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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26318 | |||||||||
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タイトル | Influenza Neuraminidase N1-CA09-sNAp-155 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Acton OJ / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure-based design of stabilized recombinant influenza neuraminidase tetramers. 著者: Daniel Ellis / Julia Lederhofer / Oliver J Acton / Yaroslav Tsybovsky / Sally Kephart / Christina Yap / Rebecca A Gillespie / Adrian Creanga / Audrey Olshefsky / Tyler Stephens / Deleah ...著者: Daniel Ellis / Julia Lederhofer / Oliver J Acton / Yaroslav Tsybovsky / Sally Kephart / Christina Yap / Rebecca A Gillespie / Adrian Creanga / Audrey Olshefsky / Tyler Stephens / Deleah Pettie / Michael Murphy / Claire Sydeman / Maggie Ahlrichs / Sidney Chan / Andrew J Borst / Young-Jun Park / Kelly K Lee / Barney S Graham / David Veesler / Neil P King / Masaru Kanekiyo / 要旨: Influenza virus neuraminidase (NA) is a major antiviral drug target and has recently reemerged as a key target of antibody-mediated protective immunity. Here we show that recombinant NAs across non- ...Influenza virus neuraminidase (NA) is a major antiviral drug target and has recently reemerged as a key target of antibody-mediated protective immunity. Here we show that recombinant NAs across non-bat subtypes adopt various tetrameric conformations, including an "open" state that may help explain poorly understood variations in NA stability across viral strains and subtypes. We use homology-directed protein design to uncover the structural principles underlying these distinct tetrameric conformations and stabilize multiple recombinant NAs in the "closed" state, yielding two near-atomic resolution structures of NA by cryo-EM. In addition to enhancing thermal stability, conformational stabilization improves affinity to protective antibodies elicited by viral infection, including antibodies targeting a quaternary epitope and the broadly conserved catalytic site. Stabilized NAs can also be integrated into viruses without affecting fitness. Our findings provide a deeper understanding of NA structure, stability, and antigenicity, and establish design strategies for reinforcing the conformational integrity of recombinant NA proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26318.map.gz | 1.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26318-v30.xml emd-26318.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26318.png | 52.9 KB | ||
その他 | emd_26318_additional_1.map.gz | 16.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26318 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26318 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26318_validation.pdf.gz | 334.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26318_full_validation.pdf.gz | 334.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26318_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26318_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26318 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26318 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 32.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_26318_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase t...
全体 | 名称: Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase tetramer |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase t...
超分子 | 名称: Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase tetramer タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 210 kDa/nm |
-分子 #1: Influenza N1-CA09-sNAp-155
分子 | 名称: Influenza N1-CA09-sNAp-155 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 42.499523 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VKLAGNSSLC PVSGWAPLSK DNSVRIGSKG DVFVIREPFI SCSPLECRTF FLTQGALLND KHSNGTIKDR SPYRTLMSVP IGSVPSPYN ARFESIAWSA SACHDGINWL TIGITGPDNG AVAILKYNGI ITDTIKSWRN NILRTQESEC ACVNGSCFTV M TDGPSNGQ ...文字列: VKLAGNSSLC PVSGWAPLSK DNSVRIGSKG DVFVIREPFI SCSPLECRTF FLTQGALLND KHSNGTIKDR SPYRTLMSVP IGSVPSPYN ARFESIAWSA SACHDGINWL TIGITGPDNG AVAILKYNGI ITDTIKSWRN NILRTQESEC ACVNGSCFTV M TDGPSNGQ ASYKIFRIEK GKIVKSVEMN APNYHYEECS CYPDSSEITC VCRDNWHGSN RPWVSFNQNL EYQIGYICSG IF GDNPRPN DKTGSCGPVS SNGANGVKGF SFKYGNGVWI GRTKSISSRN GFEMIWDPNG WTGTDNNFSI KQDIVGINEW SGY SGSFVM HPELTGLDCI VPCFWVELIR GRPKENTIWT SGSSISFCGV NSDTVGWSWP DGAELPFTID K |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 67444 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |