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- EMDB-2641: Cryo-electron tomogram of Chlamydia trachomatis in contact with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2641
タイトルCryo-electron tomogram of Chlamydia trachomatis in contact with a eukaryotic host cell (U2OS).
マップデータChlamydia trachomatis elementary body in contact with a eukaryotic U2OS cell
試料
  • 試料: Chlamydia trachomatis elementary bodies in contact with eukaryotic U2OS cell
  • 細胞器官・細胞要素: Chlamydia trachomatis elementary bodies and a U2OS cell
キーワードChlamydia / type III secretion system / injectisome
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Nans A / Saibil HR / Hayward RD
引用ジャーナル: Cell Microbiol / 年: 2014
タイトル: Pathogen-host reorganization during Chlamydia invasion revealed by cryo-electron tomography.
著者: Andrea Nans / Helen R Saibil / Richard D Hayward /
要旨: Invasion of host cells is a key early event during bacterial infection, but the underlying pathogen-host interactions are yet to be fully visualized in three-dimensional detail. We have captured ...Invasion of host cells is a key early event during bacterial infection, but the underlying pathogen-host interactions are yet to be fully visualized in three-dimensional detail. We have captured snapshots of the early stages of bacterial-mediated endocytosis in situ by exploiting the small size of chlamydial elementary bodies (EBs) for whole-cell cryo-electron tomography. Chlamydiae are obligate intracellular bacteria that infect eukaryotic cells and cause sexually transmitted infections and trachoma, the leading cause of preventable blindness. We demonstrate that Chlamydia trachomatis LGV2 EBs are intrinsically polarized. One pole is characterized by a tubular inner membrane invagination, while the other exhibits asymmetric periplasmic expansion to accommodate an array of type III secretion systems (T3SSs). Strikingly, EBs orient with their T3SS-containing pole facing target cells, enabling the T3SSs to directly contact the cellular plasma membrane. This contact induces enveloping macropinosomes, actin-rich filopodia and phagocytic cups to zipper tightly around the internalizing bacteria. Once encapsulated into tight early vacuoles, EB polarity and the T3SSs are lost. Our findings reveal previously undescribed structural transitions in both pathogen and host during the initial steps of chlamydial invasion.
履歴
登録2014年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年6月11日-
マップ公開2014年6月18日-
更新2014年10月1日-
現状2014年10月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2641.tif

emd_2641_1.tif

emd_2641_1_1...

emd_2641_2.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Chlamydia trachomatis elementary body in contact with a eukaryotic U2OS cell
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.1 Å/pix.
x 477 pix.
= 3386.7 Å		7.1 Å/pix.
x 2048 pix.
= 14540.8 Å		7.1 Å/pix.
x 2048 pix.
= 14540.8 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大0.0 - 32767.0
平均 (標準偏差)16495.9921875 (±1657.878784179999911)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00215
サイズ20482048477
Spacing20482048477
セルA: 14540.8 Å / B: 14540.8 Å / C: 3386.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z7.17.17.1
M x/y/z20482048477
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z14540.80014540.8003386.700
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00215
NC/NR/NS20482048477
D min/max/mean0.00032767.00016495.992

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添付データ

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添付マップデータ: emd 2641 additional 1.map

ファイルemd_2641_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chlamydia trachomatis elementary bodies in contact with eukaryoti...

全体名称: Chlamydia trachomatis elementary bodies in contact with eukaryotic U2OS cell
要素
  • 試料: Chlamydia trachomatis elementary bodies in contact with eukaryotic U2OS cell
  • 細胞器官・細胞要素: Chlamydia trachomatis elementary bodies and a U2OS cell

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超分子 #1000: Chlamydia trachomatis elementary bodies in contact with eukaryoti...

超分子名称: Chlamydia trachomatis elementary bodies in contact with eukaryotic U2OS cell
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Chlamydia trachomatis elementary bodies and a U2OS cell

超分子名称: Chlamydia trachomatis elementary bodies and a U2OS cell
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: LGV 2 / 細胞: U2OS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

グリッド詳細: Quantifoil 200 mesh gold (R 3.5/1) grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 10 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2013年4月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 49 / 平均電子線量: 150 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 12.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -52 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 42 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細IMOD for alignment and reconstruction. Spider for anisotropic diffusion.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: Anisotropic diffusion was done in Spider. / 使用した粒子像数: 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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