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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25879 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of the OmcE nanowires from Geobacter sulfurreducens | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM of the OmcE nanowires from Geobacter sulfurreducens | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Doubled CXXCH motif / Doubled CXXCH motif (Paired_CXXCH_1) / Multiheme cytochrome superfamily / Cytochrome c 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Geobacter sulfurreducens (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang F / Mustafa K / Chan CH / Joshi K / Hochbaum AI / Bond DR / Egelman EH | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of an extracellular Geobacter OmcE cytochrome filament reveals tetrahaem packing. 著者: Fengbin Wang / Khawla Mustafa / Victor Suciu / Komal Joshi / Chi H Chan / Sol Choi / Zhangli Su / Dong Si / Allon I Hochbaum / Edward H Egelman / Daniel R Bond / 要旨: Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens were first observed two decades ago, with genetic and biochemical data suggesting that conductive fibres were ...Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens were first observed two decades ago, with genetic and biochemical data suggesting that conductive fibres were type IV pili. Recently, an extracellular conductive filament of G. sulfurreducens was found to contain polymerized c-type cytochrome OmcS subunits, not pilin subunits. Here we report that G. sulfurreducens also produces a second, thinner appendage comprised of cytochrome OmcE subunits and solve its structure using cryo-electron microscopy at ~4.3 Å resolution. Although OmcE and OmcS subunits have no overall sequence or structural similarities, upon polymerization both form filaments that share a conserved haem packing arrangement in which haems are coordinated by histidines in adjacent subunits. Unlike OmcS filaments, OmcE filaments are highly glycosylated. In extracellular fractions from G. sulfurreducens, we detected type IV pili comprising PilA-N and -C chains, along with abundant B-DNA. OmcE is the second cytochrome filament to be characterized using structural and biophysical methods. We propose that there is a broad class of conductive bacterial appendages with conserved haem packing (rather than sequence homology) that enable long-distance electron transport to chemicals or other microbial cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25879.map.gz | 5.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25879-v30.xml emd-25879.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25879.png | 63.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25879 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25879 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25879_validation.pdf.gz | 304.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25879_full_validation.pdf.gz | 303.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25879_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25879_validation.cif.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25879 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25879 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tfsMC 7tggC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM of the OmcE nanowires from Geobacter sulfurreducens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Filament of OmcE protein
全体 | 名称: Filament of OmcE protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Filament of OmcE protein
超分子 | 名称: Filament of OmcE protein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Geobacter sulfurreducens (バクテリア) / 株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA |
-分子 #1: Cytochrome c
分子 | 名称: Cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Geobacter sulfurreducens (バクテリア) / 株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA |
分子量 | 理論値: 23.839742 KDa |
配列 | 文字列: MRSEVKIGLA LTALLVAVTA AGAASIKNTK HDLSSGSTGA TFKATNTDQI CVFCHTPHNA QQDIPLWNRG NPTASTFTLY SSSSMNNVP VKQGFTADSI SLFCMSCHDG ATGLGGAVHN DPNGAAIAMV GGNDLITGEA NLGTDLSNDH PVNFEVTPAG I AADGNLGA ...文字列: MRSEVKIGLA LTALLVAVTA AGAASIKNTK HDLSSGSTGA TFKATNTDQI CVFCHTPHNA QQDIPLWNRG NPTASTFTLY SSSSMNNVP VKQGFTADSI SLFCMSCHDG ATGLGGAVHN DPNGAAIAMV GGNDLITGEA NLGTDLSNDH PVNFEVTPAG I AADGNLGA LDTGTNPPTM KTGDVTNGLP LFKSARGATT LECGSCHKVH DNTDAPFLRT TMAGSKLCLG CHKK |
-分子 #2: HEME C
分子 | 名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: HEC |
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分子量 | 理論値: 618.503 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 33.9 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 58.8 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 346826 |
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最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |