEDQYNQP GVVFLFGKVW IESAETHVSC CVMVKNIERT LYFLPREMKI DLNT GKETG TPISMKDVYE EFDEKIATKY KIMKFKSKPV EKNYAFEIPD VPEKSEYLEV KYSAEMPQLP QDLKGETFSH VFGTN TSSL ELFLMNRKIK GPCWLEVKSP QLLNQPVSWC KVEAMALKPD LVNVIKDVSP PPLVVMAFSM KTMQNAKNHQ NEIIAM AAL VHHSFALDKA APKPPFQSHF CVVSKPKDCI FPYAFKEVIE KKNVKVEVAA TERTLLGFFL AKVHKIDPDI IVGHNIY GF ELEVLLQRIN VCKAPHWSKI GRLKRSNMPK LGGRSGFGER NATCGRMICD VEISAKELIR CKSYHLSELV QQILKTER V VIPMENIQNM YSESSQLLYL LEHTWKDAKF ILQIMCELNV LPLALQITNI AGNIMSRTLM GGRSERNEFL LLHAFYENN YIVPDKQIFR KPQQKLGDED EEIDGDTNKY KKGRKKAAYA GGLVLDPKVG FYDKFILLLD FNSLYPSIIQ EFNICFTTVQ RVASEAQKV TEDGEQEQIP ELPDPSLEMG ILPREIRKLV ERRKQVKQLM KQQDLNPDLI LQYDIRQKAL KLTANSMYGC L GFSYSRFY AKPLAALVTY KGREILMHTK EMVQKMNLEV IYGDTDSIMI NTNSTNLEEV FKLGNKVKSE VNKLYKLLEI DI DGVFKSL LLLKKKKYAA LVVEPTSDGN YVTKQELKGL DIVRRDWCDL AKDTGNFVIG QILSDQSRDT IVENIQKRLI EIG ENVLNG SVPVSQFEIN KALTKDPQDY PDKKSLPHVH VALWINSQGG RKVKAGDTVS YVICQDGSNL TASQRAYAPE QLQK QDNLT IDTQYYLAQQ IHPVVARICE PIDGIDAVLI ATWLGLDPTQ FRVHHYHKDE ENDALLGGPA QLTDEEKYRD CERFK CPCP TCGTENIYDN VFDGSGTDME PSLYRCSNID CKASPLTFTV QLSNKLIMDI RRFIKKYYDG WLICEEPTCR NRTRHL PLQ FSRTGPLCPA CMKATLQPEY SDKSLYTQLC FYRYIFDAEC ALEKLTTDHE KDKLKKQFFT PKVLQDYRKL KNTAEQF LS RSGYSEVNLS KLFAGCAVKS UniProtKB: DNA polymerase alpha catalytic subunit |
-分子 #3: DNA/RNA (5'-GTP)-R(P*GP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*G)-D(P*AP*CP*C)-3')
分子 | 名称: DNA/RNA (5'-GTP)-R(P*GP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*G)-D(P*AP*CP*C)-3') タイプ: other / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 3.977352 KDa |
配列 | 文字列: (GTP)GCGGCACG(DA) (DC)(DC) |
-分子 #4: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*...
分子 | 名称: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*A)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.760392 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA) |
-分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER
分子 | 名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4 |
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分子量 | 理論値: 351.64 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FS1: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #7: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: DTP |
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分子量 | 理論値: 491.182 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-DTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 13243 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |