EMDB-25096: Electron cryo-tomography of CHIKV assembly intermediates in human...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-25096

タイトル

Electron cryo-tomography of CHIKV assembly intermediates in human U2OS cells

マップデータ

CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human U2OS cells

試料

ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

キーワード

alphavirus / enveloped virus / virus assembly and budding / cryogenic electron tomography / subtomogram averaging / VIRUS

生物種

Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å

データ登録者

Chmielewski D / Schmid MF / Simmons G / Jin J / Chiu W

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ Alphavirus Assembly and Budding Mechanism Revealed by Cellular CryoET
著者: Chmielewski D / Schmid M / Simmons G / Jin J / Chiu W

履歴

登録	2021年10月4日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年11月9日	-
マップ公開	2022年11月9日	-
更新	2024年1月17日	-
現状	2024年1月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_25096.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_25096.map.gz	43.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-25096-v30.xml emd-25096.xml	8.7 KB 8.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_25096.png	83.4 KB
Filedesc metadata	emd-25096.cif.gz	3.7 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25096	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_25096_validation.pdf.gz	391.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_25096_full_validation.pdf.gz	391.1 KB	表示
XML形式データ	emd_25096_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_25096_validation.cif.gz	8.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25096	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	25093C 25094C 25095C 25097C 25098C 25099C 26446C 26447C 26449C 26450C 26451C 26452C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_25096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human U2OS cells

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	3.54 Å/pix. x 320 pix. = 1132.8 Å	3.54 Å/pix. x 320 pix. = 1132.8 Å	3.54 Å/pix. x 320 pix. = 1132.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 3.54 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.725
最小 - 最大	-16.283601999999998 - 20.853270999999999
平均 (標準偏差)	0.007709598 (±1.2600347)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : Chikungunya virus

全体	名称: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
要素	ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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超分子 #1: Chikungunya virus

超分子	名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human U2OS cells NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: 181/clone 25 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
分子量	理論値: 65 MDa
ウイルス殻	Shell ID: 1 / 直径: 700.0 Å / T番号(三角分割数): 4

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	particle

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試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS TALOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.8 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₅ (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 75
抽出	トモグラム数: 185 / 使用した粒子像数: 75
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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