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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26044 | |||||||||
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タイトル | H10ssF: ferritin-based nanoparticle displaying H10 hemagglutinin stabilized stem epitopes | |||||||||
マップデータ | Ferritin nanoparticle with HA-stem complexes inserted at the 3-fold axes. The HA-stem complexes are flexible compared to the ferritin core. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Helicobacter pylori (ピロリ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Gallagher JR / Harris AK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2022 タイトル: Co-immunization with hemagglutinin stem immunogens elicits cross-group neutralizing antibodies and broad protection against influenza A viruses. 著者: Syed M Moin / Jeffrey C Boyington / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Gabriele Cerutti / Crystal Sao-Fong Cheung / Alberto Cagigi / John R Gallagher / Joshua Brand / Madhu ...著者: Syed M Moin / Jeffrey C Boyington / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Gabriele Cerutti / Crystal Sao-Fong Cheung / Alberto Cagigi / John R Gallagher / Joshua Brand / Madhu Prabhakaran / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / Brian E Fisher / Adrian Creanga / Sila Ataca / Reda Rawi / Kizzmekia S Corbett / Michelle C Crank / Gunilla B Karlsson Hedestam / Jason Gorman / Adrian B McDermott / Audray K Harris / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / John R Mascola / Barney S Graham / Masaru Kanekiyo / 要旨: Current influenza vaccines predominantly induce immunity to the hypervariable hemagglutinin (HA) head, requiring frequent vaccine reformulation. Conversely, the immunosubdominant yet conserved HA ...Current influenza vaccines predominantly induce immunity to the hypervariable hemagglutinin (HA) head, requiring frequent vaccine reformulation. Conversely, the immunosubdominant yet conserved HA stem harbors a supersite that is targeted by broadly neutralizing antibodies (bnAbs), representing a prime target for universal vaccines. Here, we showed that the co-immunization of two HA stem immunogens derived from group 1 and 2 influenza A viruses elicits cross-group protective immunity and neutralizing antibody responses in mice, ferrets, and nonhuman primates (NHPs). Immunized mice were protected from multiple group 1 and 2 viruses, and all animal models showed broad serum-neutralizing activity. A bnAb isolated from an immunized NHP broadly neutralized and protected against diverse viruses, including H5N1 and H7N9. Genetic and structural analyses revealed strong homology between macaque and human bnAbs, illustrating common biophysical constraints for acquiring cross-group specificity. Vaccine elicitation of stem-directed cross-group-protective immunity represents a step toward the development of broadly protective influenza vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26044.map.gz | 42.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26044-v30.xml emd-26044.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26044_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26044.png | 92.2 KB | ||
その他 | emd_26044_additional_1.map.gz | 39.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26044 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26044 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26044_validation.pdf.gz | 382.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26044_full_validation.pdf.gz | 382.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26044_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26044_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26044 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26044 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ferritin nanoparticle with HA-stem complexes inserted at the 3-fold axes. The HA-stem complexes are flexible compared to the ferritin core. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.428 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Low-pass filtered map to 8A that resolves the...
ファイル | emd_26044_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Low-pass filtered map to 8A that resolves the flexible HA-stem complexes inserted at the ferritin 3-fold symmetry axes. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : H10ssF
全体 | 名称: H10ssF |
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要素 |
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-超分子 #1: H10ssF
超分子 | 名称: H10ssF / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Fusion protein of H10 stabilized hemagglutinin stem construct and H. pylori ferritin. |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: H10N8 (A/Jiangxi-Donghu/346/2013) |
分子量 | 理論値: 1.2 MDa |
-分子 #1: H10ssF
分子 | 名称: H10ssF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: influenza HA, H10 subtype, stem construct (N-terminal) fusion protein with H. pylori Ferritin (C-terminal). 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DKICLGHHAV ANGTIVKTLT NEQEEVTNAT ELVFPGCGVL MLATGMRNVP EGLFGAIAGF LENGWEGMVD GWYGFRHQNA QGTGQAADYK STQAAIDQIT GMVNRVVELM EQGGPDCYLA ELLVAMLNQH VIDMADSEMR NLYERVRKQL RQNAEEDGKG CFEIYHACDD ...文字列: DKICLGHHAV ANGTIVKTLT NEQEEVTNAT ELVFPGCGVL MLATGMRNVP EGLFGAIAGF LENGWEGMVD GWYGFRHQNA QGTGQAADYK STQAAIDQIT GMVNRVVELM EQGGPDCYLA ELLVAMLNQH VIDMADSEMR NLYERVRKQL RQNAEEDGKG CFEIYHACDD SCMESIRNNT YDHSQYREEA LLNRLNINSG GDIIKLLNEQ VNKEMNSSNL YMSMSSWCYT HSLDGAGLFL FDHAAEEYEH AKKLIIFLNE NNVPVQLTSI SAPEHKFEGL TQIFQKAYEH EQHISESINN IVDHAIKSKD HATFNFLQWY VAEQHEEEVL FKDILDKIEL IGNENHGLYL ADQYVKGIAK SRK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: PBS | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 実像数: 4027 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 78000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |