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- EMDB-25621: The Envelope Glycoprotein SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25621
タイトルThe Envelope Glycoprotein SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of the neutralizing antibody K11
マップデータ
試料
  • 複合体: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of K11 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: K11 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: K11 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSIV / Env / vaccine / neutralizing antibody / glycoprotein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Berndsen ZT / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1196345/INV-008813 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into antibody-mediated protection against the prototypic simian immunodeficiency virus.
著者: Fangzhu Zhao / Zachary T Berndsen / Nuria Pedreño-Lopez / Alison Burns / Joel D Allen / Shawn Barman / Wen-Hsin Lee / Srirupa Chakraborty / Sandrasegaram Gnanakaran / Leigh M Sewall / ...著者: Fangzhu Zhao / Zachary T Berndsen / Nuria Pedreño-Lopez / Alison Burns / Joel D Allen / Shawn Barman / Wen-Hsin Lee / Srirupa Chakraborty / Sandrasegaram Gnanakaran / Leigh M Sewall / Gabriel Ozorowski / Oliver Limbo / Ge Song / Peter Yong / Sean Callaghan / Jessica Coppola / Kim L Weisgrau / Jeffrey D Lifson / Rebecca Nedellec / Thomas B Voigt / Fernanda Laurino / Johan Louw / Brandon C Rosen / Michael Ricciardi / Max Crispin / Ronald C Desrosiers / Eva G Rakasz / David I Watkins / Raiees Andrabi / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Devin Sok /
要旨: SIVmac239 infection of macaques is a favored model of human HIV infection. However, the SIVmac239 envelope (Env) trimer structure, glycan occupancy, and the targets and ability of neutralizing ...SIVmac239 infection of macaques is a favored model of human HIV infection. However, the SIVmac239 envelope (Env) trimer structure, glycan occupancy, and the targets and ability of neutralizing antibodies (nAbs) to protect against SIVmac239 remain unknown. Here, we report the isolation of SIVmac239 nAbs that recognize a glycan hole and the V1/V4 loop. A high-resolution structure of a SIVmac239 Env trimer-nAb complex shows many similarities to HIV and SIVcpz Envs, but with distinct V4 features and an extended V1 loop. Moreover, SIVmac239 Env has a higher glycan shield density than HIV Env that may contribute to poor or delayed nAb responses in SIVmac239-infected macaques. Passive transfer of a nAb protects macaques from repeated intravenous SIVmac239 challenge at serum titers comparable to those described for protection of humans against HIV infection. Our results provide structural insights for vaccine design and shed light on antibody-mediated protection in the SIV model.
履歴
登録2021年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25621.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 345. Å		1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 345. Å		1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 345. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.33
最小 - 最大-1.4600781 - 2.3706918
平均 (標準偏差)-0.000116056675 (±0.048809603)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 345.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25621_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_25621_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25621_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of K11 Fab

全体名称: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of K11 Fab
要素
  • 複合体: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of K11 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: K11 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: K11 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of K11 Fab

超分子名称: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of K11 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 60.324441 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGCLGNQLLI AILLLSVYGI YCTLYVTVFY GVPAWRNATI PLFCATKNRD TWGTTQCLPD NGDYSEMALN VTESFDAWNN TVTEQAIED VWQLFETSIK PCVKLSPLCI TMRCNKSETD RWGLTKSITT TASTTSTTAS AKVDMVNETS SCIAQDNCTG L EQEQMISC ...文字列:
MGCLGNQLLI AILLLSVYGI YCTLYVTVFY GVPAWRNATI PLFCATKNRD TWGTTQCLPD NGDYSEMALN VTESFDAWNN TVTEQAIED VWQLFETSIK PCVKLSPLCI TMRCNKSETD RWGLTKSITT TASTTSTTAS AKVDMVNETS SCIAQDNCTG L EQEQMISC KFNMTGLKRD KSKEYNETWY SADLVCEQGN NTGNESRCYM NHCNTSVIQE SCDKHYWDAI RFRYCAPPGY AL LRCNDTN YSGFMPKCSK VVVSSCTRMM ETQTSTWFGF NGTRAENRTY IYWHGRDNRT IISLNKYYNL TMKCRRPGNK TVL PVTIMS GLVFHSQPIN DRPKQAWCWF GGKWKDAIKE VKQTIVKHPR YTGTNNTDKI NLTAPGGGDP EVTFMWTNCR GEFL YCKMN WFLNWVEDRN TANQKPKEQH KRNYVPCHIR QIINTWHKVG KNVYLPPREG DLTCNSTVTS LIANIDWIDG NQTNI TMSA EVAELYRLEL GDYKLVEITP IGLAPTSCKR YTTGGTSRRR RRR

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 18.1446 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GVFVLGFLGF LATAGSAMGA ASLTLTAQSR TLLAGIVQQQ QQLLDVPKRQ QELLRLTVWG TKNLQTRVTA IEKYLKDQAQ LNAWGCAFR QVCCTTVPWP NASLIPKWNN ETWQEWERKV DFLEENITAL LEEAQIQQEK NMYELQKLNG SGHHHHHHHH

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分子 #3: K11 Fab heavy chain

分子名称: K11 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 53.29077 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DWTWRILFLV AAATGAHSQV QLQESGPGVV RPSQTLSLTC AVSGDTVSSC CFFWTWIRQP PGKGLEWIGN ISYDNDNTNY NPSLKTRIS ISKDMSKNQF SLKLNSLTAT DTAIYYCARE SPSRGNFCYA YLYGNCPLHF DLWGQGVLVT VSSASTKGPS V FPLAPSSR ...文字列:
DWTWRILFLV AAATGAHSQV QLQESGPGVV RPSQTLSLTC AVSGDTVSSC CFFWTWIRQP PGKGLEWIGN ISYDNDNTNY NPSLKTRIS ISKDMSKNQF SLKLNSLTAT DTAIYYCARE SPSRGNFCYA YLYGNCPLHF DLWGQGVLVT VSSASTKGPS V FPLAPSSR STSESTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGSL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYVCNVN HK PSNTKVD KRVEIKTCGG GSKPPTCPPC TSPELLGGPS VFLFPPKPKD TLMISRTPEV TCVVVDVSQE DPDVKFNWYV NGA EVHHAQ TKPRETQYNS TYRVVSVLTV THQDWLNGKE YTCKVSNKAL PAPIQKTISK DKGQPREPQV YTLPPSREEL TKNQ VSLTC LVKGFYPSDI VVEWESSGQP ENTYKTTPPV LDSDGSYFLY SKLTVDKSRW QQGNVFSCSV MHEALHNHYT QKSLS LSPG K

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分子 #4: K11 Fab light chain

分子名称: K11 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 25.29315 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETDTLLLWVL LLWVPGSTGD ILLTQSPSSL SGSVGDRVTI TCRASQGINS YLNWYQQKPG KAPKLLIYFA NRLQSGVPSR FSGSGSGTE FTLTISSLQS EDGATYYCQQ YDTFPTFGPG TKLDIKRTVA APSVFIFPPS EDQVKSGTVS VVCLLNNFYP R EASVKWKV ...文字列:
ETDTLLLWVL LLWVPGSTGD ILLTQSPSSL SGSVGDRVTI TCRASQGINS YLNWYQQKPG KAPKLLIYFA NRLQSGVPSR FSGSGSGTE FTLTISSLQS EDGATYYCQQ YDTFPTFGPG TKLDIKRTVA APSVFIFPPS EDQVKSGTVS VVCLLNNFYP R EASVKWKV DGALKTGNSQ ESVTEQDSKD NTYSLSSTLT LSSTEYQSHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 13 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 177365
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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