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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25818 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of the cytoplasmic ring of the nuclear pore complex from Xenopus laevis | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of the cytoplasmic ring of the Nuclear pore complex from Xenopus laevis. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nuclear pore complex / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Fontana P / Wu H | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structure of cytoplasmic ring of nuclear pore complex by integrative cryo-EM and AlphaFold 著者: Fontana P / Wu H | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25818.map.gz | 234.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25818-v30.xml emd-25818.xml | 7.1 KB 7.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25818.png | 55.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25818.cif.gz | 3.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25818 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25818_validation.pdf.gz | 388.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25818_full_validation.pdf.gz | 387.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25818_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25818_validation.cif.gz | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25818 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of the cytoplasmic ring of the Nuclear pore complex from Xenopus laevis. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cytoplasmic ring of Nuclear Pore Complex
全体 | 名称: Cytoplasmic ring of Nuclear Pore Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cytoplasmic ring of Nuclear Pore Complex
超分子 | 名称: Cytoplasmic ring of Nuclear Pore Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 333214 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |