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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25152 | |||||||||
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タイトル | Structure of shaker-W434F | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | potassium channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mating behavior, sex discrimination / Phase 3 - rapid repolarisation / behavioral response to ether / Voltage gated Potassium channels / proboscis extension reflex / larval locomotory behavior / regulation of synaptic activity / courtship behavior / positive regulation of membrane potential / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep ...mating behavior, sex discrimination / Phase 3 - rapid repolarisation / behavioral response to ether / Voltage gated Potassium channels / proboscis extension reflex / larval locomotory behavior / regulation of synaptic activity / courtship behavior / positive regulation of membrane potential / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / detection of visible light / delayed rectifier potassium channel activity / cellular response to dopamine / sleep / axon extension / voltage-gated monoatomic cation channel activity / action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / protein homooligomerization / potassium ion transport / sensory perception of taste / perikaryon / learning or memory / neuron projection / membrane raft / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Tan X / Bae C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure of the Shaker Kv channel and mechanism of slow C-type inactivation. 著者: Xiao-Feng Tan / Chanhyung Bae / Robyn Stix / Ana I Fernández-Mariño / Kate Huffer / Tsg-Hui Chang / Jiansen Jiang / José D Faraldo-Gómez / Kenton J Swartz / 要旨: Voltage-activated potassium (Kv) channels open upon membrane depolarization and proceed to spontaneously inactivate. Inactivation controls neuronal firing rates and serves as a form of short-term ...Voltage-activated potassium (Kv) channels open upon membrane depolarization and proceed to spontaneously inactivate. Inactivation controls neuronal firing rates and serves as a form of short-term memory and is implicated in various human neurological disorders. Here, we use high-resolution cryo-electron microscopy and computer simulations to determine one of the molecular mechanisms underlying this physiologically crucial process. Structures of the activated Shaker Kv channel and of its W434F mutant in lipid bilayers demonstrate that C-type inactivation entails the dilation of the ion selectivity filter and the repositioning of neighboring residues known to be functionally critical. Microsecond-scale molecular dynamics trajectories confirm that these changes inhibit rapid ion permeation through the channel. This long-sought breakthrough establishes how eukaryotic K channels self-regulate their functional state through the plasticity of their selectivity filters. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25152.map.gz | 92.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25152-v30.xml emd-25152.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25152.png | 47.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25152.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25152 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25152 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25152_validation.pdf.gz | 556.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25152_full_validation.pdf.gz | 556 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25152_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25152_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25152 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25152 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7sj1MC 7sipC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25152.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : potassium channel
全体 | 名称: potassium channel |
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要素 |
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-超分子 #1: potassium channel
超分子 | 名称: potassium channel / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-分子 #1: Potassium voltage-gated channel protein Shaker
分子 | 名称: Potassium voltage-gated channel protein Shaker / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 69.436281 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GTMAAVALRE QQLQRNSLDG YGSLPKLSSQ DEEGGAGHGF GGGPQHFEPI PHDHDFCERV VINVSGLRFE TQLRTLNQFP DTLLGDPAR RLRYFDPLRN EYFFDRSRPS FDAILYYYQS GGRLRRPVNV PLDVFSEEIK FYELGDQAIN KFREDEGFIK E EERPLPDN ...文字列: GTMAAVALRE QQLQRNSLDG YGSLPKLSSQ DEEGGAGHGF GGGPQHFEPI PHDHDFCERV VINVSGLRFE TQLRTLNQFP DTLLGDPAR RLRYFDPLRN EYFFDRSRPS FDAILYYYQS GGRLRRPVNV PLDVFSEEIK FYELGDQAIN KFREDEGFIK E EERPLPDN EKQRKVWLLF EYPESSQAAR VVAIISVFVI LLSIVIFCLE TLPEFKHYKV FNTTTNGTKI EEDEVPDITD PF FLIETLC IIWFTFELTV RFLACPNKLN FCRDVMNVID IIAIIPYFIT LATVVAEEED TLNLPKAPVS PQDKSSNQAM SLA ILRVIR LVRVFRIFKL SRHSKGLQIL GRTLKASMRE LGLLIFFLFI GVVLFSSAVY FAEAGSENSF FKSIPDAFFW AVVT MTTVG YGDMTPVGVW GKIVGSLCAI AGVLTIALPV PVIVSNFNYF YHRETDQEEM QSQNFNHVTS CPYLPGTLVG QHMKK SSLS ESSSDMMDLD DGVESTPGLT ETHPGRSAVA PFLGAQQQQQ QPVASSLSMS IDKQLQHPLQ QLTQTQLYQQ QQQQQQ QQQ NGFKQQQQQT QQQLQQQQSH TINASAAAAT SGSGSSGLTM RHNNALAVSI ETDV UniProtKB: Potassium voltage-gated channel protein Shaker |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 32 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 16 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 212083 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |