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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26740 | |||||||||
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タイトル | Ligand-free Lassa GPC Trimer with C1 Symmetry | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | GPC / GP1 / GP2 / Lassa / Arenavirus / Cleavage intermediate / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Lassa virus Josiah (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cleavage-intermediate Lassa virus trimer elicits neutralizing responses, identifies neutralizing nanobodies, and reveals an apex-situated site-of-vulnerability. 著者: Jason Gorman / Crystal Sao-Fong Cheung / Zhijian Duan / Li Ou / Maple Wang / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Andrea Biju / Yaping Sun / Pengfei Wang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Jeffrey C ...著者: Jason Gorman / Crystal Sao-Fong Cheung / Zhijian Duan / Li Ou / Maple Wang / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Andrea Biju / Yaping Sun / Pengfei Wang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Jeffrey C Boyington / Tatsiana Bylund / Sam Charaf / Steven J Chen / Haijuan Du / Amy R Henry / Tracy Liu / Edward K Sarfo / Chaim A Schramm / Chen-Hsiang Shen / Tyler Stephens / I-Ting Teng / John-Paul Todd / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Danyi Wang / Shuishu Wang / Zhantong Wang / Cheng-Yan Zheng / Tongqing Zhou / Daniel C Douek / John R Mascola / David D Ho / Mitchell Ho / Peter D Kwong / 要旨: Lassa virus (LASV) infection is expanding outside its traditionally endemic areas in West Africa, posing a pandemic biothreat. LASV-neutralizing antibodies, moreover, have proven difficult to elicit. ...Lassa virus (LASV) infection is expanding outside its traditionally endemic areas in West Africa, posing a pandemic biothreat. LASV-neutralizing antibodies, moreover, have proven difficult to elicit. To gain insight into LASV neutralization, here we develop a prefusion-stabilized LASV glycoprotein trimer (GPC), pan it against phage libraries comprising single-domain antibodies (nanobodies) from shark and camel, and identify one, D5, which neutralizes LASV. Cryo-EM analyses reveal D5 to recognize a cleavage-dependent site-of-vulnerability at the trimer apex. The recognized site appears specific to GPC intermediates, with protomers lacking full cleavage between GP1 and GP2 subunits. Guinea pig immunizations with the prefusion-stabilized cleavage-intermediate LASV GPC, first as trimer and then as a nanoparticle, induce neutralizing responses, targeting multiple epitopes including that of D5; we identify a neutralizing antibody (GP23) from the immunized guinea pigs. Collectively, our findings define a prefusion-stabilized GPC trimer, reveal an apex-situated site-of-vulnerability, and demonstrate elicitation of LASV-neutralizing responses by a cleavage-intermediate LASV trimer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26740.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26740-v30.xml emd-26740.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26740.png | 42 KB | ||
マスクデータ | emd_26740_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26740.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_26740_additional_1.map.gz emd_26740_half_map_1.map.gz emd_26740_half_map_2.map.gz | 30.5 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26740 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26740 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26740_validation.pdf.gz | 761 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26740_full_validation.pdf.gz | 760.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26740_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26740_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26740 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26740 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07325 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26740_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_26740_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_26740_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_26740_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Lassa GPC Trimer
全体 | 名称: Lassa GPC Trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Lassa GPC Trimer
超分子 | 名称: Lassa GPC Trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス) |
-分子 #1: Lassa GPC Trimer
分子 | 名称: Lassa GPC Trimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TSLYKGVYEL QTLELNMETL NMTMPLSCTK NNSHHYIMVG NETGLELTLT NTSIINHKFC NLSDAHKKNL YDHALMSIIS TFHLSIPNFN QYEAMSCDFN GGKISVQYNL SHSYAGDAAN HCGTVANGVL QTFMRMAWGG SYIALDSGGC GNWDCIMTSY QYLIIQNTTW ...文字列: TSLYKGVYEL QTLELNMETL NMTMPLSCTK NNSHHYIMVG NETGLELTLT NTSIINHKFC NLSDAHKKNL YDHALMSIIS TFHLSIPNFN QYEAMSCDFN GGKISVQYNL SHSYAGDAAN HCGTVANGVL QTFMRMAWGG SYIALDSGGC GNWDCIMTSY QYLIIQNTTW EDHCQFSRPS PIGYLGLLSQ RTRDIYISRR RRGTFTWTLS DSEGKDTPGG YCLTRWMLIE AELKCFGNTA VAKCNEKHDE EFCDMLRLFD FNKQAIQRCK APAQMSIQLI NKAVNALIND QLIMKNHLRD IMGIPYCNYS KYWYLNHTTT GRTSLPKCWL VSNGSYLNET HFSDDIEQQA DNMITEMLQK EGGGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWVLLSTFL GGLVPR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 56.52 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 43577 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |