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- EMDB-24853: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with elicited... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24853
タイトルModified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with elicited mAb Ab283MUR Fab and 8ANC195 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Elicited Ab283MUR Fab in complex with RC1 SOSIP and bNAb 8ANC195 Fab
    • 複合体: Ab283MUR Fab
    • 複合体: RC1 SOSIP
    • 複合体: 8ANC195 Fab
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Abernathy ME / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-AI100148 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021
タイトル: Sequential immunization of macaques elicits heterologous neutralizing antibodies targeting the V3-glycan patch of HIV-1 Env.
著者: Amelia Escolano / Harry B Gristick / Rajeev Gautam / Andrew T DeLaitsch / Morgan E Abernathy / Zhi Yang / Haoqing Wang / Magnus A G Hoffmann / Yoshiaki Nishimura / Zijun Wang / Nicholas ...著者: Amelia Escolano / Harry B Gristick / Rajeev Gautam / Andrew T DeLaitsch / Morgan E Abernathy / Zhi Yang / Haoqing Wang / Magnus A G Hoffmann / Yoshiaki Nishimura / Zijun Wang / Nicholas Koranda / Leesa M Kakutani / Han Gao / Priyanthi N P Gnanapragasam / Henna Raina / Ana Gazumyan / Melissa Cipolla / Thiago Y Oliveira / Victor Ramos / Darrell J Irvine / Murillo Silva / Anthony P West / Jennifer R Keeffe / Christopher O Barnes / Michael S Seaman / Michel C Nussenzweig / Malcolm A Martin / Pamela J Bjorkman /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 develop after prolonged virus and antibody coevolution. Previous studies showed that sequential immunization with a V3-glycan patch germline- ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 develop after prolonged virus and antibody coevolution. Previous studies showed that sequential immunization with a V3-glycan patch germline-targeting HIV-1 envelope trimer (Env) followed by variant Envs can reproduce this process in mice carrying V3-glycan bNAb precursor B cells. However, eliciting bNAbs in animals with polyclonal antibody repertoires is more difficult. We used a V3-glycan immunogen multimerized on virus-like particles (VLPs), followed by boosting with increasingly native-like Env-VLPs, to elicit heterologous neutralizing antibodies in nonhuman primates (NHPs). Structures of antibody/Env complexes after prime and boost vaccinations demonstrated target epitope recognition with apparent maturation to accommodate glycans. However, we also observed increasing off-target antibodies with boosting. Eight vaccinated NHPs were subsequently challenged with simian-human immunodeficiency virus (SHIV), and seven of eight animals became infected. The single NHP that remained uninfected after viral challenge exhibited one of the lowest neutralization titers against the challenge virus. These results demonstrate that more potent heterologous neutralization resulting from sequential immunization is necessary for protection in this animal model. Thus, improved prime-boost regimens to increase bNAb potency and stimulate other immune protection mechanisms are essential for developing anti–HIV-1 vaccines.
履歴
登録2021年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年4月6日-
現状2022年4月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24853.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24853.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 288 pix.
= 329.76 Å		1.15 Å/pix.
x 288 pix.
= 329.76 Å		1.15 Å/pix.
x 288 pix.
= 329.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.145 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0266
最小 - 最大-0.0661763 - 0.11152046
平均 (標準偏差)1.7790024e-05 (±0.006012333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 329.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24853_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_24853_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_24853_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Elicited Ab283MUR Fab in complex with RC1 SOSIP and bNAb 8ANC195 Fab

全体名称: Elicited Ab283MUR Fab in complex with RC1 SOSIP and bNAb 8ANC195 Fab
要素
  • 複合体: Elicited Ab283MUR Fab in complex with RC1 SOSIP and bNAb 8ANC195 Fab
    • 複合体: Ab283MUR Fab
    • 複合体: RC1 SOSIP
    • 複合体: 8ANC195 Fab

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超分子 #1: Elicited Ab283MUR Fab in complex with RC1 SOSIP and bNAb 8ANC195 Fab

超分子名称: Elicited Ab283MUR Fab in complex with RC1 SOSIP and bNAb 8ANC195 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 600 KDa

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超分子 #2: Ab283MUR Fab

超分子名称: Ab283MUR Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: RC1 SOSIP

超分子名称: RC1 SOSIP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: 8ANC195 Fab

超分子名称: 8ANC195 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.35 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 39.2 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 92225
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5cjx


詳細: 60 A low-pass filtered map created using molmap in UCSF Chimera
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8469
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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