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- EMDB-26471: Photosynthetic assembly of Chlorobaculum tepidum (RC-FMO2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26471
タイトルPhotosynthetic assembly of Chlorobaculum tepidum (RC-FMO2)
マップデータRC-FMO2 map
試料
  • 複合体: Photosynthetic assembly (RC-FMO2)
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 9種
キーワードFMO / reaction center / single-particle cryo-EM / bacteriochlorophyll (バクテリオクロロフィル) / photosynthesis (光合成) / electron transport chain (電子伝達系) / energy transfer (エネルギー)
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / bacteriochlorophyll binding / iron-sulfur cluster binding / 光合成 / electron transfer activity / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Proteolipid membrane potential modulator / Proteolipid membrane potential modulator / Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB ...Proteolipid membrane potential modulator / Proteolipid membrane potential modulator / Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
シトクロムc / Bacteriochlorophyll a protein / Photosystem P840 reaction center, large subunit / Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein / Uncharacterized protein / P840 reaction center 17 kDa protein / Ric1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Puskar R / Truong CD / Swain K / Li S / Cheng K-W / Wang TY / Poh Y-P / Liu H / Chou T-F / Nannenga B / Chiu P-L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentW911NF2010321
National Science Foundation (NSF, United States)NSF MRI 1531991 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular asymmetry of a photosynthetic supercomplex from green sulfur bacteria.
著者: Ryan Puskar / Chloe Du Truong / Kyle Swain / Saborni Chowdhury / Ka-Yi Chan / Shan Li / Kai-Wen Cheng / Ting Yu Wang / Yu-Ping Poh / Yuval Mazor / Haijun Liu / Tsui-Fen Chou / Brent L Nannenga / Po-Lin Chiu /
要旨: The photochemical reaction center (RC) features a dimeric architecture for charge separation across the membrane. In green sulfur bacteria (GSB), the trimeric Fenna-Matthews-Olson (FMO) complex ...The photochemical reaction center (RC) features a dimeric architecture for charge separation across the membrane. In green sulfur bacteria (GSB), the trimeric Fenna-Matthews-Olson (FMO) complex mediates the transfer of light energy from the chlorosome antenna complex to the RC. Here we determine the structure of the photosynthetic supercomplex from the GSB Chlorobaculum tepidum using single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and identify the cytochrome c subunit (PscC), two accessory protein subunits (PscE and PscF), a second FMO trimeric complex, and a linker pigment between FMO and the RC core. The protein subunits that are assembled with the symmetric RC core generate an asymmetric photosynthetic supercomplex. One linker bacteriochlorophyll (BChl) is located in one of the two FMO-PscA interfaces, leading to differential efficiencies of the two energy transfer branches. The two FMO trimeric complexes establish two different binding interfaces with the RC cytoplasmic surface, driven by the associated accessory subunits. This structure of the GSB photosynthetic supercomplex provides mechanistic insight into the light excitation energy transfer routes and a possible evolutionary transition intermediate of the bacterial photosynthetic supercomplex from the primitive homodimeric RC.
履歴
登録2022年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26471.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RC-FMO2 map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.428
最小 - 最大-2.408888 - 4.8352113
平均 (標準偏差)-0.000068901056 (±0.11211566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 374.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: RC-FMO2 half map 1

ファイルemd_26471_half_map_1.map
注釈RC-FMO2 half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RC-FMO2 half map 2

ファイルemd_26471_half_map_2.map
注釈RC-FMO2 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosynthetic assembly (RC-FMO2)

全体名称: Photosynthetic assembly (RC-FMO2)
要素
  • 複合体: Photosynthetic assembly (RC-FMO2)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem P840 reaction center, large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome cシトクロムc
    • タンパク質・ペプチド: P840 reaction center 17 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: PscE
    • タンパク質・ペプチド: PscF
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriochlorophyll a proteinバクテリオクロロフィル
  • リガンド: Bacteriochlorophyll A isomer
  • リガンド: Chlorophyll A ester
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL Aバクテリオクロロフィル
  • リガンド: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate
  • リガンド: 2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

+
超分子 #1: Photosynthetic assembly (RC-FMO2)

超分子名称: Photosynthetic assembly (RC-FMO2) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: Photosynthetic assembly from Chlorobaculum tepidum (RC-FMO2)
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 細胞中の位置: Membrane
分子量理論値: 504 KDa

+
分子 #1: Photosystem P840 reaction center, large subunit

分子名称: Photosystem P840 reaction center, large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 81.784641 KDa
配列文字列: MAEQVKPAGV KPKGTVPPPK GNAPAPKANG APGGASVIKE QDAAKMRRFL FQRTETRSTK WYQIFDTEKL DDEQVVGGHL ALLGVLGFI MGIYYISGIQ VFPWGAPGFH DNWFYLTIKP RMVSLGIDTY STKTADLEAA GARLLGWAAF HFLVGSVLIF G GWRHWTHN ...文字列:
MAEQVKPAGV KPKGTVPPPK GNAPAPKANG APGGASVIKE QDAAKMRRFL FQRTETRSTK WYQIFDTEKL DDEQVVGGHL ALLGVLGFI MGIYYISGIQ VFPWGAPGFH DNWFYLTIKP RMVSLGIDTY STKTADLEAA GARLLGWAAF HFLVGSVLIF G GWRHWTHN LTNPFTGRCG NFRDFRFLGK FGDVVFNGTS AKSYKEALGP HAVYMSLLFL GWGIVMWAIL GFAPIPDFQT IN SETFMSF VFAVIFFALG IYWWNNPPNA AIHLNDDMKA AFSVHLTAIG YINIALGCIA FVAFQQPSFA PYYKELDKLV FYL YGEPFN RVSFNFVEQG GKVISGAKEF ADFPAYAILP KSGEAFGMAR VVTNLIVFNH IICGVLYVFA GVYHGGQYLL KIQL NGMYN QIKSIWITKG RDQEVQVKIL GTVMALCFAT MLSVYAVIVW NTICELNIFG TNITMSFYWL KPLPIFQWMF ADPSI NDWV MAHVITAGSL FSLIALVRIA FFAHTSPLWD DLGLKKNSYS FPCLGPVYGG TCGVSIQDQL WFAMLWGIKG LSAVCW YID GAWIASMMYG VPAADAKAWD SIAHLHHHYT SGIFYYFWTE TVTIFSSSHL STILMIGHLV WFISFAVWFE DRGSRLE GA DIQTRTIRWL GKKFLNRDVN FRFPVLTISD SKLAGTFLYF GGTFMLVFLF LANGFYQTNS PLPPPVSHAA VSGQQMLA Q LVDTLMKMIA

UniProtKB: Photosystem P840 reaction center, large subunit

+
分子 #2: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

分子名称: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 23.540289 KDa
配列文字列: MAEPVENKNQ APAPGAKVPP KGAPAAPKAG APAAPKGPVA PKAGAPAAKT GASAAKQAGK PRLASLGVTL GRSGVRQESA LPYVKPKAV PPPKPAAPAA KGAPAPKGAP AAPAAKAAPG APVAKAAPKA KKHYFIIENL CVGCGLCLDK CPPKVNAIGY K FYGDVQEG ...文字列:
MAEPVENKNQ APAPGAKVPP KGAPAAPKAG APAAPKGPVA PKAGAPAAKT GASAAKQAGK PRLASLGVTL GRSGVRQESA LPYVKPKAV PPPKPAAPAA KGAPAPKGAP AAPAAKAAPG APVAKAAPKA KKHYFIIENL CVGCGLCLDK CPPKVNAIGY K FYGDVQEG GFRCYIDQAA CISCSACFSG DECPSGALIE VLPDGEVLDF SYTPPERLDF DLRFLHRFHR EAR

UniProtKB: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

+
分子 #3: Cytochrome c

分子名称: Cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 22.741779 KDa
配列文字列: MDKNSNGKLI ALAVGGAVLM GALFFSVSFL TGYIPAPNHS AILTPLRSFM GWFLLIFCAS IIIMGLGKMS SAISDKWFLS FPLSIFVIV MVMFLSLRVY WEKGRTTTVD GKYIRTTAEL KEFLNKPAAT SDVPPAPAGF DFDAAKKLVD VRCNKCHTLD S VADLFRTK ...文字列:
MDKNSNGKLI ALAVGGAVLM GALFFSVSFL TGYIPAPNHS AILTPLRSFM GWFLLIFCAS IIIMGLGKMS SAISDKWFLS FPLSIFVIV MVMFLSLRVY WEKGRTTTVD GKYIRTTAEL KEFLNKPAAT SDVPPAPAGF DFDAAKKLVD VRCNKCHTLD S VADLFRTK YKKTGQVNLI VKRMQGFPGS GISDDDAKTI GIWLHEKF

UniProtKB: シトクロムc

+
分子 #4: P840 reaction center 17 kDa protein

分子名称: P840 reaction center 17 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 16.633195 KDa
配列文字列:
MQPQLSRPQT ASNQVRKAVS GPWSGNAVHK AEKYFITSAK RDRDGKLQIE LVPASGRRKL SPTPEMIRRL IDGEIEIYIL TTQPDIAID MNKEIIDMEN RYVIDFDKRG VKWTMREIPV FYHEGKGLCV ELHNKIYTLD QFFK

UniProtKB: P840 reaction center 17 kDa protein

+
分子 #5: PscE

分子名称: PscE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 6.690926 KDa
配列文字列:
MDAKTTILEV LKKEGKPMSA GQIAEKSGLE RKEVDKAMKS LKEEELIVSP KRCYWTPKV

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: PscF

分子名称: PscF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 6.227533 KDa
配列文字列:
MDIRRLILAF ILPPAAVMNK EAGTIMLTGI LTLWGWIPGV VAALIMISKE QSGKTAEA

UniProtKB: Ric1 protein

+
分子 #7: Bacteriochlorophyll a protein

分子名称: Bacteriochlorophyll a protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 40.34343 KDa
配列文字列: MALFGSNDVT TAHSDYEIVL EGGSSSWGKV KARAKVNAPP ASPLLPADCD VKLNVKPLDP AKGFVRISAV FESIVDSTKN KLTIEADIA NETKERRISV GEGMVSVGDF SHTFSFEGSV VNLFYYRSDA VRRNVPNPIY MQGRQFHDIL MKVPLDNNDL I DTWEGTVK ...文字列:
MALFGSNDVT TAHSDYEIVL EGGSSSWGKV KARAKVNAPP ASPLLPADCD VKLNVKPLDP AKGFVRISAV FESIVDSTKN KLTIEADIA NETKERRISV GEGMVSVGDF SHTFSFEGSV VNLFYYRSDA VRRNVPNPIY MQGRQFHDIL MKVPLDNNDL I DTWEGTVK AIGSTGAFND WIRDFWFIGP AFTALNEGGQ RISRIEVNGL NTESGPKGPV GVSRWRFSHG GSGMVDSISR WA ELFPSDK LNRPAQVEAG FRSDSQGIEV KVDGEFPGVS VDAGGGLRRI LNHPLIPLVH HGMVGKFNNF NVDAQLKVVL PKG YKIRYA APQYRSQNLE EYRWSGGAYA RWVEHVCKGG VGQFEILYAQ

UniProtKB: Bacteriochlorophyll a protein

+
分子 #8: Bacteriochlorophyll A isomer

分子名称: Bacteriochlorophyll A isomer / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: GS0
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-GS0:
Bacteriochlorophyll A isomer

+
分子 #9: Chlorophyll A ester

分子名称: Chlorophyll A ester / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: G2O
分子量理論値: 891.473 Da
Chemical component information

ChemComp-G2O:
Chlorophyll A ester

+
分子 #10: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 73 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル

+
分子 #11: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-...

分子名称: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: F39
分子量理論値: 895.299 Da
Chemical component information

ChemComp-F39:
[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate

+
分子 #12: 2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethy...

分子名称: 2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: F26
分子量理論値: 532.841 Da
Chemical component information

ChemComp-F26:
2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene / クロロバクテン

+
分子 #13: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 10 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #14: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 6 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #15: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #16: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-ClTris-Cl
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.17 mMDDMDDM
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 47259 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 32898 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 45.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1938908
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 157486

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6m32


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 44.07
得られたモデル

PDB-7ueb:
Photosynthetic assembly of Chlorobaculum tepidum (RC-FMO2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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