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万見
- EMDB-24644: SARS-CoV-2 Spike bound to Fab PDI 215 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24644
タイトルSARS-CoV-2 Spike bound to Fab PDI 215
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike- Fab PDI 215 complex
    • 複合体: SARS-CoV-2 Spike
    • 複合体: Fab PDI 215
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Black K / Glukhova A / Pymm P / Tham WH
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT2002073 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Landscape of human antibody recognition of the SARS-CoV-2 receptor binding domain.
著者: Adam K Wheatley / Phillip Pymm / Robyn Esterbauer / Melanie H Dietrich / Wen Shi Lee / Damien Drew / Hannah G Kelly / Li-Jin Chan / Francesca L Mordant / Katrina A Black / Amy Adair / Hyon- ...著者: Adam K Wheatley / Phillip Pymm / Robyn Esterbauer / Melanie H Dietrich / Wen Shi Lee / Damien Drew / Hannah G Kelly / Li-Jin Chan / Francesca L Mordant / Katrina A Black / Amy Adair / Hyon-Xhi Tan / Jennifer A Juno / Kathleen M Wragg / Thakshila Amarasena / Ester Lopez / Kevin J Selva / Ebene R Haycroft / James P Cooney / Hariprasad Venugopal / Li Lynn Tan / Matthew T O Neill / Cody C Allison / Deborah Cromer / Miles P Davenport / Richard A Bowen / Amy W Chung / Marc Pellegrini / Mark T Liddament / Alisa Glukhova / Kanta Subbarao / Stephen J Kent / Wai-Hong Tham /
要旨: Potent neutralizing monoclonal antibodies are one of the few agents currently available to treat COVID-19. SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that carry multiple mutations in the viral spike ...Potent neutralizing monoclonal antibodies are one of the few agents currently available to treat COVID-19. SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that carry multiple mutations in the viral spike protein can exhibit neutralization resistance, potentially affecting the effectiveness of some antibody-based therapeutics. Here, the generation of a diverse panel of 91 human, neutralizing monoclonal antibodies provides an in-depth structural and phenotypic definition of receptor binding domain (RBD) antigenic sites on the viral spike. These RBD antibodies ameliorate SARS-CoV-2 infection in mice and hamster models in a dose-dependent manner and in proportion to in vitro, neutralizing potency. Assessing the effect of mutations in the spike protein on antibody recognition and neutralization highlights both potent single antibodies and stereotypic classes of antibodies that are unaffected by currently circulating VOCs, such as B.1.351 and P.1. These neutralizing monoclonal antibodies and others that bind analogous epitopes represent potentially useful future anti-SARS-CoV-2 therapeutics.
履歴
登録2021年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2022年5月4日-
現状2022年5月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.37
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.37
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24644.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 240 pix.
= 432. Å		1.8 Å/pix.
x 240 pix.
= 432. Å		1.8 Å/pix.
x 240 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.339 / ムービー #1: 0.37
最小 - 最大-0.41219538 - 1.923247
平均 (標準偏差)0.008255832 (±0.06623449)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ9213675
NX/NY/NZ968180
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.4121.9230.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Spike- Fab PDI 215 complex

全体名称: SARS-CoV-2 Spike- Fab PDI 215 complex
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike- Fab PDI 215 complex
    • 複合体: SARS-CoV-2 Spike
    • 複合体: Fab PDI 215

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike- Fab PDI 215 complex

超分子名称: SARS-CoV-2 Spike- Fab PDI 215 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 560 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 Spike

超分子名称: SARS-CoV-2 Spike / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Fab PDI 215

超分子名称: Fab PDI 215 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2089347
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11707
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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