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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26562 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Respiratory syncytial virus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Lees JA / Ammirati M / Han S | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023 タイトル: Rational design of a highly immunogenic prefusion-stabilized F glycoprotein antigen for a respiratory syncytial virus vaccine. 著者: Ye Che / Alexey V Gribenko / Xi Song / Luke D Handke / Kari S Efferen / Kristin Tompkins / Srinivas Kodali / Lorna Nunez / A Krishna Prasad / Lynn M Phelan / Mark Ammirati / Xiaodi Yu / ...著者: Ye Che / Alexey V Gribenko / Xi Song / Luke D Handke / Kari S Efferen / Kristin Tompkins / Srinivas Kodali / Lorna Nunez / A Krishna Prasad / Lynn M Phelan / Mark Ammirati / Xiaodi Yu / Joshua A Lees / Wei Chen / Lyndsey Martinez / Vidia Roopchand / Seungil Han / Xiayang Qiu / John P DeVincenzo / Kathrin U Jansen / Philip R Dormitzer / Kena A Swanson / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading, global cause of serious respiratory disease in infants and is an important cause of respiratory illness in older adults. No RSV vaccine is currently ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading, global cause of serious respiratory disease in infants and is an important cause of respiratory illness in older adults. No RSV vaccine is currently available. The RSV fusion (F) glycoprotein is a key antigen for vaccine development, and its prefusion conformation is the target of the most potent neutralizing antibodies. Here, we describe a computational and experimental strategy for designing immunogens that enhance the conformational stability and immunogenicity of RSV prefusion F. We obtained an optimized vaccine antigen after screening nearly 400 engineered F constructs. Through in vitro and in vivo characterization studies, we identified F constructs that are more stable in the prefusion conformation and elicit ~10-fold higher serum-neutralizing titers in cotton rats than DS-Cav1. The stabilizing mutations of the lead construct (847) were introduced onto F glycoprotein backbones of strains representing the dominant circulating genotypes of the two major RSV subgroups, A and B. Immunization of cotton rats with a bivalent vaccine formulation of these antigens conferred complete protection against RSV challenge, with no evidence of disease enhancement. The resulting bivalent RSV prefusion F investigational vaccine has recently been shown to be efficacious against RSV disease in two pivotal phase 3 efficacy trials, one for passive protection of infants by immunization of pregnant women and the second for active protection of older adults by direct immunization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26562.map.gz | 78.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26562-v30.xml emd-26562.xml | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26562_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26562.png | 125.8 KB | ||
その他 | emd_26562_half_map_1.map.gz emd_26562_half_map_2.map.gz | 65.5 MB 65.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26562 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26562_validation.pdf.gz | 920.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26562_full_validation.pdf.gz | 920 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26562_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26562_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26562 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ujaMC 7uj3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26562_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26562_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) ...
全体 | 名称: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) with Fabs AM14 and AM22 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) ...
超分子 | 名称: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) with Fabs AM14 and AM22 タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) |
-分子 #1: RSV variant (construct pXCS847A) F1
分子 | 名称: RSV variant (construct pXCS847A) F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 45.025391 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
配列 | 文字列: FLGFLLGVGS ACASGIAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTIKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSISN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS SNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP ...文字列: FLGFLLGVGS ACASGIAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTIKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSISN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS SNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP LYGVIDTPCW KLHTSPLCTT NTKEGSNICL TRTDRGWYCD NAGSVSFFPQ AETCKVQSNR VFCDTMNSLT LP SEVNLCN IDIFNPKYDC KIMTSKTDVS SSVITSLGAI VSCYGKTKCT ASNKNRGIIK TFSNGCDYVS NKGVDTVSVG NTL YYVNKQ EGKSLYVKGE PIINFYDPLV FPSSEFDASI SQVNEKINQS LAFIRKSDEL LSAIGGYIPE APRDGQAYVR KDGE WVLLS TFLGG |
-分子 #2: AM14 Fab heavy chain
分子 | 名称: AM14 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 26.231088 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFSFS HYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGENTYY ADSVKGRFSI SRDNSKNTVS LQMNSLRPE DTALYYCARD RIVDDYYYYG MDVWGQGATV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFSFS HYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGENTYY ADSVKGRFSI SRDNSKNTVS LQMNSLRPE DTALYYCARD RIVDDYYYYG MDVWGQGATV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDG GGSLVPRGSD YK DDDDK |
-分子 #3: AM14 Fab light chain
分子 | 名称: AM14 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.972656 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIK KYLNWYHQKP GKVPELLMHD ASNLETGVPS RFSGRGSGTD FTLTISSLQP EDIGTYYCQ QYDNLPPLTF GGGTKVEIKR TVRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIK KYLNWYHQKP GKVPELLMHD ASNLETGVPS RFSGRGSGTD FTLTISSLQP EDIGTYYCQ QYDNLPPLTF GGGTKVEIKR TVRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC |
-分子 #4: AM22 Fab heavy chain
分子 | 名称: AM22 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 25.989154 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGATVKV SCKISGHTLI KLSIHWVRQA PGKGLEWMGG YEGEVDEIFY AQKFQHRLTV IADTATDTVY MELGRLTSD DTAVYFCGTL GVTVTEAGLG IDDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGATVKV SCKISGHTLI KLSIHWVRQA PGKGLEWMGG YEGEVDEIFY AQKFQHRLTV IADTATDTVY MELGRLTSD DTAVYFCGTL GVTVTEAGLG IDDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD GGGSLVPRGS DY KDDDDK |
-分子 #5: AM22 Fab light chain
分子 | 名称: AM22 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.273938 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQIVS RNHLAWYQQK PGQAPRLLIF GASSRATGIP VRFSGSGSGT DFTLTINGLA PEDFAVYYC LSSDSSIFTF GPGTKVDFKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQIVS RNHLAWYQQK PGQAPRLLIF GASSRATGIP VRFSGSGSGT DFTLTINGLA PEDFAVYYC LSSDSSIFTF GPGTKVDFKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #6: RSV variant (construct pXCS847A) F2
分子 | 名称: RSV variant (construct pXCS847A) F2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 12.109954 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
配列 | 文字列: MELPILKTNA ITTILAAVTL CFASSQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNA VTELQLLMQS TPACNSRARR |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |