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万見
- EMDB-25713: CryoEM structure of the YejM/LapB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25713
タイトルCryoEM structure of the YejM/LapB complex
マップデータsharpened map with a B factor of -216 A2
試料
  • 複合体: complex of YejM and YciM
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide assembly protein B
    • タンパク質・ペプチド: Inner membrane protein YejM
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
キーワードYejM / YciM / regulation / lipopolysaccharide synthesis / LpxC / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / lipopolysaccharide metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / membrane => GO:0016020 / iron ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide assembly protein B / LapB, rubredoxin metal binding domain / Rubredoxin metal binding domain / Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily ...Lipopolysaccharide assembly protein B / LapB, rubredoxin metal binding domain / Rubredoxin metal binding domain / Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner membrane protein YejM / Lipopolysaccharide assembly protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Mi W / Shu S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Regulatory mechanisms of lipopolysaccharide synthesis in Escherichia coli.
著者: Sheng Shu / Wei Mi /
要旨: Lipopolysaccharide (LPS) is an essential glycolipid and forms a protective permeability barrier for most Gram-negative bacteria. In E. coli, LPS levels are under feedback control, achieved by FtsH- ...Lipopolysaccharide (LPS) is an essential glycolipid and forms a protective permeability barrier for most Gram-negative bacteria. In E. coli, LPS levels are under feedback control, achieved by FtsH-mediated degradation of LpxC, which catalyzes the first committed step in LPS synthesis. FtsH is a membrane-bound AAA+ protease, and its protease activity toward LpxC is regulated by essential membrane proteins LapB and YejM. However, the regulatory mechanisms are elusive. We establish an in vitro assay to analyze the kinetics of LpxC degradation and demonstrate that LapB is an adaptor protein that utilizes its transmembrane helix to interact with FtsH and its cytoplasmic domains to recruit LpxC. Our YejM/LapB complex structure reveals that YejM is an anti-adaptor protein, competing with FtsH for LapB to inhibit LpxC degradation. Structural analysis unravels that LapB and LPS have overlapping binding sites in YejM. Thus, LPS levels control formation of the YejM/LapB complex to determine LpxC protein levels.
履歴
登録2021年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25713.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map with a B factor of -216 A2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 258.432 Å		1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 258.432 Å		1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 258.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.346 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.214
最小 - 最大-2.5662167 - 3.411676
平均 (標準偏差)0.007598466 (±0.059201136)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 258.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25713_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: original 3D reconstruction without sharpening

ファイルemd_25713_additional_1.map
注釈original 3D reconstruction without sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25713_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25713_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of YejM and YciM

全体名称: complex of YejM and YciM
要素
  • 複合体: complex of YejM and YciM
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide assembly protein B
    • タンパク質・ペプチド: Inner membrane protein YejM
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE

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超分子 #1: complex of YejM and YciM

超分子名称: complex of YejM and YciM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 225.556 kDa/nm

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分子 #1: Lipopolysaccharide assembly protein B

分子名称: Lipopolysaccharide assembly protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 45.546953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLELLFLLLP VAAAYGWYMG RRSAQQNKQD EANRLSRDYV AGVNFLLSNQ QDKAVDLFLD MLKEDTGTVE AHLTLGNLFR SRGEVDRAI RIHQTLMESA SLTYEQRLLA IQQLGRDYMA AGLYDRAEDM FNQLTDETDF RIGALQQLLQ IYQATSEWQK A IDVAERLV ...文字列:
MLELLFLLLP VAAAYGWYMG RRSAQQNKQD EANRLSRDYV AGVNFLLSNQ QDKAVDLFLD MLKEDTGTVE AHLTLGNLFR SRGEVDRAI RIHQTLMESA SLTYEQRLLA IQQLGRDYMA AGLYDRAEDM FNQLTDETDF RIGALQQLLQ IYQATSEWQK A IDVAERLV KLGKDKQRVE IAHFYCELAL QHMASDDLDR AMTLLKKGAA ADKNSARVSI MMGRVFMAKG EYAKAVESLQ RV ISQDREL VSETLEMLQT CYQQLGKTAE WAEFLQRAVE ENTGADAELM LADIIEARDG SEAAQVYITR QLQRHPTMRV FHK LMDYHL NEAEEGRAKE SLMVLRDMVG EKVRSKPRYR CQKCGFTAYT LYWHCPSCRA WSTIKPIRGL DGLEHHHHHH

UniProtKB: Lipopolysaccharide assembly protein B

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分子 #2: Inner membrane protein YejM

分子名称: Inner membrane protein YejM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 67.36468 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVTHRQRYRE KVSQMVSWGH WFALFNILLS LVIGSRYLFI ADWPTTLAGR IYSYVSIIGH FSFLVFATYL LILFPLTFIV GSQRLMRFL SVILATAGMT LLLIDSEVFT RFHLHLNPIV WQLVINPDEN EMARDWQLMF ISVPVILLLE LVFATWSWQK L RSLTRRRR ...文字列:
MVTHRQRYRE KVSQMVSWGH WFALFNILLS LVIGSRYLFI ADWPTTLAGR IYSYVSIIGH FSFLVFATYL LILFPLTFIV GSQRLMRFL SVILATAGMT LLLIDSEVFT RFHLHLNPIV WQLVINPDEN EMARDWQLMF ISVPVILLLE LVFATWSWQK L RSLTRRRR FARPLAAFLF IAFIASHVVY IWADANFYRP ITMQRANLPL SYPMTARRFL EKHGLLDAQE YQRRLIEQGN PD AVSVQYP LSELRYRDMG TGQNVLLITV DGLNYSRFEK QMPALAGFAE QNISFTRHMS SGNTTDNGIF GLFYGISPSY MDG ILSTRT PAALITALNQ QGYQLGLFSS DGFTSPLYRQ ALLSDFSMPS VRTQSDEQTA TQWINWLGRY AQEDNRWFSW VSFN GTNID DSNQQAFARK YSRAAGNVDD QINRVLNALR DSGKLDNTVV IITAGRGIPL SEEEETFDWS HGHLQVPLVI HWPGT PAQR INALTDHTDL MTTLMQRLLH VSTPASEYSQ GQDLFNPQRR HYWVTAADND TLAITTPKKT LVLNNNGKYR TYNLRG ERV KDEKPQLSLL LQVLTDEKRF IAN

UniProtKB: Inner membrane protein YejM

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分子 #3: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE

分子名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: LPP
分子量理論値: 648.891 Da
Chemical component information

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

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分子 #4: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 8.84 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 1181379
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7t6d:
CryoEM structure of the YejM/LapB complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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