+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24896 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX2 with peptide agonist Cortistatin-14 | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() mast cell secretagogue receptor activity / mast cell activation / sleep / neuropeptide binding / mast cell degranulation / positive regulation of cytokinesis / sensory perception of pain / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade ...mast cell secretagogue receptor activity / mast cell activation / sleep / neuropeptide binding / mast cell degranulation / positive regulation of cytokinesis / sensory perception of pain / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
![]() | Cao C / Fay JF / Gumpper RH / Roth BL | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure, function and pharmacology of human itch GPCRs. 著者: Can Cao / Hye Jin Kang / Isha Singh / He Chen / Chengwei Zhang / Wenlei Ye / Byron W Hayes / Jing Liu / Ryan H Gumpper / Brian J Bender / Samuel T Slocum / Brian E Krumm / Katherine Lansu / ...著者: Can Cao / Hye Jin Kang / Isha Singh / He Chen / Chengwei Zhang / Wenlei Ye / Byron W Hayes / Jing Liu / Ryan H Gumpper / Brian J Bender / Samuel T Slocum / Brian E Krumm / Katherine Lansu / John D McCorvy / Wesley K Kroeze / Justin G English / Jeffrey F DiBerto / Reid H J Olsen / Xi-Ping Huang / Shicheng Zhang / Yongfeng Liu / Kuglae Kim / Joel Karpiak / Lily Y Jan / Soman N Abraham / Jian Jin / Brian K Shoichet / Jonathan F Fay / Bryan L Roth / ![]() ![]() 要旨: The MRGPRX family of receptors (MRGPRX1-4) is a family of mas-related G-protein-coupled receptors that have evolved relatively recently. Of these, MRGPRX2 and MRGPRX4 are key physiological and ...The MRGPRX family of receptors (MRGPRX1-4) is a family of mas-related G-protein-coupled receptors that have evolved relatively recently. Of these, MRGPRX2 and MRGPRX4 are key physiological and pathological mediators of itch and related mast cell-mediated hypersensitivity reactions. MRGPRX2 couples to both G and G in mast cells. Here we describe agonist-stabilized structures of MRGPRX2 coupled to G and G in ternary complexes with the endogenous peptide cortistatin-14 and with a synthetic agonist probe, respectively, and the development of potent antagonist probes for MRGPRX2. We also describe a specific MRGPRX4 agonist and the structure of this agonist in a complex with MRGPRX4 and G. Together, these findings should accelerate the structure-guided discovery of therapeutic agents for pain, itch and mast cell-mediated hypersensitivity. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 54.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.1 MB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 118.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 59.5 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 614.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 613.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 403.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7s8lMC ![]() 7s8mC ![]() 7s8nC ![]() 7s8oC ![]() 7s8pC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 3.6 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs [micrographs - multiframe]) |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_24896_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24896_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24896_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : MRGPRX2-Gq Cortistatin-14
全体 | 名称: MRGPRX2-Gq Cortistatin-14 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: MRGPRX2-Gq Cortistatin-14
超分子 | 名称: MRGPRX2-Gq Cortistatin-14 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 150 kDa/nm |
-分子 #1: Mas-related G-protein coupled receptor member X2
分子 | 名称: Mas-related G-protein coupled receptor member X2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.146957 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GPDPTTPAWG TESTTVNGND QALLLLCGKE TLIPVFLILF IALVGLVGNG FVLWLLGFRM RRNAFSVYVL SLAGADFLFL CFQIINCLV YLSNFFCSIS INFPSFFTTV MTCAYLAGLS MLSTVSTERC LSVLWPIWYR CRRPRHLSAV VCVLLWALSL L LSILEGKF ...文字列: GPDPTTPAWG TESTTVNGND QALLLLCGKE TLIPVFLILF IALVGLVGNG FVLWLLGFRM RRNAFSVYVL SLAGADFLFL CFQIINCLV YLSNFFCSIS INFPSFFTTV MTCAYLAGLS MLSTVSTERC LSVLWPIWYR CRRPRHLSAV VCVLLWALSL L LSILEGKF CGFLFSDGDS GWCQTFDFIT AAWLIFLFMV LCGSSLALLV RILCGSRGLP LTRLYLTILL TVLVFLLCGL PF GIQWFLI LWIWKDSDVL FCHIHPVSVV LSSLNSSANP IIYFFVGSFR KQWRLQQPIL KLALQRALQD IAEVDHSEGC FRQ GTPEMS RSSLV |
-分子 #2: Cortistatin 14
分子 | 名称: Cortistatin 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1.726048 KDa |
配列 | 文字列: PCKNFFWKTF SSCK |
-分子 #3: Gs-mini-Gq chimera
分子 | 名称: Gs-mini-Gq chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.084832 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA ...文字列: MGSTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA RYTTPEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRKEFV DISTASGDGR HICYPHFTCA VDTENARRIF NDCKDIILQM NL REYNLV |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.728152 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN |
-分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L |
-分子 #6: scFv16
分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.409588 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAALEVLFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |