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- EMDB-2484: Pre-fusion structure of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein dete... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2484
タイトルPre-fusion structure of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein determined by cryo-electron microscopy
マップデータStructure of HIV-1 gp140 trimer bound to VRC03 Fab
試料
  • 試料: Complex of KNH1144 SOSIP gp140 trimer with VRC03 Fab.
  • タンパク質・ペプチド: gp120
  • タンパク質・ペプチド: gp41
  • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody VRC03 Fab Heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody VRC03 Fab Light chain
キーワードHIV-1 envelope glycoprotein / SOSIP gp140 trimer / HIV-1 Env / pre-fusion state
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Bartesaghi A / Merk A / Borgnia MJ / Milne JLS / Subramaniam S
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Prefusion structure of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein determined by cryo-electron microscopy.
著者: Alberto Bartesaghi / Alan Merk / Mario J Borgnia / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam /
要旨: The activation of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein (Env) by its binding to the cell-surface receptor CD4 and co-receptors (CCR5 or CXCR4) represents the first of a series of events that lead to ...The activation of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein (Env) by its binding to the cell-surface receptor CD4 and co-receptors (CCR5 or CXCR4) represents the first of a series of events that lead to fusion between viral and target-cell membranes. Here, we present the cryo-EM structure, at subnanometer resolution (~6 Å at 0.143 FSC), of the 'closed', prefusion state of trimeric HIV-1 Env complexed to the broadly neutralizing antibody VRC03. We show that three gp41 helices at the core of the trimer serve as an anchor around which the rest of Env is reorganized upon activation to the 'open' quaternary conformation. The architecture of trimeric HIV-1 Env in the prefusion state and in the activated intermediate state resembles the corresponding states of influenza hemagglutinin trimers, thus providing direct evidence for the similarity in entry mechanisms used by HIV-1, influenza and related enveloped viruses.
履歴
登録2013年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月30日-
マップ公開2013年10月30日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0405
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0405
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4cc8
  • 表面レベル: 0.0405
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2484_squ...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of HIV-1 gp140 trimer bound to VRC03 Fab
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0405 / ムービー #1: 0.0405
最小 - 最大-0.03569165 - 0.08147071
平均 (標準偏差)0.00132176 (±0.00755302)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0360.0810.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of KNH1144 SOSIP gp140 trimer with VRC03 Fab.

全体名称: Complex of KNH1144 SOSIP gp140 trimer with VRC03 Fab.
要素
  • 試料: Complex of KNH1144 SOSIP gp140 trimer with VRC03 Fab.
  • タンパク質・ペプチド: gp120
  • タンパク質・ペプチド: gp41
  • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody VRC03 Fab Heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody VRC03 Fab Light chain

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超分子 #1000: Complex of KNH1144 SOSIP gp140 trimer with VRC03 Fab.

超分子名称: Complex of KNH1144 SOSIP gp140 trimer with VRC03 Fab.
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Tetramer (gp41, gp120, Fab Heavy, Fab Light) / Number unique components: 4
分子量理論値: 670 KDa

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分子 #1: gp120

分子名称: gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Envelope glycoprotein / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HIV-1 isolate 00KE_KNH1144 / 別称: HIV-1
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: SOSIP-PPI4 and furin-pcDNA3.1

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分子 #2: gp41

分子名称: gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Envelope Glycoprotein
詳細: Complete ectodomain of HIV-1 Env from the Clade A strain KNH1144 inlcuding residues in the membrane proximal external region with the following residue substitutions A662E, S668N, and S676T
コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HIV-1 isolate 00KE_KNH1144 / 別称: HIV-1
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: SOSIP-PPI4 and furin-pcDNA3.1

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分子 #3: Monoclonal antibody VRC03 Fab Heavy chain

分子名称: Monoclonal antibody VRC03 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: VRC03 Fab / 詳細: Fab fragment / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293

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分子 #4: Monoclonal antibody VRC03 Fab Light chain

分子名称: Monoclonal antibody VRC03 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: VRC03 Fab / 詳細: Fab fragment / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.65 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: TNE Buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA)
グリッド詳細: Protochips C-flat R 2/2, plasma cleaned
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: blot for 6 seconds, blot offset of -2, plunge into an ethane slurry cooled by liquid nitrogen

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2011年8月9日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 4713 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected manually, classified in 2D using IMAGIC and 3D refinement was done with FREALIGN.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, IMAGIC, FREALIGN / 使用した粒子像数: 88125
最終 2次元分類クラス数: 500

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3se8


Chain - #0 - Chain ID: G / Chain - #1 - Chain ID: H / Chain - #2 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細3SE8, Chain G and chains H, L fitted as two separate rigid bodies into map. 3HMG helix fitted by hand into map.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4cc8:
Pre-fusion structure of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein determined by cryo-electron microscopy

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3hmg


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body. Automated fitting procedures. Only residues 92-122 of chain B were fitted.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4cc8:
Pre-fusion structure of trimeric HIV-1 envelope glycoprotein determined by cryo-electron microscopy

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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