+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2480 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Tomogram of Injectisome (wild type) from Salmonella typhiumurium (substrate trapped) in situ | |||||||||
マップデータ | Tomogram of substrate trapped type-3 secretion systems from Salmonella typhimurium | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Injectisome / Pathogenic Type-3 Secretion System / Protein delivery machine / Salmonella typhimurium / cryo electron tomography | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Radics J / Konigsmaier L / Marlovits TC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014 タイトル: Structure of a pathogenic type 3 secretion system in action. 著者: Julia Radics / Lisa Königsmaier / Thomas C Marlovits / 要旨: Type 3 secretion systems use 3.5-megadalton syringe-like, membrane-embedded 'injectisomes', each containing an ~800-Å-long needle complex to connect intracellular compartments of infectious bacteria ...Type 3 secretion systems use 3.5-megadalton syringe-like, membrane-embedded 'injectisomes', each containing an ~800-Å-long needle complex to connect intracellular compartments of infectious bacteria and hosts. Here we identify requirements for substrate association with, transport through and exit from the injectisome of Salmonella enterica serovar Typhimurium. This guided the design of substrates that become trapped within the secretion path and enabled visualization of injectisomes in action in situ. We used cryo-EM to define the secretion path, providing a structural explanation as to why effector proteins must be unfolded during transport. Furthermore, trapping of a heterologous substrate in the needle prevents secretion of natural bacterial effectors. Together, the data reveal the path of protein secretion across multiple membranes and show that mechanisms rejecting unacceptable substrates can be undermined, and transport of bacterial effectors across an already assembled type 3 secretion system can be inhibited. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2480.map.gz | 27.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2480-v30.xml emd-2480.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2480.tif | 1.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2480 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2480_validation.pdf.gz | 165.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_2480_full_validation.pdf.gz | 165 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2480_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2480 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Tomogram of substrate trapped type-3 secretion systems from Salmonella typhimurium | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 19.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (subs...
全体 | 名称: Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (substrate trapped): Visualization of unfolded protein transport across membranes |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (subs...
超分子 | 名称: Type-3 secretion system from Salmonella typhimurium in situ (substrate trapped): Visualization of unfolded protein transport across membranes タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 3.5 MDa |
-超分子 #1: type 3 secretion system
超分子 | 名称: type 3 secretion system / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: injectisome / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: SB905 / 細胞中の位置: Plasma membrane |
分子量 | 理論値: 3.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris, 5 mM EDTA |
---|---|
グリッド | 詳細: 400 mesh Mo-Grid Quantifoil R2/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / チャンバー内温度: 91 K / 装置: LEICA EM GP 手法: 1. grids glowdischarged (300sec/20mAmp) 2. sample 5ul applied for 5sec (cell settling) 3. blotting for 2sec/distance 189 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
温度 | 最低: 83 K / 最高: 108 K / 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at appr 200.000 magnification |
日付 | 2012年3月2日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 60 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / 詳細: Image acquisition using SerialEM |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30120 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 9.0 µm / 倍率(公称値): 23000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | IMOD (weighted back-projection) |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 60 |