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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26437 | |||||||||
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タイトル | Structure of RecT protein from Listeria innoccua phage A118 in complex with 83-mer ssDNA | |||||||||
マップデータ | Density Modified Map from PHENIX RESOLVE procedure | |||||||||
試料 |
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キーワード | DNA Recombination / DNA Annealing / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | DNA single-strand annealing protein RecT / RecT family / RecT family / DNA metabolic process / DNA binding / Recombinase [Bacteriophage A118] 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Listeria innocua Clip11262 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Bell CE / Caldwell BJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of a RecT/Redβ family recombinase in complex with a duplex intermediate of DNA annealing. 著者: Brian J Caldwell / Andrew S Norris / Caroline F Karbowski / Alyssa M Wiegand / Vicki H Wysocki / Charles E Bell / 要旨: Some bacteriophage encode a recombinase that catalyzes single-stranded DNA annealing (SSA). These proteins are apparently related to RAD52, the primary human SSA protein. The best studied protein, ...Some bacteriophage encode a recombinase that catalyzes single-stranded DNA annealing (SSA). These proteins are apparently related to RAD52, the primary human SSA protein. The best studied protein, Redβ from bacteriophage λ, binds weakly to ssDNA, not at all to dsDNA, but tightly to a duplex intermediate of annealing formed when two complementary DNA strands are added to the protein sequentially. We used single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a 3.4 Å structure of a Redβ homolog from a prophage of Listeria innocua in complex with two complementary 83mer oligonucleotides. The structure reveals a helical protein filament bound to a DNA duplex that is highly extended and unwound. Native mass spectrometry confirms that the complex seen by cryo-EM is the predominant species in solution. The protein shares a common core fold with RAD52 and a similar mode of ssDNA-binding. These data provide insights into the mechanism of protein-catalyzed SSA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26437.map.gz | 77.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26437-v30.xml emd-26437.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26437_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26437.png | 38.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26437.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_26437_half_map_1.map.gz emd_26437_half_map_2.map.gz | 77.7 MB 77.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26437 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26437 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26437_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26437_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26437_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26437_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26437 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26437 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ubbMC 7ub2C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Density Modified Map from PHENIX RESOLVE procedure | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.899 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Unmasked half-map from cryoSPARC
ファイル | emd_26437_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmasked half-map from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unmasked half-map from cryoSPARC
ファイル | emd_26437_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmasked half-map from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with and...
全体 | 名称: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with and 83-mer ssDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with and...
超分子 | 名称: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with and 83-mer ssDNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The protein was purified by Nickel affinity and anion exchange chromatography. The DNA was chemically synthesized and HPLC purified. |
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由来(天然) | 生物種: Listeria innocua Clip11262 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 602 KDa |
-分子 #1: RecT
分子 | 名称: RecT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The modeled complex consists of 8 subunits of the RecT protein, which form a helical filament on ssDNA. The ssDNA was not modeled due to the low resolution. Density for four additional ...詳細: The modeled complex consists of 8 subunits of the RecT protein, which form a helical filament on ssDNA. The ssDNA was not modeled due to the low resolution. Density for four additional subunits, two on either end of the filament, was present, but not clear enough to dock into. コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Listeria innocua Clip11262 (バクテリア) / 株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 |
分子量 | 理論値: 30.9391 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMATNDEL KNQLANKQNG GQVASAQSLD LKGLLEAPTM RKKFEKVLDK KAPQFLTSLL NLYNGDDYLQ KTDPMTVVTS AMVAATLDL PIDKNLGYAW IVPYKGRAQF QLGYKGYIQL ALRTGQYKSI NVIEVREGEL LKWNRLTEEI ELDLDNNTSE K VVGYCGYF ...文字列: GSHMATNDEL KNQLANKQNG GQVASAQSLD LKGLLEAPTM RKKFEKVLDK KAPQFLTSLL NLYNGDDYLQ KTDPMTVVTS AMVAATLDL PIDKNLGYAW IVPYKGRAQF QLGYKGYIQL ALRTGQYKSI NVIEVREGEL LKWNRLTEEI ELDLDNNTSE K VVGYCGYF QLINGFEKTV YWTRKEIEAH KQKFSKSDFG WKKDYDAMAK KTVLRNMLSK WGILSIDMQT AVTEDEAEPR ER KDVTDDE SIPDIIDAPV TPSDTLEAGS VVQGSMI UniProtKB: Recombinase [Bacteriophage A118] |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6 構成要素:
詳細: The LiRecT protein was mixed at 37C with one oligonucleotide, and placed on ice for 90 min. Then immediately prior to vitrification, 1 ul of 1.5 mM n-dodecyl-beta-maltoside (Anatrace) was added (0.5 CMC). | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 60 seconds at 20 mA using a Pelco easiGlow | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1.5 second blot time. Ted Pella 595 filter paper.. | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs corrector was used / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Gatan BioContinuum energy filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 6000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1619 / 平均露光時間: 2.83 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 / 詳細: 45 fractions, 22.80 e-/A2/s |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Phenix Real Space Refinement was by rigid body refinement of the eight different subunits. Due to the limited resolution, the refinement was limited to rigid body only. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | PDB-7ubb: |