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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26161 | |||||||||
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タイトル | Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg) | |||||||||
マップデータ | Locally filtered map used for refinement. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyanophycin synthase (L-aspartate-adding) / cyanophycin synthase (L-arginine-adding) / cyanophycin synthetase activity (L-aspartate-adding) / cyanophycin synthetase activity (L-arginine-adding) / macromolecule biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharon I / Grogg M / Hilvert D / Schmeing TM | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: A cryptic third active site in cyanophycin synthetase creates primers for polymerization 著者: Sharon I / Pinus S / Grogg M / Moitessier N / Hilvert D / Schmeing TM | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26161.map.gz | 11 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26161-v30.xml emd-26161.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26161_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26161.png | 51.8 KB | ||
マスクデータ | emd_26161_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_26161_additional_1.map.gz emd_26161_half_map_1.map.gz emd_26161_half_map_2.map.gz | 230 MB 226.1 MB 226.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26161 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26161 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26161_validation.pdf.gz | 775.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26161_full_validation.pdf.gz | 775.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26161_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26161_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26161 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26161 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7txvMC 7txuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally filtered map used for refinement. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26161_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map before local filtering. Not used for refinement.
ファイル | emd_26161_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map before local filtering. Not used for refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_26161_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_26161_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q wit...
全体 | 名称: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q wit...
超分子 | 名称: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg) タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 383 kDa/nm |
-分子 #1: Cyanophycin synthase
分子 | 名称: Cyanophycin synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyanophycin synthase (L-aspartate-adding) |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) / 株: PCC 6714 |
分子量 | 理論値: 95.757852 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKILKTLTLR GPNYWSIRRK KLIVMRLDLE DLAERPSNSI PGFYEGLIKV LPSLVEHFCS PGYQGGFLER VKEGTYMGHI VQHVALELQ ELVGMTAGFG RTRETSTPGV YNVVYEYVDE QAGRYAGRAA VRLCRSLVDT GDYPRLELEK DLEDLRDLGA N SALGPSTE ...文字列: MKILKTLTLR GPNYWSIRRK KLIVMRLDLE DLAERPSNSI PGFYEGLIKV LPSLVEHFCS PGYQGGFLER VKEGTYMGHI VQHVALELQ ELVGMTAGFG RTRETSTPGV YNVVYEYVDE QAGRYAGRAA VRLCRSLVDT GDYPRLELEK DLEDLRDLGA N SALGPSTE TIVTEAEARK IPWMLLSARA MVQLGYGVYQ QRIQATLSSH SGILGVELAC DKEGTKTILQ DAGIPVPRGT TI QYFDDLE EAINDVGGYP VVIKPLDGNH GRGITINVRH WQEAIAAYDL AAEESKSRAI IVERYYEGSD HRVLVVNGKL VAV AERIPA HVTGDGSSTI SELIEKTNQD PNRGDGHDNI LTKIVVNKTA IDVMERQGYN LDSVLPKDEV VYLRATANLS TGGI AIDRT DDIHPENIWL MERVAKVIGL DIAGIDVVTS DISKPLRETN GVIVEVNAAP GFRMHVAPSQ GLPRNVAAPV LDMLF PPGT PSRIPILAVT GTNGKTTTTR LLAHIYRQTG KTVGYTSTDA IYINEYCVEK GDNTGPQSAG VILRDPTVEV AVLETA RGG ILRAGLAFDS CDVGVVLNVA ADHLGLGDID TIEQMAKVKS VIAEVVDPSG YAVLNADDPL VAAMADKVKA KVAYFSM NP DNPIIQAHVR RNGIAAVYES GYLSILEGSW TLRVEQAKLI PMTMGGMAPF MIANALAACL AAFVNGLDVE VIRQGVRT F TTSAEQTPGR MNLFNLGQHH ALVDYAHNPA GYRAVGDFVK NWQGQRFGVV GGPGDRRDSD LIELGQIAAQ VFDRIIVKE DDDKRGRSEG ETADLIVKGI LQENPGASYE VILDETIALN KALDQVEEKG LVVVFPESVT RAIDLIKVRN PIGENLYFQ |
-分子 #2: 16x(Asp-Arg)
分子 | 名称: 16x(Asp-Arg) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 4.35838 KDa |
配列 | 文字列: (7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID) (7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID) |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |