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- EMDB-26743: Structure of C. elegans TMC-1 complex with ARRD-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26743
タイトルStructure of C. elegans TMC-1 complex with ARRD-6
マップデータVolume
試料
  • 複合体: Native TMC-1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane channel-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: CALMyrin (Calcium and Integrin Binding protein) homolog
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane inner ear expressed protein
    • タンパク質・ペプチド: ARRestin Domain protein
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードComplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of stimulus involved in sensory perception / striated muscle dense body / sensory perception of chemical stimulus / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / non-motile cilium / sodium channel activity / monoatomic ion channel activity / calcium ion homeostasis / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport ...detection of stimulus involved in sensory perception / striated muscle dense body / sensory perception of chemical stimulus / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / non-motile cilium / sodium channel activity / monoatomic ion channel activity / calcium ion homeostasis / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / neuronal cell body / calcium ion binding / magnesium ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transmembrane inner ear expressed protein / TMIE protein / TMC domain / Transmembrane channel-like protein / TMC domain / : / : / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain ...Transmembrane inner ear expressed protein / TMIE protein / TMC domain / Transmembrane channel-like protein / TMC domain / : / : / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Arrestin C-terminal-like domain-containing protein / Transmembrane channel-like protein 1 / EF-hand domain-containing protein / Transmembrane inner ear
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Jeong H / Clark S / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structures of the TMC-1 complex illuminate mechanosensory transduction.
著者: Hanbin Jeong / Sarah Clark / April Goehring / Sepehr Dehghani-Ghahnaviyeh / Ali Rasouli / Emad Tajkhorshid / Eric Gouaux /
要旨: The initial step in the sensory transduction pathway underpinning hearing and balance in mammals involves the conversion of force into the gating of a mechanosensory transduction channel. Despite the ...The initial step in the sensory transduction pathway underpinning hearing and balance in mammals involves the conversion of force into the gating of a mechanosensory transduction channel. Despite the profound socioeconomic impacts of hearing disorders and the fundamental biological significance of understanding mechanosensory transduction, the composition, structure and mechanism of the mechanosensory transduction complex have remained poorly characterized. Here we report the single-particle cryo-electron microscopy structure of the native transmembrane channel-like protein 1 (TMC-1) mechanosensory transduction complex isolated from Caenorhabditis elegans. The two-fold symmetric complex is composed of two copies each of the pore-forming TMC-1 subunit, the calcium-binding protein CALM-1 and the transmembrane inner ear protein TMIE. CALM-1 makes extensive contacts with the cytoplasmic face of the TMC-1 subunits, whereas the single-pass TMIE subunits reside on the periphery of the complex, poised like the handles of an accordion. A subset of complexes additionally includes a single arrestin-like protein, arrestin domain protein (ARRD-6), bound to a CALM-1 subunit. Single-particle reconstructions and molecular dynamics simulations show how the mechanosensory transduction complex deforms the membrane bilayer and suggest crucial roles for lipid-protein interactions in the mechanism by which mechanical force is transduced to ion channel gating.
履歴
登録2022年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2023年8月9日-
現状2023年8月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26743.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 335.6 Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 335.6 Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 335.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-42.398449999999997 - 66.936620000000005
平均 (標準偏差)-0.000000000002247 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 335.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional-Volume

ファイルemd_26743_additional_1.map
注釈Additional-Volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26743_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26743_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native TMC-1 complex

全体名称: Native TMC-1 complex
要素
  • 複合体: Native TMC-1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane channel-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: CALMyrin (Calcium and Integrin Binding protein) homolog
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane inner ear expressed protein
    • タンパク質・ペプチド: ARRestin Domain protein
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: Native TMC-1 complex

超分子名称: Native TMC-1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 480 KDa

+
分子 #1: Transmembrane channel-like protein 1

分子名称: Transmembrane channel-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 147.331812 KDa
配列文字列: MQEAARRASL RKEHTPTNEK FGDLSKQDSL GERASSKLTL DDELYDILYA FGETDAFINK GDKQRETDED GNPLTRQALL ERIRQKKEV IGKLRCQAWS MTRKRRTLKL AQKYLEQHES KVSRSHLYME EMRKRARLMK RSFSNFKTYL IPWESKIKRI E SHFGSVVS ...文字列:
MQEAARRASL RKEHTPTNEK FGDLSKQDSL GERASSKLTL DDELYDILYA FGETDAFINK GDKQRETDED GNPLTRQALL ERIRQKKEV IGKLRCQAWS MTRKRRTLKL AQKYLEQHES KVSRSHLYME EMRKRARLMK RSFSNFKTYL IPWESKIKRI E SHFGSVVS SYFTFLRWIV FVNIMITLIA LVFVVLPETL ADSVANEGRF NRTKTRKQIP ANERVHADEL AVVWHYDGYL RY SPLFYGY YSDDPFLGNK IKYALPLAYF MVTLTIFAYS FFAILRKMAA NARMSKLSGS KAEQYIFNWK LFTGWDYTIG NSE TASNTV MAVVIKLRES IADIKKDAHG KFRLLQFSLR VFANIIICAM LGFSIYCIIF AVQKSQVQDD GNLFTKNQVP SVVS TITHV FPMIFDLIGK MENYHPRTAL RAHLGRVLIL YTVNYITLIF ALFEKMTALR DRVNSTSTSS SHRTKRQQGG WNPNM QRPP PYASRAEVRQ MSDFLAANTR RFQTVSQRTT RSVTTPFTVA PQFGPFNVNN PNAVFHNGTH STSFESQILG PKALPI FTP PPRKYPGFTP GNVGQQFGGP DFPRNQVYTK STPLPRVRTK PPWVYTTTHP PLVQNRAMTT TMSKSAKKGN SKNLDDD IL LSNETIQMSE AALRRNHDGH NNDICWETII GQEIVKLVTM DLIFTILSIL VIDLFRGLWI KYCSSWWCWD IETTFPEY G EFKVAENVLH IINNQGMIWL GLFFAPLLPA INNIKLIILM YIRGWAVMTC NVPAREIFRA SRSSNFYLGI LLIWLLLCT LPVGFVIASM SPSRSCGPFA RYQHFYTVVT REIEKRVDQT VLSYIRHIAS PGVVIPIILF LILIIYFLFS LVRGLREANT DLQAQLVHE RTEEKKKIFE LAGGKKNKFE KDRDKKRSND YIPLIEQRRR EPWRQYHEME ADHALASDSS EESDINEDED D ERQPLTAY PLRAIETPPE TLQVTAFHPS LGSLIENREM EDEESASGDQ LPMIHKSVSF QGPSHMQMRQ SISTESCSQI SR SAIQVAT PEEIRALLRP YLEAKYGIPY QHGIKSFPID VHTPPNNTPS RRSSKYNSFV SLYEHTRDDH KNFVASTIKE TDE DPGKSD KKQTSSKDVA PDFMPWPSAD EARALREKMK SKTPLMLTKT TVEEKPKGGK SSESEFRPPV PIHRKYNIQT TEEE NEEEE TDSAPESSKK RFRISVSPTK TIAPASASRA QHKIVSQASS SSSIPHGRQP DPNKKASLVL PPLRAPRVQF DEDDS PRQI D

UniProtKB: Transmembrane channel-like protein 1

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分子 #2: CALMyrin (Calcium and Integrin Binding protein) homolog

分子名称: CALMyrin (Calcium and Integrin Binding protein) homolog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 23.568568 KDa
配列文字列: MGNNASSLSE LNLFSKGGVF TREQLDEYQD CTFFTRKDII RLYKRFYALN PHKVPTNMQG NRPAITTLTF EEVEKMPELK ENPFKRRIC EVFSEDGRGN LSFDDFLDMF SVFSEMAPLQ LKLKYAFRIY DYDGDELLGH DDLSKMIRSL TRDELSDVEV E FIIERIIE ...文字列:
MGNNASSLSE LNLFSKGGVF TREQLDEYQD CTFFTRKDII RLYKRFYALN PHKVPTNMQG NRPAITTLTF EEVEKMPELK ENPFKRRIC EVFSEDGRGN LSFDDFLDMF SVFSEMAPLQ LKLKYAFRIY DYDGDELLGH DDLSKMIRSL TRDELSDVEV E FIIERIIE EADLDGDSSI NFAEFEHVVS RSPDFIRTFH IRI

UniProtKB: EF-hand domain-containing protein

+
分子 #3: Transmembrane inner ear expressed protein

分子名称: Transmembrane inner ear expressed protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 12.668813 KDa
配列文字列:
MPSGNEEINH LSALDQFVAP GLRLWMLIAL VGGVLLIMIV IVCCFMRIRI PRTKRQIDLI AAKRKLRKST KNSAEANAHN DERAQAIVM NSMPSGGGGG APSTSSSRHT GSRIQSQV

UniProtKB: Transmembrane inner ear

+
分子 #4: ARRestin Domain protein

分子名称: ARRestin Domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 53.103715 KDa
配列文字列: MAEEKKETMI STLLEKHYFQ VEEQKSGMDY ISSFDIRLNK DVYYAGETIS GSVLLENTEN IKIRGIRVLL RGKVHATLKV VKSGERRTL KDDQYVLDEK QLLWGKDKSD ESDSVPILAR GVHQFSFNFD LPQSSLPCSL ESRHCTIRYY FKVIIDIPYA S SPQGIKYF ...文字列:
MAEEKKETMI STLLEKHYFQ VEEQKSGMDY ISSFDIRLNK DVYYAGETIS GSVLLENTEN IKIRGIRVLL RGKVHATLKV VKSGERRTL KDDQYVLDEK QLLWGKDKSD ESDSVPILAR GVHQFSFNFD LPQSSLPCSL ESRHCTIRYY FKVIIDIPYA S SPQGIKYF TIIGPHIDSM EEKYLSPLSA QDRKVNCCWC CQRGALALRI ILERTAYVCG ENIRVRAQIE NRQSTAQSLV IR LVQHVEV FVEKGLLGEN KMMSCVVFEH KSPAIAANSQ GKYDSTLEQP IRLPVVPPTL VGVCRLIQIY YALRVCMEDE KGN ECLHID FPLTVATIPY RIPNAPPPPV DYDFCSNHVE GGKYVSPEFR LGQVYDGEGE EINKEEEIVL YRPVYVKLAD RRIG SPHVS KDFRSGSFTR IADSSLALVT EPNGSRRRSI LVASNPCLAM RDESMDEKLM MTNGCNSEGD PLVA

UniProtKB: Arrestin C-terminal-like domain-containing protein

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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分子 #7: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #9: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99248
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99248
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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