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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26685 | |||||||||
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タイトル | Cardiac amyloid fibrils extracted from a variant ATTR I84S amyloidosis patient | |||||||||
マップデータ | main map for model building | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transthyretin (トランスサイレチン) / Amyloidosis (アミロイドーシス) / Systemic amyloidosis / ATTR / Cardiac (心臓) / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen BA / Saelices L | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural polymorphism of amyloid fibrils in ATTR amyloidosis revealed by cryo-electron microscopy 著者: Nguyen BA / Singh V / Afrin S / Yakubovska A / Wang L / Ahmed Y / Pedretti R / Fernandez-Ramirez MDC / Singh P / Pekala M / Cabrera Hernandez LO / Kumar S / Lemoff A / Gonzalez-Prieto R / ...著者: Nguyen BA / Singh V / Afrin S / Yakubovska A / Wang L / Ahmed Y / Pedretti R / Fernandez-Ramirez MDC / Singh P / Pekala M / Cabrera Hernandez LO / Kumar S / Lemoff A / Gonzalez-Prieto R / Sawaya MR / Eisenberg DS / Benson MD / Saelices L | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26685.map.gz | 2.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26685-v30.xml emd-26685.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26685_fsc.xml | 7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26685.png | 66.4 KB | ||
マスクデータ | emd_26685_msk_1.map | 28.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26685.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_26685_additional_1.map.gz emd_26685_half_map_1.map.gz emd_26685_half_map_2.map.gz | 21.9 MB 22 MB 22 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26685 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26685 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8e7eM M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map for model building | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26685_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: reconstructed map from 2 halfs
ファイル | emd_26685_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | reconstructed map from 2 halfs | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_26685_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_26685_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : cardiac amyloid fibril of variant I84S transthyretin amyloidosis
全体 | 名称: cardiac amyloid fibril of variant I84S transthyretin amyloidosis |
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要素 |
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-超分子 #1: cardiac amyloid fibril of variant I84S transthyretin amyloidosis
超分子 | 名称: cardiac amyloid fibril of variant I84S transthyretin amyloidosis タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / 組織: Cardiac |
-分子 #1: Transthyretin
分子 | 名称: Transthyretin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASHRLLLLC LAGLVFVSEA GPTGTGESKC PLMVKVLDAV RGSPAINVAV HVFRKAADDT WEPFASGKTS ESGELHGLTT EEEFVEGIYK VEIDTKSYWK ALGISPFHEH AEVVFTANDS GPRRYTIAAL LSPYSYSTTA VVTNPKE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 33.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |