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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2579 | |||||||||
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タイトル | Class 2 averaged spike from SA11 Rotavirus non-trypsinized Triple Layered Particle | |||||||||
マップデータ | Class 3 averaged spike from non-tripsinized rotavirus spike | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus assembly / rotavirus / Proteolysis | |||||||||
生物種 | Simian rotavirus A/SA11 (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 | |||||||||
データ登録者 | Rodriguez JM / Chichon FJ / Martin-Forero E / Gonzalez-Camacho F / Carrascosa JL / Caston JR / Luque D | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2014 タイトル: New insights into rotavirus entry machinery: stabilization of rotavirus spike conformation is independent of trypsin cleavage. 著者: Javier M Rodríguez / Francisco J Chichón / Esther Martín-Forero / Fernando González-Camacho / José L Carrascosa / José R Castón / Daniel Luque / 要旨: The infectivity of rotavirus, the main causative agent of childhood diarrhea, is dependent on activation of the extracellular viral particles by trypsin-like proteases in the host intestinal lumen. ...The infectivity of rotavirus, the main causative agent of childhood diarrhea, is dependent on activation of the extracellular viral particles by trypsin-like proteases in the host intestinal lumen. This step entails proteolytic cleavage of the VP4 spike protein into its mature products, VP8* and VP5*. Previous cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis of trypsin-activated particles showed well-resolved spikes, although no density was identified for the spikes in uncleaved particles; these data suggested that trypsin activation triggers important conformational changes that give rise to the rigid, entry-competent spike. The nature of these structural changes is not well understood, due to lack of data relative to the uncleaved spike structure. Here we used cryo-EM and cryo-electron tomography (cryo-ET) to characterize the structure of the uncleaved virion in two model rotavirus strains. Cryo-EM three-dimensional reconstruction of uncleaved virions showed spikes with a structure compatible with the atomic model of the cleaved spike, and indistinguishable from that of digested particles. Cryo-ET and subvolume average, combined with classification methods, resolved the presence of non-icosahedral structures, providing a model for the complete structure of the uncleaved spike. Despite the similar rigid structure observed for uncleaved and cleaved particles, trypsin activation is necessary for successful infection. These observations suggest that the spike precursor protein must be proteolytically processed, not to achieve a rigid conformation, but to allow the conformational changes that drive virus entry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2579.map.gz | 51.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2579-v30.xml emd-2579.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2579.png | 68.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2579 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2579 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2579_validation.pdf.gz | 202.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2579_full_validation.pdf.gz | 201.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2579_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2579 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2579 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 85 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Class 3 averaged spike from non-tripsinized rotavirus spike | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 9.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus
全体 | 名称: Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus |
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要素 |
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-超分子 #1000: Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus
超分子 | 名称: Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Simian rotavirus A/SA11
超分子 | 名称: Simian rotavirus A/SA11 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10923 / 生物種: Simian rotavirus A/SA11 / Sci species strain: SA11 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Simiiformes (哺乳類) / 別称: VERTEBRATES |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Tris 25 mM, Na2HPO3 0.7 mM, NaCl 136.9 mM, KCl 5.1 mM, Glucose 5.6 mM, MgCl2 1 mM, CaCl2 1 mM |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Samples were applied to grids, blotted and plunged into liquid ethane |
グリッド | 詳細: R 2/2 Quantifoil grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2012年3月2日 |
撮影 | 平均電子線量: 100 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 32967 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 32608 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -66 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 66 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | 9,055 averaged subtomograms |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Xmipp, TOMO3D / 使用したサブトモグラム数: 9055 |
CTF補正 | 詳細: Phase flipping |
最終 3次元分類 | クラス数: 1 |