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- EMDB-27139: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27139
タイトルCryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer
    • 複合体: 1B06 Fab with NC99 HA trimer
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: 1B06 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 1B06 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateSimons Foundation (SF349247) 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: An influenza H1 hemagglutinin stem-only immunogen elicits a broadly cross-reactive B cell response in humans.
著者: Sarah F Andrews / Lauren Y Cominsky / Geoffrey D Shimberg / Rebecca A Gillespie / Jason Gorman / Julie E Raab / Joshua Brand / Adrian Creanga / Suprabhath R Gajjala / Sandeep Narpala / ...著者: Sarah F Andrews / Lauren Y Cominsky / Geoffrey D Shimberg / Rebecca A Gillespie / Jason Gorman / Julie E Raab / Joshua Brand / Adrian Creanga / Suprabhath R Gajjala / Sandeep Narpala / Crystal S F Cheung / Darcy R Harris / Tongqing Zhou / Ingelise Gordon / LaSonji Holman / Floreliz Mendoza / Katherine V Houser / Grace L Chen / John R Mascola / Barney S Graham / Peter D Kwong / Alicia Widge / Lesia K Dropulic / Julie E Ledgerwood / Masaru Kanekiyo / Adrian B McDermott /
要旨: Current yearly seasonal influenza vaccines primarily induce an antibody response directed against the immunodominant but continually diversifying hemagglutinin (HA) head region. These antibody ...Current yearly seasonal influenza vaccines primarily induce an antibody response directed against the immunodominant but continually diversifying hemagglutinin (HA) head region. These antibody responses provide protection against the vaccinating strain but little cross-protection against other influenza strains or subtypes. To focus the immune response on subdominant but more conserved epitopes on the HA stem that might protect against a broad range of influenza strains, we developed a stabilized H1 stem immunogen lacking the immunodominant head displayed on a ferritin nanoparticle (H1ssF). Here, we evaluated the B cell response to H1ssF in healthy adults ages 18 to 70 in a phase 1 clinical trial (NCT03814720). We observed both a strong plasmablast response and sustained elicitation of cross-reactive HA stem-specific memory B cells after vaccination with H1ssF in individuals of all ages. The B cell response was focused on two conserved epitopes on the H1 stem, with a highly restricted immunoglobulin repertoire unique to each epitope. On average, two-thirds of the B cell and serological antibody response recognized a central epitope on the H1 stem and exhibited broad neutralization across group 1 influenza virus subtypes. The remaining third recognized an epitope near the viral membrane anchor and was largely limited to H1 strains. Together, we demonstrate that an H1 HA immunogen lacking the immunodominant HA head produces a robust and broadly neutralizing HA stem-directed B cell response.
履歴
登録2022年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27139.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.9085625 - 2.2275305
平均 (標準偏差)0.013696766 (±0.08581096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27139_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_27139_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: density modified with resolve

ファイルemd_27139_additional_2.map
注釈density modified with resolve
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_27139_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_27139_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited,...

全体名称: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer
    • 複合体: 1B06 Fab with NC99 HA trimer
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: 1B06 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 1B06 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited,...

超分子名称: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: 1B06 Fab with NC99 HA trimer

超分子名称: 1B06 Fab with NC99 HA trimer / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 25.263104 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINCITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINCITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKIDGVSG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH

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分子 #2: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 36.407852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVC EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK ...文字列:
DTICIGYHAN NSTDTVDTVC EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK EKEVLVLWGV HHPPNIGNQR ALYHTENAYV SVVSSHYSRR FTPEIAKRPK VRDQEGRINY YWTLLEPGDT II FEANGNL IAPWYAFALS RGFGSGIITS NAPMDECDAK CQTPQGAINS SLPFQNVHPV TIGECPKYVR SAKLRMVTGL RNI PSIQSR

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分子 #3: 1B06 Heavy Chain

分子名称: 1B06 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.499133 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLLESGGG LVRPGGSLRL SCKASGFSFS RHGLSWVRQA PGKGLEWVSS ISGSSLSRYY ADSVKGRFTI SRDNSQNTLY LQMNSLRVE DTAVFYCVKD RLDTAVPRGW FDSWGQGILV TVSS

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分子 #4: 1B06 Light Chain

分子名称: 1B06 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.77808 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGDRAT LSCRASQSVS TELAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATDIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYFCQ QYNNWPPITF GQGTRLEIK

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 70.72 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 73396

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7mfg

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8d21:
Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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