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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26706 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SHIV-elicited, FP-directed Rhesus Fab RM6561.DH1021.14 in complex with stabilized HIV-1 Env Ce1176 DS-SOSIP.664 | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of SHIV-elicited, FP-directed Rhesus Fab RM6561.DH1021.14 in complex with stabilized HIV-1 Env Ce1176 DS-SOSIP.664 著者: Gorman J / Kwong PD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26706.map.gz | 117 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26706-v30.xml emd-26706.xml | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26706.png | 104.7 KB | ||
マスクデータ | emd_26706_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_26706_additional_1.map.gz emd_26706_additional_2.map.gz emd_26706_half_map_1.map.gz emd_26706_half_map_2.map.gz | 10 MB 31.9 MB 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26706 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26706_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26706_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26706_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26706_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26706 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ur6MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26706_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Density modified with resolve
ファイル | emd_26706_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Density modified with resolve | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_26706_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_26706_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_26706_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Fab RM6561.DH1021.14 with stabilized HIV-1 Env Ce1176
全体 | 名称: Fab RM6561.DH1021.14 with stabilized HIV-1 Env Ce1176 |
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要素 |
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-超分子 #1: Fab RM6561.DH1021.14 with stabilized HIV-1 Env Ce1176
超分子 | 名称: Fab RM6561.DH1021.14 with stabilized HIV-1 Env Ce1176 タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: gp120
分子 | 名称: gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.648887 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPAENLWVTV YYGVPVWKEA KTTLFCASDA KAYEKEVHNV WATHACVPTD PNPQEMVLEN VTENFNMWKN DMVDQMHEDV ISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLNCTNTTVS NGSSNSNANF EEMKNCSFNA TTEIKDKKKN EYALFYKLDI VPLNNSSGKY R LINCNTSA ...文字列: GPAENLWVTV YYGVPVWKEA KTTLFCASDA KAYEKEVHNV WATHACVPTD PNPQEMVLEN VTENFNMWKN DMVDQMHEDV ISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLNCTNTTVS NGSSNSNANF EEMKNCSFNA TTEIKDKKKN EYALFYKLDI VPLNNSSGKY R LINCNTSA CTQICPKVTF EPIPIHYCAP AGYAILKCNN KTFNGTGPCN NVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEKEI II RSENLTN NAKTIIVHLN ESVGIVCTRP SNMTRKSIRI GPGQTFYALG DIIGDIRQPH CNISKQNWNR TLQQVGRKLA EHF PNRNIT FNHSSGGDLE ITTHSFNCRG EFFYCNTSGL FNGTYHPNGT YNETAVNSSD TITLQCRIKQ IINMWQEVGR CMYA PPIAG NITCNSNITG LLLTRDGGIN QTGEEIFRPG GGDMRDNWRS ELYKYKVVEI KPLGIAPTKC KRRVVERRRR RR |
-分子 #2: gp41
分子 | 名称: gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.24051 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASNTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHMLQLGVW GFKQLQARVL AIERYLEVQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSTWSNRTQE DIWNNMTWME WEREIGNYTH TIYSLLEESQ FQQEINEKDL LALD |
-分子 #3: Heavy Chain
分子 | 名称: Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 14.505475 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVTLKESGPA LVKPTQTLTL TCTFSGFSMS NFGSGIYWIR QPPGKALEWL AGIYWTDSKY YNLSLKTRLT ISKDTSKSQV ILIMTNMDP VDTATYYCAD IRGRYYYSNG FLFDVVGVES WGQGVVVTVS S |
-分子 #4: Light Chain
分子 | 名称: Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 11.679873 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSA SEAARKTVTI SCSGSRSNIG SNSVSWYKQV PGTAPKLLIK YNDQRPSGVS DRFSGSKSGT SASLAISGLQ TEDEADYYC ATWDDSLNGY IFGVGTRLIV L |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 42 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 X / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.27 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 13272 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) |