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万見
- EMDB-27112: S728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 Spike protein (g... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27112
タイトルS728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 Spike protein (global refinement)
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: S728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein
キーワードSARS-CoV-2 / cross-neutralizing antibody / neutralizing mAb / variants of concern / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ozorowski G / Torres JL / Turner HL / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-00492 米国
引用ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2023
タイトル: Site of vulnerability on SARS-CoV-2 spike induces broadly protective antibody against antigenically distinct Omicron subvariants.
著者: Siriruk Changrob / Peter J Halfmann / Hejun Liu / Jonathan L Torres / Joshua J C McGrath / Gabriel Ozorowski / Lei Li / G Dewey Wilbanks / Makoto Kuroda / Tadashi Maemura / Min Huang / Nai- ...著者: Siriruk Changrob / Peter J Halfmann / Hejun Liu / Jonathan L Torres / Joshua J C McGrath / Gabriel Ozorowski / Lei Li / G Dewey Wilbanks / Makoto Kuroda / Tadashi Maemura / Min Huang / Nai-Ying Zheng / Hannah L Turner / Steven A Erickson / Yanbin Fu / Atsuhiro Yasuhara / Gagandeep Singh / Brian Monahan / Jacob Mauldin / Komal Srivastava / Viviana Simon / Florian Krammer / D Noah Sather / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Yoshihiro Kawaoka / Patrick C Wilson /
要旨: The rapid evolution of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variants has emphasized the need to identify antibodies with broad neutralizing capabilities to inform ...The rapid evolution of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variants has emphasized the need to identify antibodies with broad neutralizing capabilities to inform future monoclonal therapies and vaccination strategies. Herein, we identified S728-1157, a broadly neutralizing antibody (bnAb) targeting the receptor-binding site (RBS) that was derived from an individual previously infected with WT SARS-CoV-2 prior to the spread of variants of concern (VOCs). S728-1157 demonstrated broad cross-neutralization of all dominant variants, including D614G, Beta, Delta, Kappa, Mu, and Omicron (BA.1/BA.2/BA.2.75/BA.4/BA.5/BL.1/XBB). Furthermore, S728-1157 protected hamsters against in vivo challenges with WT, Delta, and BA.1 viruses. Structural analysis showed that this antibody targets a class 1/RBS-A epitope in the receptor binding domain via multiple hydrophobic and polar interactions with its heavy chain complementarity determining region 3 (CDR-H3), in addition to common motifs in CDR-H1/CDR-H2 of class 1/RBS-A antibodies. Importantly, this epitope was more readily accessible in the open and prefusion state, or in the hexaproline (6P)-stabilized spike constructs, as compared with diproline (2P) constructs. Overall, S728-1157 demonstrates broad therapeutic potential and may inform target-driven vaccine designs against future SARS-CoV-2 variants.
履歴
登録2022年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27112.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 448 pix.
= 468.16 Å		1.05 Å/pix.
x 448 pix.
= 468.16 Å		1.05 Å/pix.
x 448 pix.
= 468.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.7210096 - 1.4809663
平均 (標準偏差)-0.00019102458 (±0.024559941)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 468.15997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27112_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_27112_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_27112_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein

全体名称: S728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein
要素
  • 複合体: S728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein

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超分子 #1: S728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein

超分子名称: S728-1157 IgG in complex with SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris
150.0 mMSodium chloride
0.005 mMlauryl maltose neopentyl glycol

詳細: Detergent (LMNG) added shortly before vitrification
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 1718 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio model generated in cryosparc
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 151948
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 詳細: heterogenous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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