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万見
- EMDB-25743: Octameric Human Twinkle Helicase Clinical Variant W315L -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25743
タイトルOctameric Human Twinkle Helicase Clinical Variant W315L
マップデータ
試料
  • 複合体: Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L
    • タンパク質・ペプチド: Twinkle mtDNA helicase
キーワードHelicase / walker A / walker B / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial DNA replication / mitochondrial transcription / DNA 5'-3' helicase / protein hexamerization / DNA unwinding involved in DNA replication / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / DNA helicase activity / isomerase activity / cellular response to glucose stimulus ...mitochondrial DNA replication / mitochondrial transcription / DNA 5'-3' helicase / protein hexamerization / DNA unwinding involved in DNA replication / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / DNA helicase activity / isomerase activity / cellular response to glucose stimulus / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / protease binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Twinkle mtDNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Riccio AA / Bouvette J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065078 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065080 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural insight and characterization of human Twinkle helicase in mitochondrial disease.
著者: Amanda A Riccio / Jonathan Bouvette / Lalith Perera / Matthew J Longley / Juno M Krahn / Jason G Williams / Robert Dutcher / Mario J Borgnia / William C Copeland /
要旨: Twinkle is the mammalian helicase vital for replication and integrity of mitochondrial DNA. Over 90 Twinkle helicase disease variants have been linked to progressive external ophthalmoplegia and ...Twinkle is the mammalian helicase vital for replication and integrity of mitochondrial DNA. Over 90 Twinkle helicase disease variants have been linked to progressive external ophthalmoplegia and ataxia neuropathies among other mitochondrial diseases. Despite the biological and clinical importance, Twinkle represents the only remaining component of the human minimal mitochondrial replisome that has yet to be structurally characterized. Here, we present 3-dimensional structures of human Twinkle W315L. Employing cryo-electron microscopy (cryo-EM), we characterize the oligomeric assemblies of human full-length Twinkle W315L, define its multimeric interface, and map clinical variants associated with Twinkle in inherited mitochondrial disease. Cryo-EM, crosslinking-mass spectrometry, and molecular dynamics simulations provide insight into the dynamic movement and molecular consequences of the W315L clinical variant. Collectively, this ensemble of structures outlines a framework for studying Twinkle function in mitochondrial DNA replication and associated disease states.
履歴
登録2021年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25743.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 423.2 Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 423.2 Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 423.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.233
最小 - 最大-0.0018800781 - 2.191262
平均 (標準偏差)0.0011483012 (±0.024932457)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25743_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25743_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25743_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L

全体名称: Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L
要素
  • 複合体: Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L
    • タンパク質・ペプチド: Twinkle mtDNA helicase

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超分子 #1: Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L

超分子名称: Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 504 KDa

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分子 #1: Twinkle mtDNA helicase

分子名称: Twinkle mtDNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.469422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MWVLLRSGYP LRILLPLRGE WMGRRGLPRN LAPGPPRRRY RKETLQALDM PVLPVTATEI RQYLRGHGIP FQDGHSCLRA LSPFAESSQ LKGQTGVTTS FSLFIDKTTG HFLCMTSLAE GSWEDFQASV EGRGDGAREG FLLSKAPEFE DSEEVRRIWN R AIPLWELP ...文字列:
MWVLLRSGYP LRILLPLRGE WMGRRGLPRN LAPGPPRRRY RKETLQALDM PVLPVTATEI RQYLRGHGIP FQDGHSCLRA LSPFAESSQ LKGQTGVTTS FSLFIDKTTG HFLCMTSLAE GSWEDFQASV EGRGDGAREG FLLSKAPEFE DSEEVRRIWN R AIPLWELP DQEEVQLADT MFGLTKVTDD TLKRFSVRYL RPARSLVFPW FSPGGSGLRG LKLLEAKCQG DGVSYEETTI PR PSAYHNL FGLPLISRRD AEVVLTSREL DSLALNQSTG LPTLTLPRGT TCLPPALLPY LEQFRRIVFW LGDDLRSLEA AKL FARKLN PKRCFLVRPG DQQPRPLEAL NGGFNLSRIL RTALPAWHKS IVSFRQLREE VLGELSNVEQ AAGLRWSRFP DLNR ILKGH RKGELTVFTG PTGSGKTTFI SEYALDLCSQ GVNTLWGSFE ISNVRLARVM LTQFAEGRLE DQLDKYDHWA DRFED LPLY FMTFHGQQSI RTVIDTMQHA VYVYDICHVI IDNLQFMMGH EQLSTDRIAA QDYIIGVFRK FATDNNCHVT LVIHPR KED DDKELQTASI FGSAKASQEA DNVLILQDRK LVTGPGKRYL QVSKNRFDGD VGVFPLEFNK NSLTFSIPPK NKARLKK IK DDTGPVAKKP SSGKKGATTQ NSEICSGQAP TPDQPDTSKR SKAAALEHHH HHH

UniProtKB: Twinkle mtDNA helicase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55198
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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