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- EMDB-27196: Mammalian CIV with GDN bound -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27196
タイトルMammalian CIV with GDN bound
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome c oxidase
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 8種
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / cytochrome-c oxidase / : ...TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / cytochrome-c oxidase / : / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / electron transport coupled proton transport / enzyme regulator activity / ATP synthesis coupled electron transport / central nervous system development / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / : ...Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial ...Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / cattle (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Di Trani J / Rubinstein J
資金援助 カナダ, スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Knut and Alice Wallenberg Foundation2019.0043 スウェーデン
Swedish Research Council2018-04619 スウェーデン
Swedish Research Council016-07213 スウェーデン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural basis of mammalian complex IV inhibition by steroids.
著者: Justin M Di Trani / Agnes Moe / Daniel Riepl / Patricia Saura / Ville R I Kaila / Peter Brzezinski / John L Rubinstein /
要旨: The mitochondrial electron transport chain maintains the proton motive force that powers adenosine triphosphate (ATP) synthesis. The energy for this process comes from oxidation of reduced ...The mitochondrial electron transport chain maintains the proton motive force that powers adenosine triphosphate (ATP) synthesis. The energy for this process comes from oxidation of reduced nicotinamide adenine dinucleotide (NADH) and succinate, with the electrons from this oxidation passed via intermediate carriers to oxygen. Complex IV (CIV), the terminal oxidase, transfers electrons from the intermediate electron carrier cytochrome to oxygen, contributing to the proton motive force in the process. Within CIV, protons move through the K and D pathways during turnover. The former is responsible for transferring two protons to the enzyme's catalytic site upon its reduction, where they eventually combine with oxygen and electrons to form water. CIV is the main site for respiratory regulation, and although previous studies showed that steroid binding can regulate CIV activity, little is known about how this regulation occurs. Here, we characterize the interaction between CIV and steroids using a combination of kinetic experiments, structure determination, and molecular simulations. We show that molecules with a sterol moiety, such as glyco-diosgenin and cholesteryl hemisuccinate, reversibly inhibit CIV. Flash photolysis experiments probing the rapid equilibration of electrons within CIV demonstrate that binding of these molecules inhibits proton uptake through the K pathway. Single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) of CIV with glyco-diosgenin reveals a previously undescribed steroid binding site adjacent to the K pathway, and molecular simulations suggest that the steroid binding modulates the conformational dynamics of key residues and proton transfer kinetics within this pathway. The binding pose of the sterol group sheds light on possible structural gating mechanisms in the CIV catalytic cycle.
履歴
登録2022年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27196.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.07
最小 - 最大-5.290759 - 7.6107597
平均 (標準偏差)-0.0006033711 (±0.23865974)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 263.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27196_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_27196_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome c oxidase

全体名称: Cytochrome c oxidase
要素
  • 複合体: Cytochrome c oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6C
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 8A, mitochondrial
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Cytochrome c oxidase

超分子名称: Cytochrome c oxidase / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 56.964672 KDa
配列文字列: (FME)FINRWLFST NHKDIGTLYL LFGAWAGMVG TALSLLIRAE LGQPGTLLGD DQIYNVVVTA HAFVMIFFMV MPIMIG GFG NWLVPLMIGA PDMAFPRMNN MSFWLLPPSF LLLLASSMVE AGAGTGWTVY PPLAGNLAHA GASVDLTIFS LHLAGVS SI ...文字列:
(FME)FINRWLFST NHKDIGTLYL LFGAWAGMVG TALSLLIRAE LGQPGTLLGD DQIYNVVVTA HAFVMIFFMV MPIMIG GFG NWLVPLMIGA PDMAFPRMNN MSFWLLPPSF LLLLASSMVE AGAGTGWTVY PPLAGNLAHA GASVDLTIFS LHLAGVS SI LGAINFITTI INMKPPAMSQ YQTPLFVWSV MITAVLLLLS LPVLAAGITM LLTDRNLNTT FFDPAGGGDP ILYQHLFW F FGHPEVYILI LPGFGMISHI VTYYSGKKEP FGYMGMVWAM MSIGFLGFIV WAHHMFTVGM DVDTRAYFTS ATMIIAIPT GVKVFSWLAT LHGGNIKWSP AMMWALGFIF LFTVGGLTGI VLANSSLDIV LHDTYYVVAH FHYVLSMGAV FAIMGGFVHW FPLFSGYTL NDTWAKIHFA IMFVGVNMTF FPQHFLGLSG MPRRYSDYPD AYTMWNTISS MGSFISLTAV MLMVFIIWEA F ASKREVLT VDLTTTNLEW LNGCPPPYHT FEEPTYVNL

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 26.068404 KDa
配列文字列: (FME)AYPMQLGFQ DATSPIMEEL LHFHDHTLMI VFLISSLVLY IISLMLTTKL THTSTMDAQE VETIWTILPA IILILI ALP SLRILYMMDE INNPSLTVKT MGHQWYWSYE YTDYEDLSFD SYMIPTSELK PGELRLLEVD NRVVLPMEMT IRMLVSS ED ...文字列:
(FME)AYPMQLGFQ DATSPIMEEL LHFHDHTLMI VFLISSLVLY IISLMLTTKL THTSTMDAQE VETIWTILPA IILILI ALP SLRILYMMDE INNPSLTVKT MGHQWYWSYE YTDYEDLSFD SYMIPTSELK PGELRLLEVD NRVVLPMEMT IRMLVSS ED VLHSWAVPSL GLKTDAIPGR LNQTTLMSSR PGLYYGQCSE ICGSNHSFMP IVLELVPLKY FEKWSASML

+
分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 29.58718 KDa
配列文字列: QTHAYHMVNP SPWPLTGALS ALLMTSGLTM WFHFNSMTLL MIGLTTNMLT MYQWWRDVIR ESTFQGHHTP AVQKGLRYGM ILFIISEVL FFTGFFWAFY HSSLAPTPEL GGCWPPTGIH PLNPLEVPLL NTSVLLASGV SITWAHHSLM EGDRKHMLQA L FITITLGV ...文字列:
QTHAYHMVNP SPWPLTGALS ALLMTSGLTM WFHFNSMTLL MIGLTTNMLT MYQWWRDVIR ESTFQGHHTP AVQKGLRYGM ILFIISEVL FFTGFFWAFY HSSLAPTPEL GGCWPPTGIH PLNPLEVPLL NTSVLLASGV SITWAHHSLM EGDRKHMLQA L FITITLGV YFTLLQASEY YEAPFTISDG VYGSTFFVAT GFHGLHVIIG STFLIVCFFR QLKFHFTSNH HFGFEAAAWY WH FVDVVWL FLYVSIYWWG S

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 16.153474 KDa
配列文字列:
DYALPSYVDR RDYPLPDVAH VKNLSASQKA LKEKEKASWS SLSIDEKVEL YRLKFKESFA EMNRSTNEWK TVVGAAMFFI GFTALLLIW EKHYVYGPIP HTFEEEWVAK QTKRMLDMKV APIQGFSAKW DYDKNEWK

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 11.717269 KDa
配列文字列:
ETDEEFDARW VTYFNKPDID AWELRKGMNT LVGYDLVPEP KIIDAALRAC RRLNDFASAV RILEVVKDKA GPHKEIYPYV IQELRPTLN ELGISTPEEL GLD

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 10.01832 KDa
配列文字列:
GGVPTDEEQA TGLEREVMLA ARKGQDPYNI LAPKATSGTK EDPNLVPSIT NKRIVGCICE EDNSTVIWFW LHKGEAQRCP SCGTHYKLV PH

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 8.368521 KDa
配列文字列:
GARTWRFLTF GLALPSVALC TLNSWLHSGH RERPAFIPYH HLRIRTKPFS WGDGNHTFFH NPRVNPLPTG YE

+
分子 #8: Cytochrome c oxidase subunit 6B1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 9.28242 KDa
配列文字列:
IKNYQTAPFD SRFPNQNQTR NCWQNYLDFH RCEKAMTAKG GDVSVCEWYR RVYKSLCPIS WVSTWDDRRA EGTFPGKI

+
分子 #9: Cytochrome c oxidase subunit 6C

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 8.235723 KDa
配列文字列:
LAKPQMRGLL ARRLRFHIVG AFMVSLGFAT FYKFAVAEKR KKAYADFYRN YDSMKDFEEM RKAGIFQSAK

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 6.189105 KDa
配列文字列:
FENRVAEKQK LFQEDNGLPV HLKGGATDNI LYRVTMTLCL GGTLYSLYCL GWASF

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 5.273975 KDa
配列文字列:
DFHDKYGNAV LASGATFCVA VWVYMATQIG IEWNPSPVGR VTPKEWR

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 5.362319 KDa
配列文字列:
HYEEGPGKNI PFSVENKWRL LAMMTLFFGS GFAAPFFIVR HQLLKK

+
分子 #13: Cytochrome c oxidase subunit 8A, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 8A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 4.769651 KDa
配列文字列:
IHSLPPEGKL GIMELAVGLT SCFVTFLLPA GWILSHLETY RRP

+
分子 #14: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 3 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #15: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #16: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #17: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #18: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #19: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)...

分子名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: PEK
分子量理論値: 768.055 Da
Chemical component information

ChemComp-PEK:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #20: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

+
分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 42.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4161
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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