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- EMDB-24914: Molecular Organization of the Early Stages of Nucleosome Phase Se... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24914
タイトルMolecular Organization of the Early Stages of Nucleosome Phase Separation Visualized by Cryo-Electron Tomography
マップデータIntermediate stage of irregular tetranucleosome condensate (1)
試料
  • 複合体: Intermediate stage of irregular tetranucleosome condensates
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zhang M / Diaz-Celis C / Onoa B / Canari-Chumpitaz C / Requejo KI / Liu J / Vien M / Nogales E / Ren G / Bustamante C
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL115153 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104427 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH077303 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042667 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127018 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM032543 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Molecular organization of the early stages of nucleosome phase separation visualized by cryo-electron tomography.
著者: Meng Zhang / César Díaz-Celis / Bibiana Onoa / Cristhian Cañari-Chumpitaz / Katherinne I Requejo / Jianfang Liu / Michael Vien / Eva Nogales / Gang Ren / Carlos Bustamante /
要旨: It has been proposed that the intrinsic property of nucleosome arrays to undergo liquid-liquid phase separation (LLPS) in vitro is responsible for chromatin domain organization in vivo. However, ...It has been proposed that the intrinsic property of nucleosome arrays to undergo liquid-liquid phase separation (LLPS) in vitro is responsible for chromatin domain organization in vivo. However, understanding nucleosomal LLPS has been hindered by the challenge to characterize the structure of the resulting heterogeneous condensates. We used cryo-electron tomography and deep-learning-based 3D reconstruction/segmentation to determine the molecular organization of condensates at various stages of LLPS. We show that nucleosomal LLPS involves a two-step process: a spinodal decomposition process yielding irregular condensates, followed by their unfavorable conversion into more compact, spherical nuclei that grow into larger spherical aggregates through accretion of spinodal materials or by fusion with other spherical condensates. Histone H1 catalyzes more than 10-fold the spinodal-to-spherical conversion. We propose that this transition involves exposure of nucleosome hydrophobic surfaces causing modified inter-nucleosome interactions. These results suggest a physical mechanism by which chromatin may transition from interphase to metaphase structures.
履歴
登録2021年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24914.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24914.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 200 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Intermediate stage of irregular tetranucleosome condensate (1)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.68 Å/pix.
x 200 pix.
= 2336. Å		11.68 Å/pix.
x 512 pix.
= 5980.16 Å		11.68 Å/pix.
x 512 pix.
= 5980.16 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-1.5614325 - 4.1689854
平均 (標準偏差)0.007483126 (±0.083480544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512200
Spacing512512200
セルA: 5980.16 Å / B: 5980.16 Å / C: 2336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Intermediate stage of irregular tetranucleosome condensates

全体名称: Intermediate stage of irregular tetranucleosome condensates
要素
  • 複合体: Intermediate stage of irregular tetranucleosome condensates

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超分子 #1: Intermediate stage of irregular tetranucleosome condensates

超分子名称: Intermediate stage of irregular tetranucleosome condensates
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Irregular condensates formed at physiological salt condition (20 mM HEPES-KOH pH 7.5; 150 mM NaCl; 5 mM MgCl2; 1 mM DTT) after 2 min incubation.
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 40 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 7.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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