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- EMDB-26711: Human HHAT H379C in complex with SHH N-terminal peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26711
タイトルHuman HHAT H379C in complex with SHH N-terminal peptide
マップデータmembrane protein
試料
  • 複合体: 16:0 CoA and SHH-N-bound human HHAT
    • 複合体: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT (E.C.2.3.1.-), SHH-N peptide
      • タンパク質・ペプチド: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
      • タンパク質・ペプチド: SHH-N peptide
    • 複合体: 3H02 heavy chain, 3H02 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 3H02 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 3H02 light chain
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: Palmitoyl-CoA
  • リガンド: Digitonin
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding ...N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
: / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu Y / Qi X / Li X
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Welch Foundation 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Mechanisms and inhibition of Porcupine-mediated Wnt acylation.
著者: Yang Liu / Xiaofeng Qi / Linda Donnelly / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Tao Long / Rich W Zhou / Yingyuan Sun / Boyuan Wang / Xiaochun Li /
要旨: Wnt signalling is essential for regulation of embryonic development and adult tissue homeostasis, and aberrant Wnt signalling is frequently associated with cancers. Wnt signalling requires ...Wnt signalling is essential for regulation of embryonic development and adult tissue homeostasis, and aberrant Wnt signalling is frequently associated with cancers. Wnt signalling requires palmitoleoylation on a hairpin 2 motif by the endoplasmic reticulum-resident membrane-bound O-acyltransferase Porcupine (PORCN). This modification is indispensable for Wnt binding to its receptor Frizzled, which triggers signalling. Here we report four cryo-electron microscopy structures of human PORCN: the complex with the palmitoleoyl-coenzyme A (palmitoleoyl-CoA) substrate; the complex with the PORCN inhibitor LGK974, an anti-cancer drug currently in clinical trials; the complex with LGK974 and WNT3A hairpin 2 (WNT3Ap); and the complex with a synthetic palmitoleoylated WNT3Ap analogue. The structures reveal that hairpin 2 of WNT3A, which is well conserved in all Wnt ligands, inserts into PORCN from the lumenal side, and the palmitoleoyl-CoA accesses the enzyme from the cytosolic side. The catalytic histidine triggers the transfer of the unsaturated palmitoleoyl group to the target serine on the Wnt hairpin 2, facilitated by the proximity of the two substrates. The inhibitor-bound structure shows that LGK974 occupies the palmitoleoyl-CoA binding site to prevent the reaction. Thus, this work provides a mechanism for Wnt acylation and advances the development of PORCN inhibitors for cancer treatment.
履歴
登録2022年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26711.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈membrane protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.44 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.44 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.056409594 - 0.099974185
平均 (標準偏差)9.245768e-05 (±0.002775441)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 269.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: membrane protein

ファイルemd_26711_half_map_1.map
注釈membrane protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: membrane protein

ファイルemd_26711_half_map_2.map
注釈membrane protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 16:0 CoA and SHH-N-bound human HHAT

全体名称: 16:0 CoA and SHH-N-bound human HHAT
要素
  • 複合体: 16:0 CoA and SHH-N-bound human HHAT
    • 複合体: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT (E.C.2.3.1.-), SHH-N peptide
      • タンパク質・ペプチド: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
      • タンパク質・ペプチド: SHH-N peptide
    • 複合体: 3H02 heavy chain, 3H02 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 3H02 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 3H02 light chain
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: Palmitoyl-CoA
  • リガンド: Digitonin

+
超分子 #1: 16:0 CoA and SHH-N-bound human HHAT

超分子名称: 16:0 CoA and SHH-N-bound human HHAT / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

+
超分子 #2: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT (E.C.2.3.1.-), SHH-N...

超分子名称: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT (E.C.2.3.1.-), SHH-N peptide
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: 3H02 heavy chain, 3H02 light chain

超分子名称: 3H02 heavy chain, 3H02 light chain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT

分子名称: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.205609 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPRWELALY LLASLGFHFY SFYEVYKVSR EHEEELDQEF ELETDTLFGG LKKDATDFEW SFWMEWGKQW LVWLLLGHMV VSQMATLLA RKHRPWILML YGMWACWCVL GTPGVAMVLL HTTISFCVAQ FRSQLLTWLC SLLLLSTLRL QGVEEVKRRW Y KTENEYYL ...文字列:
MLPRWELALY LLASLGFHFY SFYEVYKVSR EHEEELDQEF ELETDTLFGG LKKDATDFEW SFWMEWGKQW LVWLLLGHMV VSQMATLLA RKHRPWILML YGMWACWCVL GTPGVAMVLL HTTISFCVAQ FRSQLLTWLC SLLLLSTLRL QGVEEVKRRW Y KTENEYYL LQFTLTVRCL YYTSFSLELC WQQLPAASTS YSFPWMLAYV FYYPVLHNGP ILSFSEFIKQ MQQQEHDSLK AS LCVLALG LGRLLCWWWL AELMAHLMYM HAIYSSIPLL ETVSCWTLGG LALAQVLFFY VKYLVLFGVP ALLMRLDGLT PPA LPRCVS TMFSFTGMWR YFDVGLHNFL IRYVYIPVGG SQHGLLGTLF STAMTFAFVS YWCGGYDYLW CWAALNWLGV TVEN GVRRL VETPCIQDSL ARYFSPQARR RFHAALASCS TSMLILSNLV FLGGNEVGKT YWNRIFIQGW PWVTLSVLGF LYCYS HVGI AWAQTYATDD YKDDDK

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分子 #2: SHH-N peptide

分子名称: SHH-N peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 693.796 Da
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
CGPGRGF

+
分子 #3: 3H02 heavy chain

分子名称: 3H02 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.352734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ IQLVQSGPEL KKPGETVKIS CKASGYTFTN YGMNWVRQAP GKGLKWMGWI NTYTGEPTYA DDFKGRFAF SLETSASTAY LQINNLKDED MATYFCARVW NYDYYFDYWG QGTTLTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG T AALGCLVK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ IQLVQSGPEL KKPGETVKIS CKASGYTFTN YGMNWVRQAP GKGLKWMGWI NTYTGEPTYA DDFKGRFAF SLETSASTAY LQINNLKDED MATYFCARVW NYDYYFDYWG QGTTLTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG T AALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KS CDKTHHH HHH

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分子 #4: 3H02 light chain

分子名称: 3H02 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.239471 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATARTGVHS DVLMTQTPLS LPVSLGDQVS ISCRSSQSIV HSNGNTYLEW YLQKPGQSPK LLIYRVSNRF SGVPDRFSG SGSGTDFTLK ISRVEAEDLG VYYCFQGSHV PWTFGGGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC L LNNFYPRE ...文字列:
MGWSCIILFL VATARTGVHS DVLMTQTPLS LPVSLGDQVS ISCRSSQSIV HSNGNTYLEW YLQKPGQSPK LLIYRVSNRF SGVPDRFSG SGSGTDFTLK ISRVEAEDLG VYYCFQGSHV PWTFGGGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC L LNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #5: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #6: Palmitoyl-CoA

分子名称: Palmitoyl-CoA / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PKZ
分子量理論値: 1.005943 KDa
Chemical component information

ChemComp-PKZ:
Palmitoyl-CoA / パルミトイルCoA

+
分子 #7: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 8.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 274370
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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