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- EMDB-26659: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26659
タイトルPrefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
マップデータPrefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
試料
  • 複合体: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1H8 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1H8 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHenipavirus / Nipah virus / NiV / F / fusion / prefusion / preF / pre-F / neutralizing antibody / Fab / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Nipah henipavirus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Byrne PO / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for antibody recognition of vulnerable epitopes on Nipah virus F protein.
著者: Patrick O Byrne / Brian E Fisher / David R Ambrozak / Elizabeth G Blade / Yaroslav Tsybovsky / Barney S Graham / Jason S McLellan / Rebecca J Loomis /
要旨: Nipah virus (NiV) is a pathogenic paramyxovirus that causes fatal encephalitis in humans. Two envelope glycoproteins, the attachment protein (G/RBP) and fusion protein (F), facilitate entry into host ...Nipah virus (NiV) is a pathogenic paramyxovirus that causes fatal encephalitis in humans. Two envelope glycoproteins, the attachment protein (G/RBP) and fusion protein (F), facilitate entry into host cells. Due to its vital role, NiV F presents an attractive target for developing vaccines and therapeutics. Several neutralization-sensitive epitopes on the NiV F apex have been described, however the antigenicity of most of the F protein's surface remains uncharacterized. Here, we immunize mice with prefusion-stabilized NiV F and isolate ten monoclonal antibodies that neutralize pseudotyped virus. Cryo-electron microscopy reveals eight neutralization-sensitive epitopes on NiV F, four of which have not previously been described. Novel sites span the lateral and basal faces of NiV F, expanding the known library of vulnerable epitopes. Seven of ten antibodies bind the Hendra virus (HeV) F protein. Multiple sequence alignment suggests that some of these newly identified neutralizing antibodies may also bind F proteins across the Henipavirus genus. This work identifies new epitopes as targets for therapeutics, provides a molecular basis for NiV neutralization, and lays a foundation for development of new cross-reactive antibodies targeting Henipavirus F proteins.
履歴
登録2022年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26659.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.1
最小 - 最大-4.1188393 - 10.027763999999999
平均 (標準偏差)-0.000594364 (±0.14120135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 475.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26659_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional map 1

ファイルemd_26659_additional_1.map
注釈Additional map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_26659_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_26659_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8

全体名称: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
要素
  • 複合体: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1H8 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1H8 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8

超分子名称: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Nipah henipavirus (ウイルス)

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分子 #1: Fab 1H8 heavy chain

分子名称: Fab 1H8 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.335375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEFGLSWIFL AAILKGVQCE VQLQQSGPEL VKPGASVKIS CKASGYSFTG YTMNWVKQSH GKNLEWIGLI NPFIGGTRYN QKFKGKATL TVDKSSRTAY MELLSLTSED SAVYYCAREA DYDWYFDVWG AGTTVTVSS

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分子 #2: Fab 1H8 light chain

分子名称: Fab 1H8 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.880542 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEFGLSWIFL AAILKGVQCD IQMTQTTSSL SASLGDRVTI SCRASQDISN YLHWYQQKPD GTVNLLIFYT SRLHSGVPSR FSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQQ GNTLPRTFGG GTKLEIK

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分子 #3: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nipah henipavirus (ウイルス)
分子量理論値: 52.893848 KDa
組換発現生物種: Nipah henipavirus (ウイルス)
配列文字列: MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN NTHDCVGDVR LAGVCMAGVA IGIATAAQIT AGVALYEAMK NADNINKLKS SIESTNEAVV K LQETAEKT ...文字列:
MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN NTHDCVGDVR LAGVCMAGVA IGIATAAQIT AGVALYEAMK NADNINKLKS SIESTNEAVV K LQETAEKT VYVFTALQDY INTNLVPTID KIPCKQTELS LDLALSKYLS DLLFVFGPNL QDPVSNSMTI QAISQAFGGN YE TLLRTLG YATEDFDDLL ESDSITGQII YVDLSSYYII VRVYFPILTE IQQAYIQELL PVSFNNDNSE WISIVPNFIL VRN TLISNI EIGFCLITKR SVICNQDYAT PMTNNMRECL TGSTEKCPRE LVVSSHVPRF ALSNGVLFAN CISVTCQCQT TGRA ISQSG EQTLLMIDNT TCPTAVLGNV IISLGKYLGS VNYNSEGIAI GPPVFTDKVD ISSQISSMNQ SLQQSKDYIK EAQRL

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 305954
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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