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- EMDB-2585: S. cerevisiae Pex1/6 wild type complex bound to ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2585
タイトルS. cerevisiae Pex1/6 wild type complex bound to ATP
マップデータnegative stain reconstruction of wild type Pex1/6 complex bound to ATP
試料
  • 試料: S. cerevisiae Pex1/Pex6 wild type complex
  • タンパク質・ペプチド: peroxisomal biogenesis factor 1 (Pex1)
  • タンパク質・ペプチド: peroxisomal biogenesis factor 6 (Pex6)
キーワードType-II AAA+ protein complex / heterohexamer / peroxisomal biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein transporter activity / peroxisomal membrane / ATPase complex / protein unfolding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / peroxisome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / : / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / CDC48 domain 2-like superfamily / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) ...Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / : / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / CDC48 domain 2-like superfamily / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal ATPase PEX1 / Peroxisomal ATPase PEX6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Ciniawsky S / Grimm I / Saffian D / Girzalsky W / Erdmann R / Wendler P
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Molecular snapshots of the Pex1/6 AAA+ complex in action.
著者: Susanne Ciniawsky / Immanuel Grimm / Delia Saffian / Wolfgang Girzalsky / Ralf Erdmann / Petra Wendler /
要旨: The peroxisomal proteins Pex1 and Pex6 form a heterohexameric type II AAA+ ATPase complex, which fuels essential protein transport across peroxisomal membranes. Mutations in either ATPase in humans ...The peroxisomal proteins Pex1 and Pex6 form a heterohexameric type II AAA+ ATPase complex, which fuels essential protein transport across peroxisomal membranes. Mutations in either ATPase in humans can lead to severe peroxisomal disorders and early death. We present an extensive structural and biochemical analysis of the yeast Pex1/6 complex. The heterohexamer forms a trimer of Pex1/6 dimers with a triangular geometry that is atypical for AAA+ complexes. While the C-terminal nucleotide-binding domains (D2) of Pex6 constitute the main ATPase activity of the complex, both D2 harbour essential substrate-binding motifs. ATP hydrolysis results in a pumping motion of the complex, suggesting that Pex1/6 function involves substrate translocation through its central channel. Mutation of the Walker B motif in one D2 domain leads to ATP hydrolysis in the neighbouring domain, giving structural insights into inter-domain communication of these unique heterohexameric AAA+ assemblies.
履歴
登録2014年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月19日-
マップ公開2015年7月1日-
更新2015年7月1日-
現状2015年7月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD_2585.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2585.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈negative stain reconstruction of wild type Pex1/6 complex bound to ATP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.9 Å/pix.
x 160 pix.
= 464. Å		2.9 Å/pix.
x 160 pix.
= 464. Å		2.9 Å/pix.
x 160 pix.
= 464. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.14 / ムービー #1: 1.14
最小 - 最大-4.30478764 - 9.713367460000001
平均 (標準偏差)0.02646385 (±0.35832411)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 464.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.92.92.9
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z464.000464.000464.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-4.3059.7130.026

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae Pex1/Pex6 wild type complex

全体名称: S. cerevisiae Pex1/Pex6 wild type complex
要素
  • 試料: S. cerevisiae Pex1/Pex6 wild type complex
  • タンパク質・ペプチド: peroxisomal biogenesis factor 1 (Pex1)
  • タンパク質・ペプチド: peroxisomal biogenesis factor 6 (Pex6)

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超分子 #1000: S. cerevisiae Pex1/Pex6 wild type complex

超分子名称: S. cerevisiae Pex1/Pex6 wild type complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: heterohexamer purified and assembled in the presence of nucleotide
集合状態: heterohexamer / Number unique components: 2
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa / 手法: gel filtration

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分子 #1: peroxisomal biogenesis factor 1 (Pex1)

分子名称: peroxisomal biogenesis factor 1 (Pex1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pas1 / コピー数: 3 / 集合状態: heterohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: peroxisome / 細胞中の位置: cytosol
分子量実験値: 117 KDa / 理論値: 117 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Tuner / 組換プラスミド: pGEX-4T-2
配列UniProtKB: Peroxisomal ATPase PEX1

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分子 #2: peroxisomal biogenesis factor 6 (Pex6)

分子名称: peroxisomal biogenesis factor 6 (Pex6) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Pas8 / コピー数: 3 / 集合状態: heterohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: peroxisome / 細胞中の位置: cytosol
分子量実験値: 116 KDa / 理論値: 116 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Tuner / 組換プラスミド: pETDuet-1
配列UniProtKB: Peroxisomal ATPase PEX6

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, 5mM ATP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grid with adsorbed protein was stained with 2% uranyl acetate for 15 seconds and blotted to near dryness.
グリッド詳細: 400 Cu mesh continuous carbon grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2013年3月15日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 30 µm / 実像数: 107 / 平均電子線量: 18 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.35 µm / 倍率（公称値）: 103448
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping of micrographs
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC, IMAGIC, SPIDER / 使用した粒子像数: 1850
最終 2次元分類クラス数: 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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