+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.3 at 3.0 Angstrom resolution | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() voltage-gated calcium channel activity involved SA node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential ...voltage-gated calcium channel activity involved SA node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of calcium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of potassium ion transmembrane transport / calcium ion import / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / NCAM1 interactions / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / calcium ion transport into cytosol / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / ankyrin binding / neuromuscular junction development / neuronal dense core vesicle / alpha-actinin binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / sarcoplasmic reticulum / Regulation of insulin secretion / protein localization to plasma membrane / calcium ion transmembrane transport / sensory perception of sound / calcium channel activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Z disc / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / T cell receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / synapse / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Gao S / Yao X / Yan N | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for pore blockade of human voltage-gated calcium channel Ca1.3 by motion sickness drug cinnarizine. 著者: Xia Yao / Shuai Gao / Nieng Yan / ![]() | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 78.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 126.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 507 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 506.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7uhgMC ![]() 7uhfC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.114 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Cav1.3
全体 | 名称: Cav1.3 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cav1.3
超分子 | 名称: Cav1.3 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
分子 | 名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 54.607852 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MYDDSYVPGF EDSEAGSADS YTSRPSLDSD VSLEEDRESA RREVESQAQQ QLERAKHKPV AFAVRTNVSY CGVLDEECPV QGSGVNFEA KDFLHIKEKY SNDWWIGRLV KEGGDIAFIP SPQRLESIRL KQEQKARRSG NPSSLSDIGN RRSPPPSLAK Q KQKQAEHV ...文字列: MYDDSYVPGF EDSEAGSADS YTSRPSLDSD VSLEEDRESA RREVESQAQQ QLERAKHKPV AFAVRTNVSY CGVLDEECPV QGSGVNFEA KDFLHIKEKY SNDWWIGRLV KEGGDIAFIP SPQRLESIRL KQEQKARRSG NPSSLSDIGN RRSPPPSLAK Q KQKQAEHV PPYDVVPSMR PVVLVGPSLK GYEVTDMMQK ALFDFLKHRF DGRISITRVT ADLSLAKRSV LNNPGKRTII ER SSARSSI AEVQSEIERI FELAKSLQLV VLDADTINHP AQLAKTSLAP IIVFVKVSSP KVLQRLIRSR GKSQMKHLTV QMM AYDKLV QCPPESFDVI LDENQLEDAC EHLAEYLEVY WRATHHPAPG PGLLGPPSAI PGLQNQQLLG ERGEEHSPLE RDSL MPSDE ASESSRQAWT GSSQRSSRHL EEDYADAYQD LYQPHRQHTS GLPSANGHDP QDRLLAQDSE HNHSDRNWQR NRPWP KDSY |
-分子 #2: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D
分子 | 名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 245.417734 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MMMMMMMKKM QHQRQQQADH ANEANYARGT RLPLSGEGPT SQPNSSKQTV LSWQAAIDAA RQAKAAQTMS TSAPPPVGSL SQRKRQQYA KSKKQGNSSN SRPARALFCL SLNNPIRRAC ISIVEWKPFD IFILLAIFAN CVALAIYIPF PEDDSNSTNH N LEKVEYAF ...文字列: MMMMMMMKKM QHQRQQQADH ANEANYARGT RLPLSGEGPT SQPNSSKQTV LSWQAAIDAA RQAKAAQTMS TSAPPPVGSL SQRKRQQYA KSKKQGNSSN SRPARALFCL SLNNPIRRAC ISIVEWKPFD IFILLAIFAN CVALAIYIPF PEDDSNSTNH N LEKVEYAF LIIFTVETFL KIIAYGLLLH PNAYVRNGWN LLDFVIVIVG LFSVILEQLT KETEGGNHSS GKSGGFDVKA LR AFRVLRP LRLVSGVPSL QVVLNSIIKA MVPLLHIALL VLFVIIIYAI IGLELFIGKM HKTCFFADSD IVAEEDPAPC AFS GNGRQC TANGTECRSG WVGPNGGITN FDNFAFAMLT VFQCITMEGW TDVLYWMNDA MGFELPWVYF VSLVIFGSFF VLNL VLGVL SGEFSKEREK AKARGDFQKL REKQQLEEDL KGYLDWITQA EDIDPENEEE GGEEGKRNTS MPTSETESVN TENVS GEGE NRGCCGSLCQ AISKSKLSRR WRRWNRFNRR RCRAAVKSVT FYWLVIVLVF LNTLTISSEH YNQPDWLTQI QDIANK VLL ALFTCEMLVK MYSLGLQAYF VSLFNRFDCF VVCGGITETI LVELEIMSPL GISVFRCVRL LRIFKVTRHW TSLSNLV AS LLNSMKSIAS LLLLLFLFII IFSLLGMQLF GGKFNFDETQ TKRSTFDNFP QALLTVFQIL TGEDWNAVMY DGIMAYGG P SSSGMIVCIY FIILFICGNY ILLNVFLAIA VDNLADAESL NTAQKEEAEE KERKKIARKE SLENKKNNKP EVNQIANSD NKVTIDDYRE EDEDKDPYPP CDVPVGEEEE EEEEDEPEVP AGPRPRRISE LNMKEKIAPI PEGSAFFILS KTNPIRVGCH KLINHHIFT NLILVFIMLS SAALAAEDPI RSHSFRNTIL GYFDYAFTAI FTVEILLKMT TFGAFLHKGA FCRNYFNLLD M LVVGVSLV SFGIQSSAIS VVKILRVLRV LRPLRAINRA KGLKHVVQCV FVAIRTIGNI MIVTTLLQFM FACIGVQLFK GK FYRCTDE AKSNPEECRG LFILYKDGDV DSPVVRERIW QNSDFNFDNV LSAMMALFTV STFEGWPALL YKAIDSNGEN IGP IYNHRV EISIFFIIYI IIVAFFMMNI FVGFVIVTFQ EQGEKEYKNC ELDKNQRQCV EYALKARPLR RYIPKNPYQY KFWY VVNSS PFEYMMFVLI MLNTLCLAMQ HYEQSKMFND AMDILNMVFT GVFTVEMVLK VIAFKPKGYF SDAWNTFDSL IVIGS IIDV ALSEADPTES ENVPVPTATP GNSEESNRIS ITFFRLFRVM RLVKLLSRGE GIRTLLWTFI KSFQALPYVA LLIAML FFI YAVIGMQMFG KVAMRDNNQI NRNNNFQTFP QAVLLLFRCA TGEAWQEIML ACLPGKLCDP ESDYNPGEEY TCGSNFA IV YFISFYMLCA FLIINLFVAV IMDNFDYLTR DWSILGPHHL DEFKRIWSEY DPEAKGRIKH LDVVTLLRRI QPPLGFGK L CPHRVACKRL VAMNMPLNSD GTVMFNATLF ALVRTALKIK TEGNLEQANE ELRAVIKKIW KKTSMKLLDQ VVPPAGDDE VTVGKFYATF LIQDYFRKFK KRKEQGLVGK YPAKNTTIAL QAGLRTLHDI GPEIRRAISC DLQDDEPEET KREEEDDVFK RNGALLGNH VNHVNSDRRD SLQQTNTTHR PLHVQRPSIP PASDTEKPLF PPAGNSVCHN HHNHNSIGKQ VPTSTNANLN N ANMSKAAH GKRPSIGNLE HVSENGHHSS HKHDREPQRR SSVKRTRYYE TYIRSDSGDE QLPTICREDP EIHGYFRDPH CL GEQEYFS SEECYEDDSS PTWSRQNYGY YSRYPGRNID SERPRGYHHP QGFLEDDDSP VCYDSRRSPR RRLLPPTPAS HRR SSFNFE CLRRQSSQEE VPSSPIFPHR TALPLHLMQQ QIMAVAGLDS SKAQKYSPSH STRSWATPPA TPPYRDWTPC YTPL IQVEQ SEALDQVNGS LPSLHRSSWY TDEPDISYRT FTPASLTVPS SFRNKNSDKQ RSADSLVEAV LISEGLGRYA RDPKF VSAT KHEIADACDL TIDEMESAAS TLLNGNVRPR ANGDVGPLSH RQDYELQDFG PGYSDEEPDP GRDEEDLADE MICITT L |
-分子 #3: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
分子 | 名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 124.692469 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI ...文字列: MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI PTDIYEGSTI VLNELNWTSA LDEVFKKNRE EDPSLLWQVF GSATGLARYY PASPWVDNSR TPNKIDLYDV RR RPWYIQG AASPKDMLIL VDVSGSVSGL TLKLIRTSVS EMLETLSDDD FVNVASFNSN AQDVSCFQHL VQANVRNKKV LKD AVNNIT AKGITDYKKG FSFAFEQLLN YNVSRANCNK IIMLFTDGGE ERAQEIFNKY NKDKKVRVFT FSVGQHNYDR GPIQ WMACE NKGYYYEIPS IGAIRINTQE YLDVLGRPMV LAGDKAKQVQ WTNVYLDALE LGLVITGTLP VFNITGQFEN KTNLK NQLI LGVMGVDVSL EDIKRLTPRF TLCPNGYYFA IDPNGYVLLH PNLQPKPIGV GIPTINLRKR RPNIQNPKSQ EPVTLD FLD AELENDIKVE IRNKMIDGES GEKTFRTLVK SQDERYIDKG NRTYTWTPVN GTDYSLALVL PTYSFYYIKA KLEETIT QA RYSETLKPDN FEESGYTFIA PRDYCNDLKI SDNNTEFLLN FNEFIDRKTP NNPSCNADLI NRVLLDAGFT NELVQNYW S KQKNIKGVKA RFVVTDGGIT RVYPKEAGEN WQENPETYED SFYKRSLDND NYVFTAPYFN KSGPGAYESG IMVSKAVEI YIQGKLLKPA VVGIKIDVNS WIENFTKTSI RDPCAGPVCD CKRNSDVMDC VILDDGGFLL MANHDDYTNQ IGRFFGEIDP SLMRHLVNI SVYAFNKSYD YQSVCEPGAA PKQGAGHRSA YVPSVADILQ IGWWATAAAW SILQQFLLSL TFPRLLEAVE M EDDDFTAS LSKQSCITEQ TQYFFDNDSK SFSGVLDCGN CSRIFHGEKL MNTNLIFIMV ESKGTCPCDT RLLIQAEQTS DG PNPCDMV KQPRYRKGPD VCFDNNVLED YTDCGGVSGL NPSLWYIIGI QFLLLWLVSG STHRLL |
-分子 #7: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CA |
---|---|
分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #8: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: CLR |
---|---|
分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-分子 #9: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子 | 名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: 3PE |
---|---|
分子量 | 理論値: 748.065 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-3PE: |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91481 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |