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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2702 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6 and Listerin | |||||||||
マップデータ | 60S ribosomal subunit in complex with eIF6 and Listerin E3 ligase | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / ubiquitination / quality control | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Shao S / Hegde RS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2014 タイトル: Reconstitution of a minimal ribosome-associated ubiquitination pathway with purified factors. 著者: Sichen Shao / Ramanujan S Hegde / 要旨: Ribosomes stalled on aberrant mRNAs engage quality control mechanisms that degrade the partially translated nascent polypeptide. Ubiquitination of the nascent protein is mediated by the E3 ligase ...Ribosomes stalled on aberrant mRNAs engage quality control mechanisms that degrade the partially translated nascent polypeptide. Ubiquitination of the nascent protein is mediated by the E3 ligase Listerin via a mechanism involving ribosome subunit dissociation. Here, we reconstitute ribosome-associated ubiquitination with purified factors to define the minimal components and essential steps in this process. We find that the primary role of the ribosome splitting factors Hbs1, Pelota, and ABCE1 is to permit Listerin access to the nascent chain. Listerin alone can discriminate 60S- from 80S-nascent chain complexes to selectively ubiquitinate the former. Splitting factors can be bypassed by artificially removing the 40S subunit, suggesting that mere steric hindrance impedes Listerin recruitment. This was illustrated by a cryo-EM reconstruction of the 60S-Listerin complex that identifies a binding interface that clashes with the 40S ribosomal subunit. These results reveal the mechanistic logic of the core steps in a ribosome-associated quality control pathway. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2702.map.gz | 20.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2702-v30.xml emd-2702.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2702.tif | 758.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2702 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2702 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2702_validation.pdf.gz | 246.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2702_full_validation.pdf.gz | 245.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2702_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2702 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2702 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 60S ribosomal subunit in complex with eIF6 and Listerin E3 ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6 and Listerin...
全体 | 名称: mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6 and Listerin E3 ligase |
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要素 |
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-超分子 #1000: mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6 and Listerin...
超分子 | 名称: mammalian 60S ribosomal subunit in complex with eIF6 and Listerin E3 ligase タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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-超分子 #1: 60S ribosomal subunit
超分子 | 名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S, LSU RNA 28S, LSU RNA 5.8S, LSU RNA 5S |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 細胞: reticulocyte / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 2.9 MDa |
-分子 #1: eukaryotic initiation factor 6
分子 | 名称: eukaryotic initiation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eIF6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 27 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 |
-分子 #2: Listerin
分子 | 名称: Listerin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: RNF160, ZNF294 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pcDNA3.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Hepes, 100 mM KAc, 5 mM MgAc2, 1 mM DTT |
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グリッド | 詳細: Quantifoil R2/2 on 400 mesh Cu grid with thin carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification |
日付 | 2014年4月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1568 / 平均電子線量: 25 e/Å2 詳細: An in-house system was used to intercept the videos from the detector at a rate of 17 frames for 1s exposures |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | RELION movement correction processing |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION / 使用した粒子像数: 9148 |