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- EMDB-26177: SPR reconstruction of AAV5 bound with PKD1-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26177
タイトルSPR reconstruction of AAV5 bound with PKD1-2
マップデータSPR reconstruction of AAV5 bound with PKd1-2
試料
  • 複合体: Binary complex of AAV-5 with a two domain fragment of its cellular receptor, AAVR
    • 複合体: AAV-5
    • 複合体: AAVR
生物種adeno-associated virus 5 (アデノ随伴ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Hu GQ / Silveria MA / Chapman MS / Stagg SM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108753 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122564 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Adeno-Associated Virus Receptor-Binding: Flexible Domains and Alternative Conformations through Cryo-Electron Tomography of Adeno-Associated Virus 2 (AAV2) and AAV5 Complexes.
著者: Guiqing Hu / Mark A Silveria / Grant M Zane / Michael S Chapman / Scott M Stagg /
要旨: Recombinant forms of adeno-associated virus (rAAV) are vectors of choice in the development of treatments for a number of genetic dispositions. Greater understanding of AAV's molecular virology is ...Recombinant forms of adeno-associated virus (rAAV) are vectors of choice in the development of treatments for a number of genetic dispositions. Greater understanding of AAV's molecular virology is needed to underpin needed improvements in efficiency and specificity. Recent advances have included identification of a near-universal entry receptor, AAVR, and structures detected by cryo-electron microscopy (EM) single particle analysis (SPA) that revealed, at high resolution, only the domains of AAVR most tightly bound to AAV. Here, cryogenic electron tomography (cryo-ET) is applied to reveal the neighboring domains of the flexible receptor. For AAV5, where the PKD1 domain is bound strongly, PKD2 is seen in three configurations extending away from the virus. AAV2 binds tightly to the PKD2 domain at a distinct site, and cryo-ET now reveals four configurations of PKD1, all different from that seen in AAV5. The AAV2 receptor complex also shows unmodeled features on the inner surface that appear to be an equilibrium alternate configuration. Other AAV structures start near the 5-fold axis, but now β-strand A is the minor conformer and, for the major conformer, partially ordered N termini near the 2-fold axis join the canonical capsid jellyroll fold at the βA-βB turn. The addition of cryo-ET is revealing unappreciated complexity that is likely relevant to viral entry and to the development of improved gene therapy vectors. With 150 clinical trials for 30 diseases under way, AAV is a leading gene therapy vector. Immunotoxicity at high doses used to overcome inefficient transduction has occasionally proven fatal and highlighted gaps in fundamental virology. AAV enters cells, interacting through distinct sites with different domains of the AAVR receptor, according to AAV clade. Single domains are resolved in structures by cryogenic electron microscopy. Here, the adjoining domains are revealed by cryo-electron tomography of AAV2 and AAV5 complexes. They are in flexible configurations interacting minimally with AAV, despite measurable dependence of AAV2 transduction on both domains.
履歴
登録2022年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26177.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SPR reconstruction of AAV5 bound with PKd1-2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 468.288 Å		1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 468.288 Å		1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 468.288 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.084 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.009860013 - 0.03278194
平均 (標準偏差)-0.00029112154 (±0.0022246086)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 468.288 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map of SPR reconstruction of AAV5 bound with PKd1-2

ファイルemd_26177_half_map_1.map
注釈half map of SPR reconstruction of AAV5 bound with PKd1-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of SPR reconstruction of AAV5 bound with PKd1-2

ファイルemd_26177_half_map_2.map
注釈half map of SPR reconstruction of AAV5 bound with PKd1-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of AAV-5 with a two domain fragment of its cellula...

全体名称: Binary complex of AAV-5 with a two domain fragment of its cellular receptor, AAVR
要素
  • 複合体: Binary complex of AAV-5 with a two domain fragment of its cellular receptor, AAVR
    • 複合体: AAV-5
    • 複合体: AAVR

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超分子 #1: Binary complex of AAV-5 with a two domain fragment of its cellula...

超分子名称: Binary complex of AAV-5 with a two domain fragment of its cellular receptor, AAVR
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
分子量実験値: 82 KDa

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超分子 #2: AAV-5

超分子名称: AAV-5 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: adeno-associated virus 5 (アデノ随伴ウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 60 KDa

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超分子 #3: AAVR

超分子名称: AAVR / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMGibco HEPES
150.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2 ul of 5.4 uM AAV5 VLP was added to the grid and given 2 minutes to adhere. Sample was then wicked and 2 uL of 33 uM PKD1-2 was added. Grids were then plunge frozen using an FEI Vitrobot ...詳細: 2 ul of 5.4 uM AAV5 VLP was added to the grid and given 2 minutes to adhere. Sample was then wicked and 2 uL of 33 uM PKD1-2 was added. Grids were then plunge frozen using an FEI Vitrobot Mark IV with a blot force of 4, time of 2 sec, temperature of 25C, and at 100 precent humidity..
詳細2 ul of 5.4 uM AAV5 VLP was added to the grid and given 2 minutes to adhere. Sample was then wicked and 2 uL of 33 uM PKD1-2 was added. Grids were then plunge frozen using an FEI Vitrobot Mark IV with a blot force of 4, time of 2 sec, temperature of 25C, and at 100 precent humidity.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1200 / 平均露光時間: 2.9 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: images were colleted in movie mode at 17 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 83316 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 26091
詳細: Dog picker is used to pick particles to generate template
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / 詳細: CTF is performed within RElion
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22988


詳細: EMDB map was low pass filtered to 60 angstrom
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0b) / 使用した粒子像数: 15052
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0b)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0b)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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