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- EMDB-26203: Structure of mitochondrial bc1 in complex with ck-2-68 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26203
タイトルStructure of mitochondrial bc1 in complex with ck-2-68
マップデータcistemMap Btbc1 ck-2-68 dimer
試料
  • 複合体: Bovine heart mitochondrial cytochrome bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 4種
キーワードMitochondrial cytochrome bc1 / antimalarial inhibitor / electron transfer / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / : / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane ...Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / : / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Xia D / Esser L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Structure of complex III with bound antimalarial agent CK-2-68 provides insights into selective inhibition of Plasmodium cytochrome bc complexes.
著者: Lothar Esser / Fei Zhou / Allison Zeher / Weimin Wu / Rick Huang / Chang-An Yu / Kristin D Lane / Thomas E Wellems / Di Xia /
要旨: Among the various components of the protozoan Plasmodium mitochondrial respiratory chain, only Complex III is a validated cellular target for antimalarial drugs. The compound CK-2-68 was developed to ...Among the various components of the protozoan Plasmodium mitochondrial respiratory chain, only Complex III is a validated cellular target for antimalarial drugs. The compound CK-2-68 was developed to specifically target the alternate NADH dehydrogenase of the malaria parasite respiratory chain, but the true target for its antimalarial activity has been controversial. Here, we report the cryo-EM structure of mammalian mitochondrial Complex III bound with CK-2-68 and examine the structure-function relationships of the inhibitor's selective action on Plasmodium. We show that CK-2-68 binds specifically to the quinol oxidation site of Complex III, arresting the motion of the iron-sulfur protein subunit, which suggests an inhibition mechanism similar to that of P-type Complex III inhibitors such as atovaquone, stigmatellin, and UHDBT. Our results shed light on the mechanisms of observed resistance conferred by mutations, elucidate the molecular basis of the wide therapeutic window of CK-2-68 for selective action of Plasmodium vs. host cytochrome bc, and provide guidance for future development of antimalarials targeting Complex III.
履歴
登録2022年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26203.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cistemMap Btbc1 ck-2-68 dimer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.858 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.6
最小 - 最大-15.043259000000001 - 22.098385
平均 (標準偏差)-0.014876114 (±0.6908245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 439.296 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine heart mitochondrial cytochrome bc1 complex

全体名称: Bovine heart mitochondrial cytochrome bc1 complex
要素
  • 複合体: Bovine heart mitochondrial cytochrome bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 7-chloranyl-3-methyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]-1~{H}-quinolin-4-one
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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超分子 #1: Bovine heart mitochondrial cytochrome bc1 complex

超分子名称: Bovine heart mitochondrial cytochrome bc1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 49.266254 KDa
配列文字列: TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYESE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDTSMRDVV FNYLHATAFQ G TPLAQSVE ...文字列:
TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYESE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDTSMRDVV FNYLHATAFQ G TPLAQSVE GPSENVRKLS RADLTEYLSR HYKAPRMVLA AAGGLEHRQL LDLAQKHFSG LSGTYDEDAV PTLSPCRFTG SQ ICHREDG LPLAHVAIAV EGPGWAHPDN VALQVANAII GHYDCTYGGG AHLSSPLASI AATNKLCQSF QTFNICYADT GLL GAHFVC DHMSIDDMMF VLQGQWMRLC TSATESEVLR GKNLLRNALV SHLDGTTPVC EDIGRSLLTY GRRIPLAEWE SRIA EVDAR VVREVCSKYF YDQCPAVAGF GPIEQLPDYN RIRSGMFWLR F

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

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分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 46.575469 KDa
配列文字列: SLKVAPKVKA TEAPAGVPPH PQDLEFTRLP NGLVIASLEN YAPASRIGLF IKAGSRYENS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT STRENMAYTV ECLRDDVDIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LQPQLRIDKA VALQNPQAHV I ENLHAAAY ...文字列:
SLKVAPKVKA TEAPAGVPPH PQDLEFTRLP NGLVIASLEN YAPASRIGLF IKAGSRYENS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT STRENMAYTV ECLRDDVDIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LQPQLRIDKA VALQNPQAHV I ENLHAAAY RNALANSLYC PDYRIGKVTP VELHDYVQNH FTSARMALIG LGVSHPVLKQ VAEQFLNIRG GLGLSGAKAK YH GGEIREQ NGDSLVHAAL VAESAAIGSA EANAFSVLQH VLGAGPHVKR GSNATSSLYQ AVAKGVHQPF DVSAFNASYS DSG LFGFYT ISQAASAGDV IKAAYNQVKT IAQGNLSNPD VQAAKNKLKA GYLMSVESSE GFLDEVGSQA LAAGSYTPPS TVLQ QIDAV ADADVINAAK KFVSGRKSMA ASGNLGHTPF IDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

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分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 42.62034 KDa
配列文字列: MTNIRKSHPL MKIVNNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTSDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWIIR YMHANGASM FFICLYMHVG RGLYYGSYTF LETWNIGVIL LLTVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTN L VEWIWGGF ...文字列:
MTNIRKSHPL MKIVNNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTSDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWIIR YMHANGASM FFICLYMHVG RGLYYGSYTF LETWNIGVIL LLTVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTN L VEWIWGGF SVDKATLTRF FAFHFILPFI IMAIAMVHLL FLHETGSNNP TGISSDVDKI PFHPYYTIKD ILGALLLILA LM LLVLFAP DLLGDPDNYT PANPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSIPNK LGGVLALAFS ILILALIPLL HTSKQRSMMF RPL SQCLFW ALVADLLTLT WIGGQPVEHP YITIGQLASV LYFLLILVLM PTAGTIENKL LKW

UniProtKB: Cytochrome b

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分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 27.323277 KDa
配列文字列: SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEDE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYNEV ...文字列:
SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEDE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYNEV LEFDDGTPAT MSQVAKDVCT FLRWAAEPEH DHRKRMGLKM LLMMGLLLPL VYAMKRHKWS VLKSRKLAYR PP K

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 21.64058 KDa
配列文字列: SHTDIKVPDF SDYRRPEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS ...文字列:
SHTDIKVPDF SDYRRPEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS GRIRKGPAPL NLEVPSYEFT SDDMVIVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 13.370206 KDa
配列文字列:
AGRPAVSASS RWLEGIRKWY YNAAGFNKLG LMRDDTIHEN DDVKEAIRRL PENLYNDRVF RIKRALDLSM RQQILPKEQW TKYEEDKSY LEPYLKEVIR ERKEREEWAK K

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

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分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.448833 KDa
配列文字列:
GRQFGHLTRV RHVITYSLSP FEQRAFPHYF SKGIPNVLRR TRACILRVAP PFVAFYLVYT WGTQEFEKSK RKNPAAYEND

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

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分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.189116 KDa
配列文字列:
GDPKEEEEEE EELVDPLTTV REQCEQLEKC VKARERLELC DERVSSRSQT EEDCTEELLD FLHARDHCVA HKLFNSLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

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分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.964259 KDa
配列文字列:
MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QAAVPATSES PVLDLKRSVL CRESLRGQAA GRPLVASVSL NVPASVRY

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.338425 KDa
配列文字列:
VAPTLTARLY SLLFRRTSTF ALTIVVGALF FERAFDQGAD AIYEHINEGK LWKHIKHKYE NKE

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

+
分子 #11: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 6.527604 KDa
配列文字列:
MLTRFLGPRY RQLARNWVPT ASLWGAVGAV GLVWATDWRL ILDWVPYING KFKKDD

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

+
分子 #12: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #13: 7-chloranyl-3-methyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]p...

分子名称: 7-chloranyl-3-methyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]-1~{H}-quinolin-4-one
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: JHB
分子量理論値: 443.845 Da
Chemical component information

ChemComp-JHB:
7-chloranyl-3-methyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]-1~{H}-quinolin-4-one

+
分子 #14: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #15: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 名称: TrisCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6960 / 平均電子線量: 50.24 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.82 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.63 µm / 倍率（補正後）: 58275 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 883119
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio from a subset
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 454182
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.00) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 詳細: auto-refine in cisTEM
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0) / ソフトウェア - 詳細: beta

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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