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- EMDB-24791: Head region of a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24791
タイトルHead region of a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor
マップデータHead region of a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor
試料
  • 複合体: a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor
    • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor 1 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Insulin receptor
    • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor I
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / cardiac atrium development / proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process ...glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / cardiac atrium development / proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / myotube cell development / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / insulin-like growth factor receptor activity / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / protein kinase complex / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / bone mineralization involved in bone maturation / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / insulin-like growth factor binding / exocytic vesicle / regulation of female gonad development / negative regulation of muscle cell apoptotic process / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of DNA metabolic process / cellular response to zinc ion starvation / cellular response to aldosterone / positive regulation of developmental growth / cell activation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / insulin-like growth factor II binding / male sex determination / exocrine pancreas development / insulin receptor complex / cellular response to testosterone stimulus / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / transcytosis / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / response to alkaloid / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of protein-containing complex disassembly / cellular response to angiotensin / myoblast differentiation / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cargo receptor activity / myoblast proliferation / muscle organ development / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / response to L-glutamate / insulin binding / PTB domain binding / negative regulation of MAPK cascade / adrenal gland development / establishment of cell polarity / neuronal cell body membrane / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / activation of protein kinase activity / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of axon regeneration / amyloid-beta clearance / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of cytokinesis / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / positive regulation of receptor internalization / regulation of embryonic development / regulation of JNK cascade / transport across blood-brain barrier / negative regulation of tumor necrosis factor production / insulin receptor substrate binding / positive regulation of glycogen biosynthetic process / estrous cycle / G-protein alpha-subunit binding / response to vitamin E / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / epidermis development / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of DNA binding / SHC-related events triggered by IGF1R / Signal attenuation / positive regulation of osteoblast differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase binding / heart morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site ...Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor I / Insulin receptor / Insulin-like growth factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Xu Y / Lawrence MC
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1128553 オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: How insulin-like growth factor I binds to a hybrid insulin receptor type 1 insulin-like growth factor receptor.
著者: Yibin Xu / Mai B Margetts / Hari Venugopal / John G Menting / Nicholas S Kirk / Tristan I Croll / Carlie Delaine / Briony E Forbes / Michael C Lawrence /
要旨: Monomers of the insulin receptor and type 1 insulin-like growth factor receptor (IGF-1R) can combine stochastically to form heterodimeric hybrid receptors. These hybrid receptors display ligand ...Monomers of the insulin receptor and type 1 insulin-like growth factor receptor (IGF-1R) can combine stochastically to form heterodimeric hybrid receptors. These hybrid receptors display ligand binding and signaling properties that differ from those of the homodimeric receptors. Here, we describe the cryoelectron microscopy structure of such a hybrid receptor in complex with insulin-like growth factor I (IGF-I). The structure (ca. 3.7 Å resolution) displays a single IGF-I ligand, bound in a similar fashion to that seen for IGFs in complex with IGF-1R. The IGF-I ligand engages the first leucine-rich-repeat domain and cysteine-rich region of the IGF-1R monomer (rather than those of the insulin receptor monomer), consistent with the determinants for IGF binding residing in the IGF-1R cysteine-rich region. The structure broadens our understanding of this receptor family and assists in delineating the key structural motifs involved in binding their respective ligands.
履歴
登録2021年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24791.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Head region of a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1529
最小 - 最大-0.14116551 - 1.0610286
平均 (標準偏差)-0.00021748828 (±0.0117808785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin recept...

全体名称: a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor
要素
  • 複合体: a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor
    • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor 1 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Insulin receptor
    • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor I
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin recept...

超分子名称: a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 250 kDa/nm

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分子 #1: Insulin-like growth factor 1 receptor

分子名称: Insulin-like growth factor 1 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.937242 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EICGPGIDIR NDYQQLKRLE NCTVIEGYLH ILLISKAEDY RSYRFPKLTV ITEYLLLFRV AGLESLGDLF PNLTVIRGWK LFYNYALVI FEMTNLKDIG LYNLRNITRG AIRIEKNADL CYLSTVDWSL ILDAVSNNYI VGNKPPKECG DLCPGTMEEK P MCEKTTIN ...文字列:
EICGPGIDIR NDYQQLKRLE NCTVIEGYLH ILLISKAEDY RSYRFPKLTV ITEYLLLFRV AGLESLGDLF PNLTVIRGWK LFYNYALVI FEMTNLKDIG LYNLRNITRG AIRIEKNADL CYLSTVDWSL ILDAVSNNYI VGNKPPKECG DLCPGTMEEK P MCEKTTIN NEYNYRCWTT NRCQKMCPST CGKRACTENN ECCHPECLGS CSAPDNDTAC VACRHYYYAG VCVPACPPNT YR FEGWRCV DRDFCANILS AESSDSEGFV IHDGECMQEC PSGFIRNGSQ SMYCIPCEGP CPKVCEEEKK TKTIDSVTSA QML QGCTIF KGNLLINIRR GNNIASELEN FMGLIEVVTG YVKIRHSHAL VSLSFLKNLR LILGEEQLEG NYSFYVLDNQ NLQQ LWDWD HRNLTIKAGK MYFAFNPKLC VSEIYRMEEV TGTKGRQSKG DINTRNNGER ASCESDVLHF TSTTTSKNRI IITWH RYRP PDYRDLISFT VYYKEAPFKN VTEYDGQDAC GSNSWNMVDV DLPPNKDVEP GILLHGLKPW TQYAVYVKAV TLTMVE NDH IRGAKSEILY IRTNASVPSI PLDVLSASNS SSQLIVKWNP PSLPNGNLSY YIVRWQRQPQ DGYLYRHNYC SKDKIPI RK YADGTIDIEE VTENPKTEVC GGEKGPCCAC PKTEAEKQAE KEEAEYRKVF ENFLHNSIFV PRPERKRRDV MQVANTTM S SRSRNTTAAD TYNITDPEEL ETEYPFFESR VDNKERTVIS NLRPFTLYRI DIHSCNHEAE KLGCSASNFV FARTMPAEG ADDIPGPVTW EPRPENSIFL KWPEPENPNG LILMYEIKYG SQVEDQRECV SRQEYRKYGG AKLNRLNPGN YTARIQATSL SGNGSWTDP VFFYVQAKTG YENFIHRMKQ LEDKVEELLS KNYHLENEVA RLKKLVGERS SSEQKLISEE DLN

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分子 #2: Insulin receptor

分子名称: Insulin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.809617 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: HLYPGEVCPG MDIRNNLTRL HELENCSVIE GHLQILLMFK TRPEDFRDLS FPKLIMITDY LLLFRVYGLE SLKDLFPNLT VIRGSRLFF NYALVIFEMV HLKELGLYNL MNITRGSVRI EKNNELCYLA TIDWSRILDS VEDNYIVLNK DDNEECGDIC P GTAKGKTN ...文字列:
HLYPGEVCPG MDIRNNLTRL HELENCSVIE GHLQILLMFK TRPEDFRDLS FPKLIMITDY LLLFRVYGLE SLKDLFPNLT VIRGSRLFF NYALVIFEMV HLKELGLYNL MNITRGSVRI EKNNELCYLA TIDWSRILDS VEDNYIVLNK DDNEECGDIC P GTAKGKTN CPATVINGQF VERCWTHSHC QKVCPTICKS HGCTAEGLCC HSECLGNCSQ PDDPTKCVAC RNFYLDGRCV ET CPPPYYH FQDWRCVNFS FCQDLHHKCK NSRRQGCHQY VIHNNKCIPE CPSGYTMNSS NLLCTPCLGP CPKVCHLLEG EKT IDSVTS AQELRGCTVI NGSLIINIRG GNNLAAELEA NLGLIEEISG YLKIRRSYAL VSLSFFRKLR LIRGETLEIG NYSF YALDN QNLRQLWDWS KHNLTITQGK LFFHYNPKLC LSEIHKMEEV SGTKGRQERN DIALKTNGDQ ASCENELLKF SYIRT SFDK ILLRWEPYWP PDFRDLLGFM LFYKEAPYQN VTEFDGQDAC GSNSWTVVDI DPPLRSNDPK SQNHPGWLMR GLKPWT QYA IFVKTLVTFS DERRTYGAKS DIIYVQTDAT NPSVPLDPIS VSNSSSQIIL KWKPPSDPNG NITHYLVFWE RQAEDSE LF ELDYCLKGLK LPSRTWSPPF ESEDSQKHNQ SEYEDSAGEC CSCPKTDSQI LKELEESSFR KTFEDYLHNV VFVPRKTS S GTGAEDPRPS RKRRSLGDVG NVTVAVPTVA AFPNTSSTSV PTSPEEHRPF EKVVNKESLV ISGLRHFTGY RIELQACNQ DTPEERCSVA AYVSARTMPE AKADDIVGPV THEIFENNVV HLMWQEPKEP NGLIVLYEVS YRRYGDEELH LCVSRKHFAL ERGCRLRGL SPGNYSVRIR ATSLAGNGSW TEPTYFYVTD YLDVPSNIAR MKQLEDKVEE LLSKNYHLEN EVARLKKLVG E R

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分子 #3: Insulin-like growth factor I

分子名称: Insulin-like growth factor I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.663752 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPETLCGAEL VDALQFVCGD RGFYFNKPTG YGSSSRRAPQ TGIVDECCFR SCDLRRLEMY CAPLKPAKSA

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分子 #6: beta-D-mannopyranose

分子名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: C4H11NO3 / 構成要素 - 名称: TRIS / 詳細: 20mM Tris pH 8.0 160mM NaCl
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細0.2mg/ml

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.44 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 151240
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7s0q:
Head region of a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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