EMDB-27047: Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-27047

タイトル

Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis of Neutralization Efficacy

マップデータ

試料

ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

キーワード

ZIKV / scFv antibody / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Liu W / Zhang XK / Gong DY / Dai XH / Sharma A / Zhang TH / Bi GQ / Sun R / Zhou ZH / Rey F

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)	DE028583, DE025567	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1S10RR23057, 1S10OD018111, and 1U24GM116792	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DBI-1338135 and DMR-1548924	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis of Neutralization Efficacy
著者: Liu W / Zhang XK / Gong DY / Dai XH / Sharma A / Zhang TH / Bi GQ / Sun R / Zhou ZH / Rey F

履歴

登録	2022年5月20日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年6月7日	-
マップ公開	2023年6月7日	-
更新	2023年6月7日	-
現状	2023年6月7日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_27047.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_27047.map.gz	54.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-27047-v30.xml emd-27047.xml	12.4 KB 12.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_27047.png	189.8 KB
マスクデータ	emd_27047_msk_1.map	59.6 MB		マスクマップ
その他	emd_27047_half_map_1.map.gz emd_27047_half_map_2.map.gz	44.9 MB 44.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27047 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27047	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_27047_validation.pdf.gz	977.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_27047_full_validation.pdf.gz	977 KB	表示
XML形式データ	emd_27047_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_27047_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27047 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27047	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	27045C 27048C 27052C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_27047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	X (Sec.)	Y (Row.)	Z (Col.)
	1.06 Å/pix. x 250 pix. = 265. Å	1.06 Å/pix. x 250 pix. = 265. Å	1.06 Å/pix. x 250 pix. = 265. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.06 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1.5
最小 - 最大	-9.692137000000001 - 17.791799999999999
平均 (標準偏差)	-0.000000000005185 (±1.0)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_27047_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_27047_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_27047_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Zika virus

全体	名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
要素	ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

-
超分子 #1: Zika virus

超分子	名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer, pH 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 26.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 671520
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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