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- EMDB-26614: Complex of UBE2O with NAP1L1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26614
タイトルComplex of UBE2O with NAP1L1
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Complex of UBE2O with NAP1L1
    • タンパク質・ペプチド: (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
    • タンパク質・ペプチド: Nucleosome assembly protein 1-like 1
キーワードUbiquitylation / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


histone chaperone activity / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of neural precursor cell proliferation / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of neurogenesis / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity ...histone chaperone activity / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of neural precursor cell proliferation / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of neurogenesis / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / melanosome / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nucleosome assembly / nervous system development / histone binding / DNA replication / nuclear body / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleosome assembly protein 1-like 1 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yip MCJ / Sedor SF / Shao S
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM137415 米国
David and Lucile Packard Foundation2019-69660 米国
Other privateVallee Foundation
American Heart Association287375208 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)F31HL157976 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Mechanism of client selection by the protein quality-control factor UBE2O.
著者: Matthew C J Yip / Samantha F Sedor / Sichen Shao /
要旨: The E2/E3 enzyme UBE2O ubiquitylates diverse clients to mediate important processes, including targeting unassembled 'orphan' proteins for quality control and clearing ribosomes during erythropoiesis. ...The E2/E3 enzyme UBE2O ubiquitylates diverse clients to mediate important processes, including targeting unassembled 'orphan' proteins for quality control and clearing ribosomes during erythropoiesis. How quality-control factors, such as UBE2O, select clients on the basis of heterogeneous features is largely unknown. Here, we show that UBE2O client selection is regulated by ubiquitin binding and a cofactor, NAP1L1. Attaching a single ubiquitin onto a client enhances UBE2O binding and multi-mono-ubiquitylation. UBE2O also repurposes the histone chaperone NAP1L1 as an adapter to recruit a subset of clients. Cryo-EM structures of human UBE2O in complex with NAP1L1 reveal a malleable client recruitment interface that is autoinhibited by the intrinsically reactive UBC domain. Adding a ubiquitylated client identifies a distinct ubiquitin-binding SH3-like domain required for client selection. Our findings reveal how multivalency and a feed-forward mechanism drive the selection of protein quality-control clients.
履歴
登録2022年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26614.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-4.5323787 - 5.7783556
平均 (標準偏差)-0.0015465204 (±0.06794154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 280.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_26614_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: deepEMhancer sharpened map

ファイルemd_26614_additional_2.map
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_26614_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_26614_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of UBE2O with NAP1L1

全体名称: Complex of UBE2O with NAP1L1
要素
  • 複合体: Complex of UBE2O with NAP1L1
    • タンパク質・ペプチド: (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
    • タンパク質・ペプチド: Nucleosome assembly protein 1-like 1

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超分子 #1: Complex of UBE2O with NAP1L1

超分子名称: Complex of UBE2O with NAP1L1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme

分子名称: (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 147.187188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGAWSHPQFE KGSWSHPQFE KGPAGSENLY FQGSGIRDRT MADPAAPTPA APAPAQAPAP APEAVPAPAA APVPAPAPA SDSASGPSSD SGPEAGSQRL LFSHDLVSGR YRGSVHFGLV RLIHGEDSDS EGEEEGRGSS GCSEAGGAGH E EGRASPLR ...文字列:
MASWSHPQFE KGAWSHPQFE KGSWSHPQFE KGPAGSENLY FQGSGIRDRT MADPAAPTPA APAPAQAPAP APEAVPAPAA APVPAPAPA SDSASGPSSD SGPEAGSQRL LFSHDLVSGR YRGSVHFGLV RLIHGEDSDS EGEEEGRGSS GCSEAGGAGH E EGRASPLR RGYVRVQWYP EGVKQHVKET KLKLEDRSVV PRDVVRHMRS TDSQCGTVID VNIDCAVKLI GTNCIIYPVN SK DLQHIWP FMYGDYIAYD CWLGKVYDLK NQIILKLSNG ARCSMNTEDG AKLYDVCPHV SDSGLFFDDS YGFYPGQVLI GPA KIFSSV QWLSGVKPVL STKSKFRVVV EEVQVVELKV TWITKSFCPG GTDSVSPPPS VITQENLGRV KRLGCFDHAQ RQLG ERCLY VFPAKVEPAK IAWECPEKNC AQGEGSMAKK VKRLLKKQVV RIMSCSPDTQ CSRDHSMEDP DKKGESKTKS EAESA SPEE TPDGSASPVE MQDEGAEEPH EAGEQLPPFL LKEGRDDRLH SAEQDADDEA ADDTDDTSSV TSSASSTTSS QSGSGT SRK KSIPLSIKNL KRKHKRKKNK ITRDFKPGDR VAVEVVTTMT SADVMWQDGS VECNIRSNDL FPVHHLDNNE FCPGDFV VD KRVQSCPDPA VYGVVQSGDH IGRTCMVKWF KLRPSGDDVE LIGEEEDVSV YDIADHPDFR FRTTDIVIRI GNTEDGAP H KEDEPSVGQV ARVDVSSKVE VVWADNSKTI ILPQHLYNIE SEIEESDYDS VEGSTSGASS DEWEDDSDSW ETDNGLVED EHPKIEEPPI PPLEQPVAPE DKGVVISEEA ATAAVQGAVA MAAPMAGLME KAGKDGPPKS FRELKEAIKI LESLKNMTVE QLLTGSPTS PTVEPEKPTR EKKFLDDIKK LQENLKKTLD NVAIVEEEKM EAVPDVERKE DKPEGQSPVK AEWPSETPVL C QQCGGKPG VTFTSAKGEV FSVLEFAPSN HSFKKIEFQP PEAKKFFSTV RKEMALLATS LPEGIMVKTF EDRMDLFSAL IK GPTRTPY EDGLYLFDIQ LPNIYPAVPP HFCYLSQCSG RLNPNLYDNG KVKVSLLGTW IGKGTERWTS KSSLLQVLIS IQG LILVNE PYYNEAGFDS DRGLQEGYEN SRCYNEMALI RVVQSMTQLV RRPPEVFEQE IRQHFSTGGW RLVNRIESWL ETHA LLEKA QALPNGVPKA SSSPEPPAVA ELSDSGQQEP EDGGPAPGEA SQGSDSEGGA QGLASASRDH TDQTSETAPD ASVPP SVKP KKRRKSYRSF LPEKSGYPDI GFPLFPLSKG FIKSIRGVLT QFRAALLEAG MPECTEDK

UniProtKB: (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme

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分子 #2: Nucleosome assembly protein 1-like 1

分子名称: Nucleosome assembly protein 1-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.363898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKAGSADID NKEQSELDQD LDDVEEVEEE ETGEETKLKA RQLTVQMMQN PQILAALQER LDGLVETPT GYIESLPRVV KRRVNALKNL QVKCAQIEAK FYEEVHDLER KYAVLYQPLF DKRFEIINAI YEPTEEECEW K PDEEDEIS ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKAGSADID NKEQSELDQD LDDVEEVEEE ETGEETKLKA RQLTVQMMQN PQILAALQER LDGLVETPT GYIESLPRVV KRRVNALKNL QVKCAQIEAK FYEEVHDLER KYAVLYQPLF DKRFEIINAI YEPTEEECEW K PDEEDEIS EELKEKAKIE DEKKDEEKED PKGIPEFWLT VFKNVDLLSD MVQEHDEPIL KHLKDIKVKF SDAGQPMSFV LE FHFEPNE YFTNEVLTKT YRMRSEPDDS DPFSFDGPEI MGCTGCQIDW KKGKNVTLKT IKKKQKHKGR GTVRTVTKTV SND SFFNFF APPEVPESGD LDDDAEAILA ADFEIGHFLR ERIIPRSVLY FTGEAIEDDD DDYDEEGEEA DEEGEEEGDE ENDP DYDPK KDQNPAECKQ Q

UniProtKB: Nucleosome assembly protein 1-like 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 447881
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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