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- EMDB-26474: Cryo-EM of bundling pili from Pyrobaculum calidifontis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26474
タイトルCryo-EM of bundling pili from Pyrobaculum calidifontis
マップデータCryo-EM and archaeal bundling filaments
試料
  • 複合体: extracellular bundling filaments
    • タンパク質・ペプチド: Pilin
キーワードhelical symmetry / biofilm / bundling pili / pili / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Wang F / Cvirkaite-Krupovic V / Krupovic M / Egelman EH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138756 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Archaeal bundling pili of reveal similarities between archaeal and bacterial biofilms.
著者: Fengbin Wang / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Mart Krupovic / Edward H Egelman /
要旨: While biofilms formed by bacteria have received great attention due to their importance in pathogenesis, much less research has been focused on the biofilms formed by archaea. It has been known that ...While biofilms formed by bacteria have received great attention due to their importance in pathogenesis, much less research has been focused on the biofilms formed by archaea. It has been known that extracellular filaments in archaea, such as type IV pili, hami, and cannulae, play a part in the formation of archaeal biofilms. We have used cryo-electron microscopy to determine the atomic structure of a previously uncharacterized class of archaeal surface filaments from hyperthermophilic These filaments, which we call archaeal bundling pili (ABP), assemble into highly ordered bipolar bundles. The bipolar nature of these bundles most likely arises from the association of filaments from at least two different cells. The component protein, AbpA, shows homology, both at the sequence and structural level, to the bacterial protein TasA, a major component of the extracellular matrix in bacterial biofilms, contributing to biofilm stability. We show that AbpA forms very stable filaments in a manner similar to the donor-strand exchange of bacterial TasA fibers and chaperone-usher pathway pili where a β-strand from one subunit is incorporated into a β-sheet of the next subunit. Our results reveal likely mechanistic similarities and evolutionary connection between bacterial and archaeal biofilms, and suggest that there could be many other archaeal surface filaments that are as yet uncharacterized.
履歴
登録2022年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26474.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM and archaeal bundling filaments
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 448 pix.
= 483.84 Å		1.08 Å/pix.
x 448 pix.
= 483.84 Å		1.08 Å/pix.
x 448 pix.
= 483.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.194
最小 - 最大-0.38036638 - 0.8044624
平均 (標準偏差)0.00378532 (±0.023498746)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-224-224-224
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 483.84003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_26474_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map b

ファイルemd_26474_half_map_2.map
注釈half map b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : extracellular bundling filaments

全体名称: extracellular bundling filaments
要素
  • 複合体: extracellular bundling filaments
    • タンパク質・ペプチド: Pilin

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超分子 #1: extracellular bundling filaments

超分子名称: extracellular bundling filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis (古細菌)

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分子 #1: Pilin

分子名称: Pilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
分子量理論値: 22.16798 KDa
配列文字列: MARKKNYRPL IALAALAVAA LAMATLTFTN LTYWLINATL PPAMKYPGTD TTITRSDSSG YNRYVYVSYY YDPSTGYNVT RISIVGFTG DPTNYTNVLQ LCNKYYSGTL YAKLVAVGTV GTTNYESYIK DFRVYFVNPT TTPNYVQFQG TSVTQSATGS V SIGPGQCA ...文字列:
MARKKNYRPL IALAALAVAA LAMATLTFTN LTYWLINATL PPAMKYPGTD TTITRSDSSG YNRYVYVSYY YDPSTGYNVT RISIVGFTG DPTNYTNVLQ LCNKYYSGTL YAKLVAVGTV GTTNYESYIK DFRVYFVNPT TTPNYVQFQG TSVTQSATGS V SIGPGQCA TVGAYVLVDP SLPTSARDGK TVIATYQVNV VFSTSP

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 32.785 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -77.404 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 204565
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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