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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27232 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram of Fluad vaccine hemagglutinin spiked nanodisc | |||||||||
マップデータ | subtomogram of Fluad nanodisc, raw | |||||||||
試料 |
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生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Gallagher JR / Audray AK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Commercial influenza vaccines vary in HA-complex structure and in induction of cross-reactive HA antibodies. 著者: Mallory L Myers / John R Gallagher / Alexander J Kim / Walker H Payne / Samantha Maldonado-Puga / Haralabos Assimakopoulos / Kevin W Bock / Udana Torian / Ian N Moore / Audray K Harris / 要旨: Influenza virus infects millions of people annually and can cause global pandemics. Hemagglutinin (HA) is the primary component of commercial influenza vaccines (CIV), and antibody titer to HA is a ...Influenza virus infects millions of people annually and can cause global pandemics. Hemagglutinin (HA) is the primary component of commercial influenza vaccines (CIV), and antibody titer to HA is a primary correlate of protection. Continual antigenic variation of HA requires that CIVs are reformulated yearly. Structural organization of HA complexes have not previously been correlated with induction of broadly reactive antibodies, yet CIV formulations vary in how HA is organized. Using electron microscopy to study four current CIVs, we find structures including: individual HAs, starfish structures with up to 12 HA molecules, and novel spiked-nanodisc structures that display over 50 HA molecules along the complex's perimeter. CIV containing these spiked nanodiscs elicit the highest levels of heterosubtypic cross-reactive antibodies in female mice. Here, we report that HA structural organization can be an important CIV parameter and can be associated with the induction of cross-reactive antibodies to conserved HA epitopes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27232.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27232-v30.xml emd-27232.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27232.png | 163.8 KB | ||
その他 | emd_27232_additional_1.map.gz | 2.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27232 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27232_validation.pdf.gz | 797.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27232_full_validation.pdf.gz | 796.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27232_validation.xml.gz | 3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27232_validation.cif.gz | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27232 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||
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注釈 | subtomogram of Fluad nanodisc, raw | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.6057 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: subtomogram of Fluad nanodisc, processed with nonlinear anisotropic...
ファイル | emd_27232_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | subtomogram of Fluad nanodisc, processed with nonlinear anisotropic diffusion. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hemagglutinin protein extracted from these influenza viruses: A/S...
全体 | 名称: Hemagglutinin protein extracted from these influenza viruses: A/Singapore/GP1908/2015 A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 B/Maryland/15/2016 |
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要素 |
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-超分子 #1: Hemagglutinin protein extracted from these influenza viruses: A/S...
超分子 | 名称: Hemagglutinin protein extracted from these influenza viruses: A/Singapore/GP1908/2015 A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 B/Maryland/15/2016 タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 詳細: formulated in MF59C.1 adjuvant |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
-超分子 #2: A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 hemagglutinin protein
超分子 | 名称: A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 hemagglutinin protein タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 詳細: formulated in MF59C.1 adjuvant |
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-超分子 #3: A/Singapore/GP1908/2015 hemagglutinin protein
超分子 | 名称: A/Singapore/GP1908/2015 hemagglutinin protein / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 詳細: formulated with MF59C.1 adjuvant |
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-超分子 #4: B/Maryland/15/2016 hemagglutinin protein
超分子 | 名称: B/Maryland/15/2016 hemagglutinin protein / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 詳細: formulated with MF59C.1 adjuvant |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Electron Microscopy Sciences / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 1.64 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61 |
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