[日本語] English
万見
- EMDB-26135: Cryo-EM structure of GSK682753A-bound EBI2/GPR183 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26135
タイトルCryo-EM structure of GSK682753A-bound EBI2/GPR183
マップデータGSK682753A-bound EBI2/GPR183
試料
  • 複合体: complex of GSK682753A-bound EBI2/GPR183-BRIL chimera with anti-BRIL Fab and anti-Fab nanobody
    • 複合体: anti-BRIL Fab Heavy chain, anti-BRIL Fab Light chain
      • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Light chain
    • 複合体: anti-Fab Nanobody
      • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nanobody
    • 複合体: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion
      • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion
  • リガンド: 8-[(2E)-3-(4-chlorophenyl)prop-2-enoyl]-3-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte chemotaxis / B cell activation involved in immune response / dendritic cell homeostasis / T follicular helper cell differentiation / mature B cell differentiation involved in immune response / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / T cell chemotaxis / oxysterol binding / leukocyte chemotaxis / dendritic cell chemotaxis ...regulation of astrocyte chemotaxis / B cell activation involved in immune response / dendritic cell homeostasis / T follicular helper cell differentiation / mature B cell differentiation involved in immune response / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / T cell chemotaxis / oxysterol binding / leukocyte chemotaxis / dendritic cell chemotaxis / plasma membrane => GO:0005886 / humoral immune response / positive regulation of B cell proliferation / osteoclast differentiation / G protein-coupled receptor activity / G alpha (i) signalling events / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
G-protein coupled receptor 183
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Chen H / Huang W / Li X
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL020948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135343 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRR-53S-19 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structures of oxysterol sensor EBI2/GPR183, a key regulator of the immune response.
著者: Hongwen Chen / Weijiao Huang / Xiaochun Li /
要旨: Oxysterols induce the migration of B-lymphocytes and dendritic cells to interfollicular regions of lymphoid tissues through binding the EBI2 (GPR183) to stimulate effective adaptive immunity and ...Oxysterols induce the migration of B-lymphocytes and dendritic cells to interfollicular regions of lymphoid tissues through binding the EBI2 (GPR183) to stimulate effective adaptive immunity and antibody production during infection. Aberrant EBI2 signaling is implicated in inflammatory bowel disease, sclerosis, and infectious disease. Here, we report the cryo-EM structures of an EBI2-G signaling complex with its endogenous agonist 7α,25-OHC and that of an inactive EBI2 bound to the inverse agonist GSK682753A. These structures reveal an agonist binding site for the oxysterol and a potential ligand entrance site exposed to the lipid bilayer. Mutations within the oxysterol binding site and the Gα interface attenuate G protein signaling and abolish oxysterol-mediated cell migration indicating that G protein signaling directly involves in the oxysterol-EBI2 pathway. Together, these findings provide new insight into how EBI2 is activated by an oxysterol ligand and will facilitate the development of therapeutic approaches that target EBI2-linked diseases.
履歴
登録2022年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2022年7月20日-
現状2022年7月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26135.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GSK682753A-bound EBI2/GPR183
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.38
最小 - 最大-1.2770617 - 2.6706774
平均 (標準偏差)0.005848937 (±0.054565415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : complex of GSK682753A-bound EBI2/GPR183-BRIL chimera with anti-BR...

全体名称: complex of GSK682753A-bound EBI2/GPR183-BRIL chimera with anti-BRIL Fab and anti-Fab nanobody
要素
  • 複合体: complex of GSK682753A-bound EBI2/GPR183-BRIL chimera with anti-BRIL Fab and anti-Fab nanobody
    • 複合体: anti-BRIL Fab Heavy chain, anti-BRIL Fab Light chain
      • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Light chain
    • 複合体: anti-Fab Nanobody
      • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nanobody
    • 複合体: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion
      • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion
  • リガンド: 8-[(2E)-3-(4-chlorophenyl)prop-2-enoyl]-3-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one

-
超分子 #1: complex of GSK682753A-bound EBI2/GPR183-BRIL chimera with anti-BR...

超分子名称: complex of GSK682753A-bound EBI2/GPR183-BRIL chimera with anti-BRIL Fab and anti-Fab nanobody
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

-
超分子 #2: anti-BRIL Fab Heavy chain, anti-BRIL Fab Light chain

超分子名称: anti-BRIL Fab Heavy chain, anti-BRIL Fab Light chain
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
超分子 #3: anti-Fab Nanobody

超分子名称: anti-Fab Nanobody / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
超分子 #4: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion

超分子名称: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: anti-BRIL Fab Heavy chain

分子名称: anti-BRIL Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.321084 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK S

-
分子 #2: anti-Fab Nanobody

分子名称: anti-Fab Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.071431 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHGENL YFQGSQVQLQ ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GRTISRYAMS WFRQAPGKER EFVAVARRSG DGAFYADSVQ GRFTVSRDD AKNTVYLQMN SLKPEDTAVY YCAIDSDTFY SGSYDYWGQG TQVTVSS

-
分子 #3: anti-BRIL Fab Light chain

分子名称: anti-BRIL Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.483062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGE

-
分子 #4: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion

分子名称: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.364539 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDIQMANNFT PPSATPQGND CDLYAHHSTA RIVMPLHYSL VFIIGLVGNL LALVVIVQNR KKINSTTLYS TNLVISDILF TTALPTRIA YYAMGFDWRI GDALCRITAL VFYINTYAGV NFMTCLSIDR FIAVVHPLRY NKIKRIEHAK GVCIFVWILV F AQTLPLLI ...文字列:
MDIQMANNFT PPSATPQGND CDLYAHHSTA RIVMPLHYSL VFIIGLVGNL LALVVIVQNR KKINSTTLYS TNLVISDILF TTALPTRIA YYAMGFDWRI GDALCRITAL VFYINTYAGV NFMTCLSIDR FIAVVHPLRY NKIKRIEHAK GVCIFVWILV F AQTLPLLI NPMSKQEAER ITCMEYPNFE ETKSLPWILL GACFIGYVLP LIIILICYSQ ICCKLFRARR QLADLEDNWE TL NDNLKVI EKADNAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKEA QAA AEQLKT TRNAYIQKYL ERARSTLSGV NKKALNTIIL IIVVFVLCFT PYHVAIIQHM IKKLRFSNFL ECSQRHSFQI SLHF TVCLM NFNCCMDPFI YFFACKGYKR KVMRMLKRQV SVSISSAVKS APEENSREMT ETQMMIHSKS SNGKDYKDDD DK

-
分子 #5: 8-[(2E)-3-(4-chlorophenyl)prop-2-enoyl]-3-[(3,4-dichlorophenyl)me...

分子名称: 8-[(2E)-3-(4-chlorophenyl)prop-2-enoyl]-3-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: KKF
分子量理論値: 479.783 Da
Chemical component information

ChemComp-KKF:
8-[(2E)-3-(4-chlorophenyl)prop-2-enoyl]-3-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

21927

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 222283
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る