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- EMDB-26202: Cryo-EM structure of antibody TJ5-5 bound to H3 COBRA TJ5 hemaggl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26202
タイトルCryo-EM structure of antibody TJ5-5 bound to H3 COBRA TJ5 hemagglutinin
マップデータCOBRA TJ5 complexed with monoclonal antibody TJ5-5
試料
  • 複合体: H3 COBRA HA protein in complex with human antibody TJ5-5
    • 複合体: H3 COBRA hemagglutinin protein
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: Human antibody TJ5-5
      • タンパク質・ペプチド: TJ5-5 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: TJ5-5 light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Abbadi NS / Mousa JJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00052 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Differential Recognition of Computationally Optimized H3 Hemagglutinin Influenza Vaccine Candidates by Human Antibodies.
著者: Nada Abbadi / Kaito Nagashima / Alma Pena-Briseno / Ted M Ross / Jarrod J Mousa /
要旨: Among circulating influenza viruses in humans, H3N2 viruses typically evolve faster than other subtypes and have caused disease in millions of people since emerging in 1968. Computationally optimized ...Among circulating influenza viruses in humans, H3N2 viruses typically evolve faster than other subtypes and have caused disease in millions of people since emerging in 1968. Computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) technology is one strategy to broaden vaccine-elicited antibody responses among influenza subtypes. In this study, we determined the structural integrity of an H3N2 COBRA hemagglutinin (HA), TJ5, and we probed the antigenic profile of several H3N2 COBRA HAs by assessing recognition of these immunogens by human B cells from seasonally vaccinated human subjects. Of three recently described COBRA H3 HA antigens (TJ5, NG2, and J4), we determined that TJ5 and J4 HA proteins recognize pre-existing B cells more effectively than NG2 HA and a wild-type Hong Kong/4801/2014 protein. We also isolated a panel of 12 H3 HA-specific human monoclonal antibodies (MAbs) and identified that most MAbs recognize both wild-type and COBRA HA proteins and have functional activity against a broad panel of H3N2 viruses. Most MAbs target the receptor-binding site, and one MAb targets the HA stem. MAb TJ5-5 recognizes TJ5 and J4 COBRA HA proteins but has poor recognition of NG2 HA, similar to the global B-cell analysis. We determined a 3.4 Å structure via cryo-electron microscopy of Fab TJ5-5 complexed with the H3 COBRA TJ5, which revealed residues important to the differential binding. Overall, these studies determined that COBRA H3 HA proteins have correct antigenic and structural features, and the proteins are recognized by B cells and MAbs isolated from seasonally vaccinated humans. Vaccine development for circulating influenza viruses, particularly for the H3N2 subtype, remains challenging due to consistent antigenic drift. Computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) technology has proven effective for broadening influenza hemagglutinin (HA)-elicited antibody responses compared to wild-type immunogens. Here, we determined the structural features and antigenic profiles of H3 COBRA HA proteins. Two H3 COBRA HA proteins, TJ5 and J4, are better recognized by pre-existing B cells and monoclonal antibodies from the 2017 to 2018 vaccine season compared to COBRA NG2 and a wild-type A/Hong Kong/2014 HA protein. We determined a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of one MAb that poorly recognizes NG2, MAb TJ5-5, in complex with the TJ5 COBRA HA protein and identified residues critical to MAb recognition. As NG2 is more effective than TJ5 for the recent Hong Kong/2019 virus, these data provide insights into the diminished effectiveness of influenza vaccines across vaccine seasons.
履歴
登録2022年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2022年9月21日-
現状2022年9月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26202.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26202.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈COBRA TJ5 complexed with monoclonal antibody TJ5-5
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.526 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.187
最小 - 最大-1.225102 - 2.0893598
平均 (標準偏差)0.0002616593 (±0.06450402)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 269.312 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : H3 COBRA HA protein in complex with human antibody TJ5-5

全体名称: H3 COBRA HA protein in complex with human antibody TJ5-5
要素
  • 複合体: H3 COBRA HA protein in complex with human antibody TJ5-5
    • 複合体: H3 COBRA hemagglutinin protein
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: Human antibody TJ5-5
      • タンパク質・ペプチド: TJ5-5 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: TJ5-5 light chain

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超分子 #1: H3 COBRA HA protein in complex with human antibody TJ5-5

超分子名称: H3 COBRA HA protein in complex with human antibody TJ5-5
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: H3 COBRA hemagglutinin protein

超分子名称: H3 COBRA hemagglutinin protein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Human antibody TJ5-5

超分子名称: Human antibody TJ5-5 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: TJ5-5 heavy chain

分子名称: TJ5-5 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.487161 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CKASGVTFTY YTISWVRQAP GQGLEWMGGI MPMFGTPNYA QKFQGRVTIT ADEPTSTIYM MLSSLRSED TAVYYCASLG NYESGGYHPY FEYWGHGTLV TVSS

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分子 #2: TJ5-5 light chain

分子名称: TJ5-5 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.114028 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SVLTQPPSVS GAPGQRVTIS CTGSSSNIGA GYDVHWYQQL PGTAPRLLIY GNSNRPSGVP DRFSGSRSGT SASLAITGLQ AEDEADYYC QSYDNSLSGS GVFGGGTKL

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分子 #3: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 55.677242 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NSTATLCLGH HAVPNGTIVK TITNDQIEVT NATELVQSSS TGEICDSPHQ ILDGENCTLI DALLGDPQCD GFQNKKWDLF VERSKAYSN CYPYDVPDYA SLRSLVASSG TLEFNNESFN WTGVTQNGTS SACIRRSNNS FFSRLNWLTH LNFKYPALNV T MPNNEQFD ...文字列:
NSTATLCLGH HAVPNGTIVK TITNDQIEVT NATELVQSSS TGEICDSPHQ ILDGENCTLI DALLGDPQCD GFQNKKWDLF VERSKAYSN CYPYDVPDYA SLRSLVASSG TLEFNNESFN WTGVTQNGTS SACIRRSNNS FFSRLNWLTH LNFKYPALNV T MPNNEQFD KLYIWGVHHP GTDKDQIFLY AQASGRITVS TKRSQQAVIP NIGSRPRVRN IPSRISIYWT IVKPGDILLI NS TGNLIAP RGYFKIRSGK SSIMRSDAPI GKCNSECITP NGSIPNDKPF QNVNRITYGA CPRYVKQSTL KLATGMRNVP EKQ TRGIFG AIAGFIENGW EGMVDGWYGF RHQNSEGRGQ AADLKSTQAA IDQINGKLNR LIGKTNEKFH QIEKEFSEVE GRIQ DLEKY VEDTKIDLWS YNAELLVALE NQHTIDLTDS EMNKLFEKTK KQLRENAEDM GNGCFKIYHK CDNACIGSIR NGTYD HDVY RDEALNNRFQ I

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 57.22 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4we8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 101267
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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