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- EMDB-26473: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26473
タイトルSARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)
マップデータSARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Torres JL / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: A combination of potently neutralizing monoclonal antibodies isolated from an Indian convalescent donor protects against the SARS-CoV-2 Delta variant.
著者: Nitin Hingankar / Suprit Deshpande / Payel Das / Zaigham Abbas Rizvi / Constantinos Kurt Wibmer / Poppy Mashilo / Mohammed Yousuf Ansari / Alison Burns / Shawn Barman / Fangzhu Zhao / Sohini ...著者: Nitin Hingankar / Suprit Deshpande / Payel Das / Zaigham Abbas Rizvi / Constantinos Kurt Wibmer / Poppy Mashilo / Mohammed Yousuf Ansari / Alison Burns / Shawn Barman / Fangzhu Zhao / Sohini Mukherjee / Jonathan L Torres / Souvick Chattopadhyay / Farha Mehdi / Jyoti Sutar / Deepak Kumar Rathore / Kamal Pargai / Janmejay Singh / Sudipta Sonar / Kamini Jakhar / Jyotsna Dandotiya / Sankar Bhattacharyya / Shailendra Mani / Sweety Samal / Savita Singh / Pallavi Kshetrapal / Ramachandran Thiruvengadam / Gaurav Batra / Guruprasad Medigeshi / Andrew B Ward / Shinjini Bhatnagar / Amit Awasthi / Devin Sok / Jayanta Bhattacharya /
要旨: Although efficacious vaccines have significantly reduced the morbidity and mortality of COVID-19, there remains an unmet medical need for treatment options, which monoclonal antibodies (mAbs) can ...Although efficacious vaccines have significantly reduced the morbidity and mortality of COVID-19, there remains an unmet medical need for treatment options, which monoclonal antibodies (mAbs) can potentially fill. This unmet need is exacerbated by the emergence and spread of SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that have shown some resistance to vaccine responses. Here we report the isolation of five neutralizing mAbs from an Indian convalescent donor, out of which two (THSC20.HVTR04 and THSC20.HVTR26) showed potent neutralization of SARS-CoV-2 VOCs at picomolar concentrations, including the Delta variant (B.1.617.2). One of these (THSC20.HVTR26) also retained activity against the Omicron variant. These two mAbs target non-overlapping epitopes on the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein and prevent virus attachment to its host receptor, human angiotensin converting enzyme-2 (hACE2). Furthermore, the mAb cocktail demonstrated protection against the Delta variant at low antibody doses when passively administered in the K18 hACE2 transgenic mice model, highlighting their potential as a cocktail for prophylactic and therapeutic applications. Developing the capacity to rapidly discover and develop mAbs effective against highly transmissible pathogens like coronaviruses at a local level, especially in a low- and middle-income country (LMIC) such as India, will enable prompt responses to future pandemics as an important component of global pandemic preparedness.
履歴
登録2022年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年6月29日-
現状2022年6月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26473.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26473.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å		2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å		2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0165
最小 - 最大-0.045300808 - 0.10443474
平均 (標準偏差)-1.7776934e-05 (±0.0038646678)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 527.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26473_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26473_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)

全体名称: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)

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超分子 #1: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)

超分子名称: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6726
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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